计算化学公社

标题: 求助:使用antechamber计算CRO部分电荷和原子类型的问题 [打印本页]

作者
Author:
caroline    时间: 2020-6-29 16:38
标题: 求助:使用antechamber计算CRO部分电荷和原子类型的问题
在做官网的tutarial B5时,进行到第二部分计算CRO的部分电荷和原子类型时,遇到了问题。
在运行antechamber -fi ccif -i CRO.cif -bk CRO -fo ac -o CRO.ac -c bcc -at amber时报错:
Welcome to antechamber 20.0: molecular input file processor.

acdoctor mode is on: check and diagnose problems in the input file.
/home-ys/users/YS_yangyf/jly/Softwares/Amber/amber20/bin/wrapped_progs/antechamber: Fatal Error!
Residue (CRO) has a type of LINKING.

于是我就将CRO.cif 中的带有linking那一行删掉了。在运行相同的命令时,就发生如下报错:
Welcome to antechamber 20.0: molecular input file processor.

acdoctor mode is on: check and diagnose problems in the input file.
antechamber: /home-ys/users/YS_yangyf/jly/Softwares/Amber/amber20_src/AmberTools/src/antechamber/mmcif.c:70: rmmcif: Assertion `col2 >= 0' failed.
/home-ys/users/YS_yangyf/jly/Softwares/Amber/amber20/bin/antechamber: line 9: 18349 Aborted                 $AMBERHOME/bin/wrapped_progs/antechamber "$@"

于是我就对amber20_src/ambertools/src/antechamber 中的mmcif.c中的第68行使用//对该段进行注释,然后并在该目录下使用make install 重新安装antechamber。但又出现了报错:
Makefile:3: ../config.h: No such file or directory
make: *** No rule to make target `../config.h'.  Stop.

因为我不是很会在linux系统下进行软件的安装,不知道该怎么重新安装antechamber?
那还有没有其他方法可以解决在计算CRO这个非标准残基进行部分电荷和原子类型中遇到的问题呢?我也附上了最初的CRO.cif文件
以及被我修改过的CRO_f.cif文件

作者
Author:
sobereva    时间: 2020-6-29 19:02
别用cif就完了,用mol2、pdb之类的标准分子结构记录格式
作者
Author:
caroline    时间: 2020-7-2 16:49
sobereva 发表于 2020-6-29 19:02
别用cif就完了,用mol2、pdb之类的标准分子结构记录格式

好的,谢谢老师





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