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标题: 求助关于VMD按电荷着色和查看电荷的方法 [打印本页]

作者
Author: zhangzh 时间: 2020-6-29 22:24
标题: 求助关于VMD按电荷着色和查看电荷的方法
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我从RCSB数据库下载蛋白质以后，使用charge进行着色发现所有的地方都是灰色的，请问该如何显示出体系中的带电荷氨基酸呢？
以及有什么方法可以查看到这个体系的净电荷量吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-30 00:21
pdb文件里本来就没原子电荷信息，显然没法用charge着色。charge不是按氨基酸是否带电着色，而是根据原子电荷来着色，而且就算你用pqr这种有原子电荷的文件作为输入，当前这种drawing method下由于不显示原子，照样不可能显示出颜色。

selected atom里用charged作为选择语句就可以选择中性环境下带电的氨基酸，指定成特殊的显示方式或者颜色就能凸现出来

作者
Author: zhangzh 时间: 2020-6-30 01:18

sobereva 发表于 2020-6-30 00:21
pdb文件里本来就没原子电荷信息，显然没法用charge着色。charge不是按氨基酸是否带电着色，而是根据原子电 ...

谢谢，还想请教一下有什么方法可以快速看到这个分子整体带多少电荷吗？感觉氨基酸一多，手动数就会很慢

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-30 01:55

zhangzh 发表于 2020-6-30 01:18
谢谢，还想请教一下有什么方法可以快速看到这个分子整体带多少电荷吗？感觉氨基酸一多，手动数就会很慢

看你的文件具体是什么格式的。简单情况用ultraedit的列模式把原子电荷都拷到excel里，用sum函数相加就完了

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