计算化学公社

标题: Gaussian计算非人为使其计算停止了，能否接着其继续向下算。 [打印本页]

作者
Author: 978142355 时间: 2015-9-28 23:15
标题: Gaussian计算非人为使其计算停止了，能否接着其继续向下算。
运用Gaussian09在SSH计算了接近3天的结构，由于学校半夜停电，计算机poweroff，而中途计算结束，请问有什么方法接着重新做吗？虽然3天在一些人眼里感觉时间不长，但是我想如果计算了一个月的结构，遇到类似这种事情，可能也不太好，所以请教各位有什么方法可以接着做。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-9-29 00:08
本帖最后由 liyuanhe211 于 2015-9-29 00:14 编辑

结构优化
#p opt=restart，其他照抄

频率计算（IR，热力学，NMR...）
#p restart
重启计算需要上一布计算时指定了%chk = *******.chk，重启计算原样照抄
频率计算的Restart要求在之前计算的时候指定了%rwf = *****.rwf，重启计算时原样照抄

具体的去查两个关键词的Gaussian说明书

作者
Author: sobereva 时间: 2015-9-29 02:47
怎么续算这里有全面的总结
http://www.gaussian.com/g_blog/faq2.htm

作者
Author: 978142355 时间: 2015-9-29 08:02

liyuanhe211 发表于 2015-9-29 00:08
结构优化
#p opt=restart，其他照抄

谢谢详细的解答。

作者
Author: 978142355 时间: 2015-9-29 08:02

sobereva 发表于 2015-9-29 02:47
怎么续算这里有全面的总结
http://www.gaussian.com/g_blog/faq2.htm

谢谢sob老师提供的链接。

作者
Author: 978142355 时间: 2015-9-29 09:05

sobereva 发表于 2015-9-29 02:47
怎么续算这里有全面的总结
http://www.gaussian.com/g_blog/faq2.htm

sob老师，看了那个Gaussian的FAQ，我的想法在下面，不知道对不对：
1.优化必须有*.chk文件，频率必须有*.rwf；
2.原来计算的*.gjf文件，改为opt=restart，而且*.chk必须在原路径。比如：老师，这样写对不对（SSH里计算，*.chk文件也是原来的路径）
%a.chk=a.chk
%mem=1GB
%nprocshared=4
#p opt=restart b3lyp/6-311g(d,p) guess=read
坐标
老师我的症结是原来的文件里没有guess=read这个命令，但如果不写guess=read，直接写opt=restart计算失败，而那个链接里在重新优化的时候，也没有说用guess=read，所以我不太清楚我这么做对不对。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-9-29 11:40

978142355 发表于 2015-9-29 09:05
sob老师，看了那个Gaussian的FAQ，我的想法在下面，不知道对不对：
1.优化必须有*.chk文件，频率必须有* ...

Guess = read 只不过是读了分子轨道的初猜
你的体系很难SCF收敛吗？
还是你先Somehow 做了一次失败的restart，结果把chk文件破坏掉了

作者
Author: 978142355 时间: 2015-9-29 12:02

liyuanhe211 发表于 2015-9-29 11:40
Guess = read 只不过是读了分子轨道的初猜
你的体系很难SCF收敛吗？
还是你先Somehow 做了一次失败的re ...

没有。我先用其它文件试验的，弄好了才敢那么整算了3天的体系。我那个体系很容易收敛的。我用了opt=restart，其它不变，但是出错。还是麻烦Li兄看一看，哪个地方错了？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-9-29 13:23

978142355 发表于 2015-9-29 12:02
没有。我先用其它文件试验的，弄好了才敢那么整算了3天的体系。我那个体系很容易收敛的。我用了opt=resta ...

你这是文件读写错误。
试试把chk改成完整路径写出来。
再就是一些奇怪的错误，比如没有磁盘的写权限，路径的名字不对之类的。

作者
Author: 978142355 时间: 2015-9-29 14:24

liyuanhe211 发表于 2015-9-29 13:23
你这是文件读写错误。
试试把chk改成完整路径写出来。
再就是一些奇怪的错误，比如没有磁盘的写权限， ...

Li老师，我是用计算出来的out转化为gjf算，还是用原来的gjf算？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-9-29 16:04

978142355 发表于 2015-9-29 14:24
Li老师，我是用计算出来的out转化为gjf算，还是用原来的gjf算？

写一个新的gjf，和原来的out没关系

作者
Author: 978142355 时间: 2015-9-29 16:08

liyuanhe211 发表于 2015-9-29 16:04
写一个新的gjf，和原来的out没关系

恩，然后和我发的图片的格式一样就行是吧？

作者
Author: 978142355 时间: 2015-9-29 21:35

liyuanhe211 发表于 2015-9-29 16:04
写一个新的gjf，和原来的out没关系

我重新用gjf做了，还是我发的图片的那个错误。。。。。。。。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-9-29 22:15

