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标题: 请教xtb-6.3.1的PBC GFN1-xTB使用问题 [打印本页]

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Author: ghifi37 时间: 2020-6-29 08:53
标题: 请教xtb-6.3.1的PBC GFN1-xTB使用问题
本帖最后由 ghifi37 于 2020-6-29 09:55 编辑

自从xtb-6.3发布后，据称支持PBC GFN1-xTB的算法。
在编译xtb-6.3.1后，使用GFN0-xTB计算PBC体系是没问题的，就是结果有点不可靠；
改成--gfn 1后，还没开始算就报错了：
         -------------------------------------------------
      |                G F N 1 - x T B                |
         -------------------------------------------------

      Reference                   10.1021/acs.jctc.7b00118
   * Hamiltonian:
      H0-scaling (s, p, d)          1.850000 2.250000 2.000000
      zeta-weighting                0.000000
   * Dispersion:
      s8                            2.400000
      a1                            0.630000
      a2                            5.000000
      s9                            0.000000
   * Repulsion:
      kExp                         1.500000
      rExp                         1.000000
   * Coulomb:
      alpha                         2.000000
      third order                   atomic
      anisotropic                   false
   * Halogen bond correction:
      rad-scale                   1.300000
      damping                      0.440000

      ...................................................
      :                   SETUP                   :
      :.................................................:
      :  # basis functions                692       :
      :  # atomic orbitals                628       :
      :  # shells                         226       :
      :  # electrons                      688       :
      :  # halogen bonds                   0       :
      :  max. iterations                1000       :
      :  Hamiltonian                GFN1-xTB       :
      :  restarted?                   false       :PBC GFN1-xTB
      :  GBSA solvation                false       :
      :  PC potential                   false       :
      :  electronic temp.       300.0000000    K :
      :  accuracy                   1.0000000       :
      :  -> integral cutoff       0.2500000E+02    :
      :  -> integral neglect       0.1000000E-07    :
      :  -> SCF convergence       0.1000000E-05 Eh :
      :  -> wf. convergence       0.2000000E-04 e :
      :  Broyden damping          0.4000000       :
      ...................................................

iter    E          dE       RMSdq    gap    omega  full diag
###############################################PBC GFN1-xTB#########################
[ERROR] Program stopped due to fatal error
-6- Single point calculation terminated
-5- type_calculator_singlepoint: Electronic structure method terminated
-4- scf: Self consistent charge iterator terminated
-3- scc_core: Diagonalization of Hamiltonian failed
-2- mctc_lapack_sygvd: Failed to solve eigenvalue problem
-1- mctc_lapack_potrf: Factorisation of matrix failed
########################################################################

BTW，直接下编译好的二进制文件也是一样的问题。
请教下用起来PBC GFN1-xTB的网友，有什么要注意的地方吗？

作者
Author: ghifi37 时间: 2020-6-29 09:02
本帖最后由 ghifi37 于 2020-6-29 10:30 编辑

顺便提醒下使用新版本的网友，xtb虽然在-h中还有 --periodic的使用，但号称已不用了，但真用了也不报错。周期性由输入文件来判断。
awvwgk commented 4 days ago
The --periodic option has been removed from xtb, it should be invoked as --gfn 0 instead as the detection of the boundary conditions only relies on the geometry input.

作者
Author: ghifi37 时间: 2020-6-29 10:11
我换了体系就可以正常进行了，估计还是GFN1的普适性不够！
不管怎么说，PBC总算又多了个选择！

作者
Author: tjuptz 时间: 2020-7-16 15:20
我尝试优化碳酸钙2*2*2超胞，也提示有问题
**** WARNING ****
Cholesky factorization of the overlap failed!
It is possible that there are near linear dependecies in the basis.
Therefore PEEQ will work with an orthogonal basis by using
canonical orthogonalization.
**** WARNING ****
最后是规定cycles内不收敛

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