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标题: 为何用ORCA读取G16算出的初猜第一步能量相差极大？ [打印本页]

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Author: 量化小菜鸡 时间: 2020-6-30 14:18
标题: 为何用ORCA读取G16算出的初猜第一步能量相差极大？
我使用社长的方法用G16产生aug-cc-pVTZ的波函数去作为ORCA的初猜，目的是更好的进行下一步的DLPNO-CCSD(T)/aug-cc-pVTZ的计算。因为是aug-cc系列，我使用了 int=NoBasisTransform nosymm的关键词。最终能量为HF=-1344.3638469
但用ORCA做接下来的计算的话，可见第一步能量相差较大，虽然基组验证一样。此外，因为MAX-DP极大，第二步能量巨变。

这个结果让我觉得十分的迷惑，感觉问题出在第一步的算法上。谢谢大家帮忙。另外我发觉直接用G16的aug-cc-pVTZ的话，就算加NoBasisTransform，跟ORCA用的也有些许不同。

作者
Author: 量化小菜鸡 时间: 2020-6-30 14:19
---------------------
INITIAL GUESS: MOREAD
---------------------
Guess MOs are being read from file: 06_36TS-guess.ges
Input Geometry matches current geometry (good)
Input basis set matches current basis set (good)
MOs were renormalized
MOs were reorthogonalized (Cholesky)
                  ------------------
                  INITIAL GUESS DONE ( 4.1 sec)
                  ------------------
--------------
SCF ITERATIONS
--------------
ITER    Energy       Delta-E       Max-DP    RMS-DP    [F,P]    Damp
            ***  Starting incremental Fock matrix formation  ***
  0  -1343.8608293347 0.0000000000001252.06273066  3.82819878  0.3028578 0.7000
  1  29624.205102595030968.065931929730371.14597152  1.13787707 1692.9559380 0.7000

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2020-6-30 14:32
本帖最后由 hebrewsnabla 于 2020-6-30 14:37 编辑

首先基函数数目一样吗？高斯算的时候要指定5D 7F

你是用Multiwfn把fchk转成mkl么？Multiwfn的这个功能有一点问题（一部分f,g基函数对应的MO系数要乘-1），你可以用MOKIT试试（https://gitlab.com/jxzou/mokit）

搞不定就上传fchk和mkl文件

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-6-30 14:38
本帖最后由 zjxitcc 于 2020-6-30 14:41 编辑

mkl文件里的有些G, F, H函数的系数需要乘以-1，这点在MOKIT里的fch2mkl小程序考虑了。
你这基组很大，光写5D是不够的，还要加7F。
你可以传压缩后的fchk文件，或者传百毒网盘。

作者
Author: 量化小菜鸡 时间: 2020-6-30 14:38

hebrewsnabla 发表于 2020-6-30 14:32
首先基函数数目一样吗？高斯算的时候要指定5D 7F

你是用Multiwfn把fchk转成mkl么？Multiwfn的这个功能有 ...

谢谢，我用的是5D（查高斯输出了），否则ORCA第一步应该不会说match the basis set。 mkl比较大，直接上传不上去。
我正在读manual，感觉问题像出在Cholesky inversion。他讲有linear dependence这个算法容易出问题，然后能量会大跳。

作者
Author: 量化小菜鸡 时间: 2020-6-30 14:40

zjxitcc 发表于 2020-6-30 14:38
mkl文件里的有些G, F, H函数的系数需要乘以-1，这点在MOKIT里的fch2mkl小程序考虑了。
光5D是不够的，还要 ...

好的，谢谢，那我用printbasis一个一个比比看看。但ORCA第一步说基组符合应该就是对的上吧。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-6-30 14:42

量化小菜鸡发表于 2020-6-30 14:40
好的，谢谢，那我用printbasis一个一个比比看看。但ORCA第一步说基组符合应该就是对的上吧。

不一定，这并没有必然关系。而且传轨道最好不要用ORCA内置基组（如直接写名称），而用fch2mkl生成的inp文件，才能保证基组严格一致。

作者
Author: 量化小菜鸡 时间: 2020-6-30 14:46

zjxitcc 发表于 2020-6-30 14:42
不一定，这并没有必然关系。而且传轨道最好不要用ORCA内置基组（如直接写名称），而用fch2mkl生成的inp文 ...

好的，学习了。您不讲我都不知道

作者
Author: 量化小菜鸡 时间: 2020-6-30 14:48

zjxitcc 发表于 2020-6-30 14:38
mkl文件里的有些G, F, H函数的系数需要乘以-1，这点在MOKIT里的fch2mkl小程序考虑了。
你这基组很大，光写 ...