978142355 发表于 2015-9-29 21:35
我重新用gjf做了，还是我发的图片的那个错误。。。。。。。。

可以上传gjf和chk文件吗？

作者
Author: 978142355 时间: 2015-9-29 23:00

liyuanhe211 发表于 2015-9-29 22:15
可以上传gjf和chk文件吗？

那个没带回来，我在自己电脑做了一个丙烷的，然后中途把Gaussian09关闭了，这个可以吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-9-29 23:24
对于几何优化，restart其实没什么意义，直接用最后的结构，照常写个优化任务重新算就行了。
restart只不过是能读取之前近似更新出来的Hessian矩阵，但这无所谓。

如果就是想用restart方式续算，把临时文件备份一下然后试就行了。

作者
Author: 978142355 时间: 2015-9-29 23:32

sobereva 发表于 2015-9-29 23:24
对于几何优化，restart其实没什么意义，直接用最后的结构，照常写个优化任务重新算就行了。
restart只不过 ...

soga，就是把中途poweroff留下的out转成gjf，重新算对吧？对于其它的非优化的，比如：ts，语句我看到了：# Opt=(QST2,Restart) ...
感觉opt的restart没算成功，其它的就更没有底了。我看其它某个论坛里写的天花乱坠的，结果还是不好使，故而疑惑了。。。。。。还望sob不要见笑。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-9-29 23:57

978142355 发表于 2015-9-29 23:32
soga，就是把中途poweroff留下的out转成gjf，重新算对吧？对于其它的非优化的，比如：ts，语句我看到了： ...

对，gview打开，保存个新的gjf
TS本质上也是优化，只不过优化的目标不是极小点而是一阶鞍点。无论是opt=ts还是QST2，都拿最后结构保存成新的gjf，然后opt(TS,calcfc,noeigen)当新任务接着算就完了。

作者
Author: 978142355 时间: 2015-9-30 16:43

sobereva 发表于 2015-9-29 23:57
对，gview打开，保存个新的gjf
TS本质上也是优化，只不过优化的目标不是极小点而是一阶鞍点。无论是opt= ...

谢sob老师详细的解答。

作者
Author: ayanamiyao 时间: 2020-6-2 09:32

sobereva 发表于 2015-9-29 02:47
怎么续算这里有全面的总结
http://www.gaussian.com/g_blog/faq2.htm

多谢大神指点orz

作者
Author: kevin 时间: 2020-11-27 09:05

sobereva 发表于 2015-9-29 23:57
对，gview打开，保存个新的gjf
TS本质上也是优化，只不过优化的目标不是极小点而是一阶鞍点。无论是opt= ...

sob老师，借此机会问你一下，# opt=restart，freq 这种写法，用GV打开文件时会提示incomplete strutures were deleted. May be a restarted or incomplete job. 打开后不能看振动，用文本文件查看，是输出了热力学量的应该是已经做过频率分析了。请问这个问题改怎么解决？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-27 10:57

kevin 发表于 2020-11-27 09:05
sob老师，借此机会问你一下，# opt=restart，freq 这种写法，用GV打开文件时会提示incomplete strutures ...

自行对输出文件想办法移花接木，或者用VMD看
在VMD中绘制Gaussian计算的分子振动矢量的方法
http://sobereva.com/567（http://bbs.keinsci.com/thread-19287-1-1.html）

作者
Author: kevin 时间: 2020-11-28 23:08

sobereva 发表于 2020-11-27 10:57
自行对输出文件想办法移花接木，或者用VMD看
在VMD中绘制Gaussian计算的分子振动矢量的方法
http://sob ...

谢谢sob老师，我学习一下

作者
Author: hhwang 时间: 2021-3-1 11:16
各位老师，请问单点能的计算该怎样续算呀？我的高斯作业重原子超过了7个，使用的方法是CCSD (T)/cc-pVQZ ，现在由于在超算中心的计算超过了7天，系统自动停止了计算，不想之前七天的时间白费了，想请教一下有没有挽救的方法，非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-2 01:58

hhwang 发表于 2021-3-1 11:16
各位老师，请问单点能的计算该怎样续算呀？我的高斯作业重原子超过了7个，使用的方法是CCSD (T)/cc-pVQZ ， ...

(, 下载次数 Times of downloads: 58)

7天还算不完的情况明显应当改用DLPNO-CCSD(T)，或者用CCSD(T)/cc-pVDZ-F12代替

作者
Author: hhwang 时间: 2021-3-2 09:35

sobereva 发表于 2021-3-2 01:58
7天还算不完的情况明显应当改用DLPNO-CCSD(T)，或者用CCSD(T)/cc-pVDZ-F12代替

sob老师，续算的问题按照您发的PPT上的命令语句已经解决了，最开始问题出在调用临时文件夹里的 .rwf文件上，选择重新调用就能成功。CCSD(T)/cc-pVQZ方法在高斯上计算确实非常的慢，我还想问一下，您提到的改用DLPNO-CCSD(T)，或者用CCSD(T)/cc-pVDZ-F12代替请问这两种替代方式也可以在高斯上实现吗？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-3-2 09:46

hhwang 发表于 2021-3-2 09:35
sob老师，续算的问题按照您发的PPT上的命令语句已经解决了，最开始问题出在调用临时文件夹里的 .rwf文件 ...

