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标题: AC建盒子，如何实现分子定向排列？ [打印本页]

作者
Author: diyuli 时间: 2020-6-28 21:25
标题: AC建盒子，如何实现分子定向排列？
请教老师和大神们，如何实现如图所示的分子定向排列？
有大神说可以用Packmol来建模，这又涉及另一个软件的安装与使用问题。
想问一下，可否在MS中实现分子定向排列的问题？请教。

作者
Author: tjuptz 时间: 2020-6-29 14:52
不想学packmol就用excel
http://bbs.keinsci.com/thread-15161-1-1.html

作者
Author: diyuli 时间: 2020-6-29 15:52

tjuptz 发表于 2020-6-29 14:52
不想学packmol就用excel
http://bbs.keinsci.com/thread-15161-1-1.html

我大概懂您的意思，就是把分子结构的坐标进行移动是不？
可是如果要保证它都是在下表面且垂直也一个个对原子进行坐标修改吗？
感觉很是复杂。您能说的详细点不？

作者
Author: liuyuje714 时间: 2020-6-29 16:03
本帖最后由 liuyuje714 于 2020-6-29 16:12 编辑

packmol处理这种还是相对简单的。
如果本身单个分子不垂直于某个坐标平面，那就先通过旋转才可以（单分子首尾原子连线为主轴），excel操作这种复杂一点。这里我提供一个我写过的脚本 https://liuyujie714.com/55/example_cylinderMol.zip ，可以对这种单个线性分子进行旋转使得分子主轴平行于x轴。使用视频也有： https://www.bilibili.com/video/BV1eA411v7wP/ ，前提是你要会用vmd查看模型。当然自己理解了改改就能够用于你自己的模型。只会MS是很局限的，还是自己多学一些其他软件吧。

作者
Author: diyuli 时间: 2020-6-30 08:41

liuyuje714 发表于 2020-6-29 16:03
packmol处理这种还是相对简单的。
如果本身单个分子不垂直于某个坐标平面，那就先通过旋转才可以（单分子 ...

谢谢您！！目前已经在用packmol来进行操作。还是遇到了问题。
您推荐的视频看完了，这是用另一个软件做的。不知道老师熟悉packmol软件不？
想问一个问题，在写脚本的时候，发现我的分子结构一起都是水平放置的，无法设置成垂直状态。
因为分子结构有44个原子，请问是不是要对每个原子或者至少两个原子进行固定才能实现垂直分布呢？

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