计算化学公社

标题: GROMACS计算组间相互作用能的疑问 [打印本页]

作者
Author: 高朋满座 时间: 2020-6-28 22:03
标题: GROMACS计算组间相互作用能的疑问
老师好，请问用GROMACS计算定义了能量组的相互作用能时，分子间相互作用能可以在37#以后的选项中选择。但这些只有近程部分，远程部分该如何考虑？
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我的理解是远程部分是列表中Disper.-corr.项，那么这远程的部分该怎样分解为分子内、分子间两部分贡献呢？

体系有pbc周期边界条件，columb和vdw的计算方式均为cut-off，截断距离都是1.0nm。

先提前感谢老师们的解答！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-28 23:58
Disper.-corr.项对应于色散校正对能量的影响，这部分没法进行分解。在分解讨论的时候无视掉
要分清楚cut-off和PME，倘若你真是用cut-off（简单截断方法）算静电作用，距离才设1 nm，动力学行为可能严重错误，因为更远距离的静电作用被完全无视掉了，然而静电作用随距离收敛是很慢的。

作者
Author: 高朋满座 时间: 2020-6-29 14:33

sobereva 发表于 2020-6-28 23:58
Disper.-corr.项对应于色散校正对能量的影响，这部分没法进行分解。在分解讨论的时候无视掉
要分清楚cut-o ...

感谢老师的回答！

mdp文件的静电、vdw这部分输入参数是
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = PME
rcoulomb    = 1.0
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 1.0
DispCorr    = EnerPres

前面我忘记说清楚了，我在分析轨迹的时候，用的是PME计算静电作用。在能量分解rerun了一次，把PME改成了cut-off，截断距离保持不变，这样可以吗？

作者
Author: jimulation 时间: 2020-6-29 14:51

高朋满座发表于 2020-6-29 14:33
感谢老师的回答！

mdp文件的静电、vdw这部分输入参数是

rerun重跑轨迹的时候，应当把coulombtype改为cut-off,同时加大rcoulomb的值

作者
Author: 高朋满座 时间: 2020-6-29 15:39

jimulation 发表于 2020-6-29 14:51
rerun重跑轨迹的时候，应当把coulombtype改为cut-off,同时加大rcoulomb的值

感谢老师，增加rcoulomb要增大到多少呢，我的盒子边长不到6nm，最大也不能超过一半吧

作者
Author: jimulation 时间: 2020-6-29 18:00
本帖最后由 jimulation 于 2020-6-30 10:39 编辑

高朋满座发表于 2020-6-29 15:39
感谢老师，增加rcoulomb要增大到多少呢，我的盒子边长不到6nm，最大也不能超过一半吧

可以参考下此帖 http://bbs.keinsci.com/thread-13147-1-1.html。rcoulomb和rvdw尽量大，不超过最短边的一半就行

作者
Author: 高朋满座 时间: 2020-6-29 23:37

jimulation 发表于 2020-6-29 18:00
可以参考下此帖 http://bbs.keinsci.com/thread-13147-1-1.html。rcoulomb和rdvw尽量大，不超过最短边的 ...

谢谢您指点！

作者
Author: jimulation 时间: 2020-6-30 08:30

高朋满座发表于 2020-6-29 23:37
谢谢您指点！

客气，交流学习

作者
Author: WUXIAOWEN 时间: 2021-1-6 22:41
您好，想要请教一下，不同组分之间的相互作用大小如何进行比较分析呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-16 08:40

WUXIAOWEN 发表于 2021-1-6 22:41
您好，想要请教一下，不同组分之间的相互作用大小如何进行比较分析呢？

没细节没法说
原理上作用能可以直接比，如果涉及到分子数目不同的问题，必要时除以分子对数

作者
Author: WUXIAOWEN 时间: 2021-1-17 22:58

sobereva 发表于 2021-1-16 08:40
没细节没法说
原理上作用能可以直接比，如果涉及到分子数目不同的问题，必要时除以分子对数

感谢老师的回复

作者
Author: blue11 时间: 2025-3-4 10:11

sobereva 发表于 2021-1-16 08:40
没细节没法说
原理上作用能可以直接比，如果涉及到分子数目不同的问题，必要时除以分子对数

您好，sob老师，可以详细解释一下什么是分子对数吗？我做的体系是萃取剂萃取水中的有机物，比如说萃取剂有200个，有机物只有5个，萃取剂和有机物之间的分子对数应该怎么算呢？谢谢sob老师了，感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-4 16:59

blue11 发表于 2025-3-4 10:11
您好，sob老师，可以详细解释一下什么是分子对数吗？我做的体系是萃取剂萃取水中的有机物，比如说萃取剂 ...

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