7F也有的，忘记说了。我用过默认aug-cc-pVTZ，还用过gen从EMSL的搞下来的。我试试怎么分享啊，网盘在外面可慢

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-6-30 15:19

量化小菜鸡发表于 2020-6-30 14:48
7F也有的，忘记说了。我用过默认aug-cc-pVTZ，还用过gen从EMSL的搞下来的。我试试怎么分享啊，网盘在外面 ...

暂时不用分享fch文件。也不用gen，你就用高斯里的aug-cc-pVTZ就行。用MOKIT里的fch2mkl，仅编译组件fch2mkl即可。程序都是开源的，自己弄一下几分钟就行了。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-30 19:00
Gaussian里用Dunning系列基组默认就用5d 7f，完全没必要刻意写，你直接在输入文件里就会看到以下信息
Standard basis: Aug-CC-pVTZ (5D, 7F)
明显可见默认就是用的5d 7f

作者
Author: 量化小菜鸡 时间: 2020-7-1 03:09

sobereva 发表于 2020-6-30 19:00
Gaussian里用Dunning系列基组默认就用5d 7f，完全没必要刻意写，你直接在输入文件里就会看到以下信息
Stan ...

对的，默认是5D 7F。

作者
Author: 量化小菜鸡 时间: 2020-7-1 03:12

zjxitcc 发表于 2020-6-30 15:19
暂时不用分享fch文件。也不用gen，你就用高斯里的aug-cc-pVTZ就行。用MOKIT里的fch2mkl，仅编译组件fch2m ...

谢谢，我尝试了用MOKIT，第二轮能量不跳了，但还是不能一轮两轮就收敛。至少趋势是对的 :)
ORCA有弥散的收敛好一般，高斯直接上去算就收敛了。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-1 06:47

量化小菜鸡发表于 2020-6-30 14:48
7F也有的，忘记说了。我用过默认aug-cc-pVTZ，还用过gen从EMSL的搞下来的。我试试怎么分享啊，网盘在外面 ...

Multiwfn的那个问题已经解决，见

解决了一个Multiwfn产生mkl文件作为ORCA当初猜波函数的问题
http://bbs.keinsci.com/thread-18220-1-1.html

现在对于aug-cc-pVTZ这样含d以上角动量的情况也可以非常容易地通过Multiwfn来把Gaussian收敛的波函数当ORCA的初猜波函数。如果有问题，欢迎反馈。

作者
Author: 量化小菜鸡 时间: 2020-7-1 13:12

sobereva 发表于 2020-7-1 06:47
Multiwfn的那个问题已经解决，见

解决了一个Multiwfn产生mkl文件作为ORCA当初猜波函数的问题

谢谢社长，这会就去试试。

作者
Author: 量化小菜鸡 时间: 2020-7-1 14:45

sobereva 发表于 2020-7-1 06:47
Multiwfn的那个问题已经解决，见

解决了一个Multiwfn产生mkl文件作为ORCA当初猜波函数的问题

(, 下载次数 Times of downloads: 6)
您试过加aug的吗？我这个似乎还是不行，第一步总是基组不一样。

作者
Author: 量化小菜鸡 时间: 2020-7-1 15:04

zjxitcc 发表于 2020-6-30 15:19
暂时不用分享fch文件。也不用gen，你就用高斯里的aug-cc-pVTZ就行。用MOKIT里的fch2mkl，仅编译组件fch2m ...

这个是fchk，mkl和out文件。您有空了帮我看看，我觉得是不是G16和ORCA对aug的弥散有区别啊。
链接：https://pan.baidu.com/s/1iEEZW6ck3nQzbFLsbmYHoQ
提取码：b5m5

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-7-1 18:00

量化小菜鸡发表于 2020-7-1 15:04
这个是fchk，mkl和out文件。您有空了帮我看看，我觉得是不是G16和ORCA对aug的弥散有区别啊。
链接：http ...

网盘太慢了，我用你orca输出文件里的坐标直接建个gjf算了，比网盘下载快多了。
用fch2mkl生成的inp和mkl文件结果毫无问题，ORCA的RHF 1圈就收敛了。为节约空间，压缩包里只有gjf, log, inp, out四个文件

题外话：你2000+基函数，你确定你有相应的机器配置来算DLPNO-CCSD(T)？感觉够呛。。。

(, 下载次数 Times of downloads: 4)

作者
Author: 量化小菜鸡 时间: 2020-7-1 18:09

zjxitcc 发表于 2020-7-1 18:00
网盘太慢了，我用你orca输出文件里的坐标直接建个gjf算了，比网盘下载快多了。
用fch2mkl生成的inp和mkl ...

