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标题: 运行gjf2xyz.sh文件类型转换出错 [打印本页]

作者
Author: dongdong 时间: 2020-6-30 15:52
标题: 运行gjf2xyz.sh文件类型转换出错
本帖最后由 dongdong 于 2020-6-30 16:43 编辑

在centos装了Multiwfn并将一个.gjf文件成功转换成.xyz类型。于是在centos中运行了卢老师之前写的gjf2xyz.sh脚本希望批量转化，但是尝试运行一个文件得到下面报错，是我系统某个源文件有问题么，希望得到各位老师解答。谢谢哦！ (, 下载次数 Times of downloads: 35)

作者
Author: ABetaCarw 时间: 2020-6-30 16:21
建议贴个gjf看看

作者
Author: abin 时间: 2020-6-30 16:35
本帖最后由 abin 于 2020-6-30 22:47 编辑

代码框存在bug，复制粘贴有时候就乱套了。下面重新粘贴了一个。

复制代码

for f in $*
do
#f=pt-2.gjf
grep -n '^[[:space:]]*
随便对付了一个。
用法，另存为比如convert-gif-to-xyz.sh
bash convert-gif-to-xyz.sh *gjf ${f} | cut -f 1 -d : | head -n 3 > tmp
end_line_num_tmp=`sed -n '3p' tmp `
((end_line_num=${end_line_num_tmp} - 1))
start_line_tmp=`sed -n '2p' tmp`
((start_line=${start_line_tmp} + 2))
sed -n "${start_line},${end_line_num}p" ${f} > ${f}.xyz
done

复制代码

其实还是乱套的，比如再次粘贴的代码，依旧会在中间加入其他内容。

随便对付了一个。

用法，另存为比如convert-gif-to-xyz.sh
bash convert-gif-to-xyz.sh *gjf
那就粘贴到这里吧：
for f in $*
do
#f=pt-2.gjf

grep -n '^[[:space:]]*$' ${f} | cut -f 1 -d : | head -n 3 > tmp

end_line_num_tmp=`sed -n '3p' tmp `

((end_line_num=${end_line_num_tmp} - 1))

start_line_tmp=`sed -n '2p' tmp`

((start_line=${start_line_tmp} + 2))

sed -n "${start_line},${end_line_num}p" ${f} > ${f}.xyz

done

作者
Author: dongdong 时间: 2020-6-30 16:44

ABetaCarw 发表于 2020-6-30 16:21
建议贴个gjf看看

谢谢您的回答，已经上传。GJF应该没问题，我用Multiwfn直接运行是可以得到.xyz的文件。

作者
Author: dongdong 时间: 2020-6-30 16:55

abin 发表于 2020-6-30 16:35
随便对付了一个。

用法，另存为比如convert-gif-to-xyz.sh

谢谢您的回复，按照您的说法运行了程序，但是出现了个别报错（如图）
(, 下载次数 Times of downloads: 39)

作者
Author: abin 时间: 2020-6-30 17:30

dongdong 发表于 2020-6-30 16:55
谢谢您的回复，按照您的说法运行了程序，但是出现了个别报错（如图）

自己修改标点符号呗……

我只用Linux
也许当前页面会把部分标点，尤其是引号转错。

作者
Author: abin 时间: 2020-6-30 17:35

dongdong 发表于 2020-6-30 16:55
谢谢您的回复，按照您的说法运行了程序，但是出现了个别报错（如图）

需要修改标点，把所有的标点用英文输入法敲一下。

由于粘贴复制的关系，
其中一行似乎多余了。

方案很简单
就是数空行
然后把特定空行中间的东西输出。

作者
Author: liuyuje714 时间: 2020-6-30 17:40
本帖最后由 liuyuje714 于 2020-6-30 19:50 编辑

就自己写一个脚本就行了，不一定非要调用Multiwfn，脚本见附件。使用方式

bash awk_gjf2xyz.bsh

复制代码

复制脚本到需要转换的所有gjf文件夹中，执行上面的命令即可转换该文件夹下的所有gjf文件。默认输出为原文件名.xyz

作者
Author: xuhj199508 时间: 2020-6-30 17:40
你是直接把脚本上传上去的吗？有没有试过dos2unix？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-30 19:25
我这里CentOS 7.4下转化没有任何问题，输出的xyz文件附上了。用的sh文件就是你帖子里的，Multiwfn是官网上最新版本
(, 下载次数 Times of downloads: 24)
(, 下载次数 Times of downloads: 0)

你当前情况几乎一定是Multiwfn没有恰当安装，导致没法直接通过运行Multiwfn命令启动Multiwfn，要么是Multiwfn版本太老
正确安装流程Multiwfn手册2.1.2节写明了，这里也演示了
在Linux系统下安装Multiwfn 3.6的演示（CentOS 7.6）
https://www.bilibili.com/video/av41402462/

虽然也有别的方法转化，但还是通过.sh脚本调用Multiwfn转化最方便也最可靠。而且同样的方式可以用来在各种类型文件间转换。

作者
Author: 欢乐多 时间: 2020-7-6 01:42

sobereva 发表于 2020-6-30 19:25
我这里CentOS 7.4下转化没有任何问题，输出的xyz文件附上了。用的sh文件就是你帖子里的，Multiwfn是官网上 ...

老师，最新版的Multiwfn转换文件，坐标不能写进去。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-6 12:13

欢乐多发表于 2020-7-6 01:42
老师，最新版的Multiwfn转换文件，坐标不能写进去。

我这里没问题。估计是你没把settings.ini里iloadgauout设为1

作者
Author: 欢乐多 时间: 2020-7-7 08:05
好的，老师，已改，

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