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标题: 关于将PDB文件转为特定格式的脚本问题求助 [打印本页]

作者
Author: lym563557413 时间: 2020-6-30 10:01
标题: 关于将PDB文件转为特定格式的脚本问题求助
本帖最后由 lym563557413 于 2020-6-30 10:04 编辑

有已知的PDB文件，如下，
ATOM    1  N TYR A 1    1.195 3.926 2.552  1.00  0.00          N
ATOM    2  CA  TYR A 1    0.509 3.483 1.309  1.00  0.00          C
ATOM    3  C TYR A 1    1.466 3.480 0.121  1.00  0.00          C
ATOM    4  O TYR A 1    2.626 3.875 0.242  1.00  0.00          O
ATOM    5  CB  TYR A 1    -0.662 4.428 1.036  1.00  0.00          C
ATOM    6  CG  TYR A 1    -1.698 3.859 0.092  1.00  0.00          C
ATOM    7  CD1 TYR A 1    -2.555 2.843 0.497  1.00  0.00          C
ATOM    8  CD2 TYR A 1    -1.814 4.337  -1.206  1.00  0.00          C
ATOM    9  CE1 TYR A 1    -3.499 2.321  -0.366  1.00  0.00          C

想通过读取TYR和它前面这一列，生成特定格式的txt文件，如读取到TYR并且前面是CA,则写入新的txt文件内容为：
6    1    1.195 3.926 2.552

解释：我想通过TYR和它前面那列，生成自动的两列序号，第一列为元素周期表的序号，第二列为我自己定的号，剩下的则写入它的xyz坐标
关与脚本不是很懂，请求有人给个例子，非常感谢！

作者
Author: snljty 时间: 2020-6-30 12:18
本帖最后由 snljty 于 2020-6-30 13:43 编辑

用靠谱的搜索引擎搜索下面几个Linux相关内容：
Linux cut命令
Linux awk命令
Linux declare命令
Linux shell 字典
Linux 管道符
Linux 重定向输出
不想学shell也可以，如楼下，直接学python我觉得更简单一些。

作者
Author: agent99 时间: 2020-6-30 12:49
楼上+1

或者用python（好处是不限于linux，windows也行），你这个需求20行左右就可以搞定

作者
Author: lym563557413 时间: 2020-6-30 14:03

snljty 发表于 2020-6-30 12:18
用靠谱的搜索引擎搜索下面几个Linux相关内容：
Linux cut命令
Linux awk命令

这个用awk命令等，确实可以实现这种转换，不过我之后会面临更多不同的蛋白，因此如果有个可以循环的脚本最好。不过谢谢

作者
Author: lym563557413 时间: 2020-6-30 14:04

agent99 发表于 2020-6-30 12:49
楼上+1

或者用python（好处是不限于linux，windows也行），你这个需求20行左右就可以搞定

正在尝试用python写，不过很不熟练，后续会继续发一下，如果有问题还请多指教

作者
Author: liuyuje714 时间: 2020-6-30 14:08
awk编程还不是可以循环，你就当C语言写就行。很强大的

作者
Author: lym563557413 时间: 2020-6-30 14:11

liuyuje714 发表于 2020-6-30 14:08
awk编程还不是可以循环，你就当C语言写就行。很强大的

我的编程基础只有一点FORTRAN的，C语言确实没有接触过，还用过python的程序

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-30 19:08
这种事情用你现在已经会的Fortran就可以很容易地写出来，完全没必要为此还学python去。把格式化输入输出搞懂，把相应的列读入相应变量里，弄个循环就搞定了，简单至极。有不懂的你再具体问。

作者
Author: DoubeeTwT 时间: 2020-7-2 21:00
思路:

1. 新建一个空的数组Result=[]
2. 循环
2-1. 按行读取文件（百度一下python文件读写）
2-2. 判断第四列是不是TYR
2-3. 将需要的信息保存至一开始新建的空数组中
3. 保存空数组为 Result.txt

*需要百度 for循环 | 文件I/O | if判断

作者
Author: lym563557413 时间: 2020-7-10 16:20

DoubeeTwT 发表于 2020-7-2 21:00
思路:

1. 新建一个空的数组Result=[]

多谢，已写完小程序！多谢各位！

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