谢谢了。我帮组里同学做的，他做benchmarking和方法的。他用超算能算的动，极限就到TZ了。ORCA就是吃内存太厉害了。

作者
Author: 量化小菜鸡 时间: 2020-7-1 18:37

zjxitcc 发表于 2020-7-1 18:00
网盘太慢了，我用你orca输出文件里的坐标直接建个gjf算了，比网盘下载快多了。
用fch2mkl生成的inp和mkl ...

您有空可以试试，用默认的ORCA的aug-cc-pVTZ直接去读取算的波函数，似乎是不能一轮收敛。
我照着ORCA PrintBasis出来的基函数用G16算初猜，这种可以一轮直接收敛。非常感谢您帮助。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-7-1 19:44
本帖最后由 zjxitcc 于 2020-7-1 19:47 编辑

量化小菜鸡发表于 2020-7-1 18:37
您有空可以试试，用默认的ORCA的aug-cc-pVTZ直接去读取算的波函数，似乎是不能一轮收敛。
我照着ORCA Pr ...

我在#7楼就回复过了，最好不要用ORCA内置基组（如直接写名称），这只是有些时候能奏效，如果你经过几圈能收敛也行。但我仍强烈推荐用fch2mkl生成的inp文件，才能保证基组严格一致，也无需“ORCA PrintBasis出来的基函数用G16算初猜”这种操作。不然我让fch2mkl产生inp文件那不是多此一举了

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-1 20:43

量化小菜鸡发表于 2020-7-1 14:45
您试过加aug的吗？我这个似乎还是不行，第一步总是基组不一样。

对于CH3NH2，使用下文的方法，用aug-cc-pVTZ的情况下（关键词#p aug-cc-pVTZ int=NoBasisTransform），ORCA照样一步就收敛
将Gaussian等程序收敛的波函数作为ORCA的初猜波函数的方法
http://sobereva.com/517（http://bbs.keinsci.com/thread-14905-1-1.html）

ITER    Energy       Delta-E       Max-DP    RMS-DP    [F,P]    Damp
            ***  Starting incremental Fock matrix formation  ***
                  *** Initiating the SOSCF procedure ***
                  *** Re-Reading the Fockian ***
                  *** Removing any level shift ***
ITER    Energy    Delta-E       Grad    Rot    Max-DP RMS-DP
  0 -95.25471790 -95.2547179018  0.000004  0.000004  0.000034  0.000000
            *** Restarting incremental Fock matrix formation ***
               **** Energy Check signals convergence ****
            ***Rediagonalizing the Fockian in SOSCF/NRSCF***

            *****************************************************
            *                   SUCCESS                      *
            *          SCF CONVERGED AFTER 1 CYCLES       *

结果和Gaussian给出的HF=-95.2547179完全一致，明显对aug-cc-pVTZ基组定义上并不存在区别。因此完全没必要在基组的差异性上纠结。

当体系较大，弥散函数很多的情况下，不同程序对于去除线性依赖基函数的做法不同。如果按我博文的做法在ORCA里没法一步收敛，线性依赖基函数的处理应当是导致问题的关键。
Gaussian里用IOp(3/32=2)可以避免自动去除线性依赖基函数，但对你那么大体系还用aug-cc-pVTZ，很可能导致数值不稳定。

你那个体系用aug-cc-pVTZ完全没必要，用个jun-cc-pVTZ足矣，还能显著减轻线性依赖问题，还能大幅节约耗时。

作者
Author: 量化小菜鸡 时间: 2020-7-2 02:33

zjxitcc 发表于 2020-7-1 19:44
我在#7楼就回复过了，最好不要用ORCA内置基组（如直接写名称），这只是有些时候能奏效，如果你经过几圈能 ...

好的，谢谢。学习到新东西了

作者
Author: 量化小菜鸡 时间: 2020-7-2 02:34

sobereva 发表于 2020-7-1 20:43
对于CH3NH2，使用下文的方法，用aug-cc-pVTZ的情况下（关键词#p aug-cc-pVTZ int=NoBasisTransform），OR ...

谢谢社长帮助

作者
Author: TDHFjiang 时间: 2020-7-2 14:37

zjxitcc 发表于 2020-6-30 15:19
暂时不用分享fch文件。也不用gen，你就用高斯里的aug-cc-pVTZ就行。用MOKIT里的fch2mkl，仅编译组件fch2m ...

我使用的是aug-cc-pVTZ、aug-cc-pVTZ-PP基组生成的fchk, 用了MOKIT中生成的.gbw, 虽然在读取轨道信息时，出现如图1所示的问题，但是6圈后就收敛了(图2），（我没有完全采用MOKIT产生的inp, 所以会收敛较慢，通常情况下用MOKIT产生的inp应该会1-2圈收敛）C:\Users\yrjia\Desktop\Snipaste_2020-07-02_14-32-25.png C:\Users\yrjia\Desktop\Snipaste_2020-07-02_14-32-40.png

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