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标题: 求助想获得碳酸氢根的力场参数-charmm力场 [打印本页]

作者
Author: chw985550192 时间: 2020-6-30 10:06
标题: 求助想获得碳酸氢根的力场参数-charmm力场
我使用的软件是namd，用的力场为charmm36，我想获得碳酸氢根的力场参数，要怎么获得呢。

我知道可以通过cgenff获得小分子的力场，但是这小分子一般都是中性分子，而碳酸氢根是负一价，请问要怎么获得这个力场参数呢，非常感谢。

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-6-30 10:26
把小分子提交到这里试试 https://cgenff.umaryland.edu/initguess/

“小分子一般都是中性分子”显然是不对的

作者
Author: k64_cc 时间: 2020-6-30 10:36
可以考虑拟合一发。
只要不是NQE特别强的分子，效果看起来还挺好的。

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jz5010945

作者
Author: chw985550192 时间: 2020-7-1 09:26

fhh2626 发表于 2020-6-30 10:26
把小分子提交到这里试试 https://cgenff.umaryland.edu/initguess/

“小分子一般都是中性分子”显然是不 ...

你好，请问我有一个小分子，我用cgenff生成力场，可是我生成psf的时候，报错，说是unknown aton type HGP1，我看了下，HGP1是指氢原子，可是这个没有问题呀，谁可以解释下吗，谢谢

另外top_all36_cgenff.rtf这个力场文件中也有这个定义，谢谢

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-7-1 12:13

chw985550192 发表于 2020-7-1 09:26
你好，请问我有一个小分子，我用cgenff生成力场，可是我生成psf的时候，报错，说是unknown aton type HGP ...

top_all36_cgenff.rtf这个文件也要读

作者
Author: chw985550192 时间: 2020-7-2 09:54

fhh2626 发表于 2020-7-1 12:13
top_all36_cgenff.rtf这个文件也要读

很感谢你的回答，我测试是一个乳酸的体系，我发现进行能量最小化时，乳酸的结构变化很大，导致后边的能量啥的输出都为零，这是因为cgenff力场对乳酸分子不合适吗，谢谢。C:\Users\chw\Desktop\4

作者
Author: chw985550192 时间: 2020-7-2 09:55

fhh2626 发表于 2020-7-1 12:13
top_all36_cgenff.rtf这个文件也要读

C:\Users\chw\Desktop\4\123.png

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-7-2 10:07

chw985550192 发表于 2020-7-2 09:54
很感谢你的回答，我测试是一个乳酸的体系，我发现进行能量最小化时，乳酸的结构变化很大，导致后边的能量 ...

在生成的top文件里面加上auto angle dihedral

作者
Author: chw985550192 时间: 2020-7-2 15:18
本帖最后由 chw985550192 于 2020-7-2 15:46 编辑

fhh2626 发表于 2020-7-2 10:07
在生成的top文件里面加上auto angle dihedral

您好，按照你说的，在top文件加上这句话，跑出来的结构和只有是一样的

MASS  -1  O2chw    15.99940 O ! carbonyl O: amides, esters, [neutral] carboxylic acids, aldehydes, uera
MASS  -1  C1chw    12.01100 C ! carbonyl C: esters, [neutral] carboxylic acids

auto angle dihedral

RESI LAC    0.000 ! param penalty=  38.200 ; charge penalty=  16.655
GROUP          ! CHARGE CH_PENALTY
ATOM C1    C1chw 0.605726! 10.374

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-7-2 18:53

chw985550192 发表于 2020-7-2 15:18
您好，按照你说的，在top文件加上这句话，跑出来的结构和只有是一样的

MASS -1 O2chw 15.99940 ...

你要不把pdb，psfgen和top文件发上来看看

作者
Author: chw985550192 时间: 2020-7-2 22:17
本帖最后由 chw985550192 于 2020-7-3 11:02 编辑

fhh2626 发表于 2020-7-2 18:53
你要不把pdb，psfgen和top文件发上来看看

其中LAC表示乳酸，LAC.str是其力场文件，通过cgenff生成，只不过我将其中的原子命名修改了

作者
Author: chw985550192 时间: 2020-7-3 10:57

fhh2626 发表于 2020-7-2 18:53
你要不把pdb，psfgen和top文件发上来看看

不好意思打扰了，我已经把文件传给你了，请问您看出了是那有问题吗，谢谢

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-7-3 13:33

chw985550192 发表于 2020-7-3 10:57
不好意思打扰了，我已经把文件传给你了，请问您看出了是那有问题吗，谢谢

没发现生成的文件有什么问题，你确定用这个文件跑结构会不正常？ (, 下载次数 Times of downloads: 1) (, 下载次数 Times of downloads: 1)

作者
Author: chw985550192 时间: 2020-7-3 21:31
是的，我跑最小化的时候就会出现上述的构型变化，我已经把参数文件发给你了，您可以试试。

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2020-9-15 21:01

chw985550192 发表于 2020-7-3 21:31
是的，我跑最小化的时候就会出现上述的构型变化，我已经把参数文件发给你了，您可以试试。

您好，我想问下这个param penalty值过大是怎么解决的？

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