计算化学公社

标题: 求一个GROMACS提交作业的脚本，不知道怎么在服务器提交作业 [打印本页]

作者
Author: SunJC 时间: 2020-6-29 01:41
标题: 求一个GROMACS提交作业的脚本，不知道怎么在服务器提交作业
求一个GROMACS提交作业的脚本，不知道怎么在服务器提交作业

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2020-6-29 02:31
本帖最后由 hebrewsnabla 于 2020-6-29 02:34 编辑

问题没头没尾。既没描述用gmx干什么，也不说明是哪个作业提交系统……

如果你已经会用gmx，但是不会用服务器，剩下的问题可以请服务器管理员帮你解决。

作者
Author: FMGwenyanhoon 时间: 2020-6-29 10:05
唔你根据自己的需要自己改8
#!/bin/bash

nt=3

if [ ! -e watergas.gro ]; then
gmx editconf -f waterbox.gro -o watergas.gro -box 4 4 16
fi

# EM (Energy Minimization)
if [ ! -e em.tpr ]; then
gmx grompp -f em.mdp -p topol.top -c watergas.gro -o em.tpr
echo -e "2\n" | gmx genion -s em.tpr -p topol.top -o KCl_gas.gro -np 130 -nn 130 -pname K -nname CL
gmx grompp -f em.mdp -c KCl_gas.gro -p topol.top -o em.tpr -maxwarn 1
gmx mdrun -v -nt $nt -deffnm em
fi

# NVT simulation
if [ ! -e prod.tpr ]; then
gmx grompp -f prod.mdp -p topol.top -c em.gro -o prod.tpr
gmx mdrun -v -nt $nt -deffnm prod
fi

if [ ! -e prod2.tpr ]; then
gmx grompp -f prod2.mdp -p topol.top -c prod.gro -o prod2.tpr
gmx mdrun -v -nt $nt -deffnm prod2
fi

if [ ! -e good.xtc ]; then
echo -e "0\n" | gmx trjconv -f prod2.xtc -s prod2.tpr -pbc mol -o good.xtc -b 0 -e 200000
gmx trjconv -f good.xtc -dt 80 -o good-1.xtc
fi

if [ ! -e ion.xvg ]; then
echo -e "4\n" | gmx density -f prod2.xtc -s prod2.tpr -b 0 -e 200000 -o ion.xvg -dens num -sl 1000 -ng 1
fi

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)