都不能。都可以在ORCA软件做。

作者
Author: hhwang 时间: 2021-3-2 11:15

zjxitcc 发表于 2021-3-2 09:46
都不能。都可以在ORCA软件做。

嗯嗯，明白了，谢谢老师您的回复！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-3 01:32

hhwang 发表于 2021-3-2 09:35
sob老师，续算的问题按照您发的PPT上的命令语句已经解决了，最开始问题出在调用临时文件夹里的 .rwf文件 ...

这俩方法此文都提了
详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能
http://sobereva.com/490（http://bbs.keinsci.com/thread-13560-1-1.html）

作者
Author: hhwang 时间: 2021-3-5 10:56
非常感谢sob老师您的回复，我刚按照您的博文在超算账号上安装好了Orca软件，也读了您的帖子，我看到Multiwfn产生ORCA输入文件中的方法12， 12 Approximated CCSD(T)/CBS with help of MP2 (cc-pVTZ->QZ extrapolation) 我当前的单点能计算是用G16结合您的小程序 enecalc 中的CBS外推方法，我可以认为12的方法和enecalc中CBS外推方法是一样的吗？如果改用Orca计算单点能，它和高斯同样的方法得到的结果是一样的吗？会不会需要校正？

作者
Author: 屮人屮 时间: 2021-3-27 19:19

sobereva 发表于 2015-9-29 02:47
怎么续算这里有全面的总结
http://www.gaussian.com/g_blog/faq2.htm

大大这个总结404了。。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-28 10:31

hhwang 发表于 2021-3-5 10:56
非常感谢sob老师您的回复，我刚按照您的博文在超算账号上安装好了Orca软件，也读了您的帖子，我看到Multiwf ...

enecalc并没直接体现出CBS外推
CBS外推我另有专门的程序http://sobereva.com/soft/quickCBS/
注意外推公式里的参数，不同地方用的不一样

作者
Author: sobfans 时间: 2021-8-11 10:50

sobereva 发表于 2015-9-29 02:47
怎么续算这里有全面的总结
http://www.gaussian.com/g_blog/faq2.htm

sob老师您好，这个网站打不开了，请问还可以再发一下吗？

作者
Author: paramecium86 时间: 2021-8-11 14:39

sobfans 发表于 2021-8-11 10:50
sob老师您好，这个网站打不开了，请问还可以再发一下吗？

改版之后的软件稍微改了下网址。现在是这个 https://gaussian.com/faq2/

作者
Author: sobfans 时间: 2021-8-11 15:02

paramecium86 发表于 2021-8-11 14:39
改版之后的软件稍微改了下网址。现在是这个 https://gaussian.com/faq2/

收到，非常感谢解答！

作者
Author: sobfans 时间: 2021-8-17 19:31

屮人屮发表于 2021-3-27 19:19
大大这个总结404了。。

感谢，我去认真学习下。实在是没找到，不知道怎么搜索问题

作者
Author: 华北电力 时间: 2021-9-13 10:51

sobereva 发表于 2015-9-29 02:47
怎么续算这里有全面的总结
http://www.gaussian.com/g_blog/faq2.htm

sob老师，您提供的这个链接出现404，打不开啊

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-14 03:22

华北电力发表于 2021-9-13 10:51
sob老师，您提供的这个链接出现404，打不开啊

问问题之前前面的回复都不看么？

作者
Author: 华北电力 时间: 2021-9-16 21:12

sobereva 发表于 2021-9-14 03:22
问问题之前前面的回复都不看么？

不好意思我的过

作者
Author: Kiwgi 时间: 2021-11-4 09:30
老师，请问有赝势的有电核的体系被服务器中断了，也有rwf文件生成，新输入文件结尾的
C H O 0
6-311+G(2d,p)
****
Zr 0
SDD
****

Zr 0
SDD
还需要吗？
还是输入文件需要写成：
%rwf=Gau-60129.rwf
%NoSave
%nprocshared=64
%mem=200GB
%chk=Dzr2huang.chk
#p opt=restart geom=check guess=read freq genecp scrf=(smd,solvent=n,n-dimethylformamide) em=gd3bj pbe1pbe

Title Card Required

3 1

C H O 0
6-311+G(2d,p)
****
Zr 0
SDD
****

Zr 0
SDD
请问这样有必要写吗？还是：
%rwf=Gau-60129.rwf
%NoSave
%nprocshared=64
%mem=200GB
%chk=Dzr2huang.chk
#p opt=restart geom=check guess=read freq genecp scrf=(smd,solvent=n,n-dimethylformamide) em=gd3bj pbe1pbe
就可以了呢？我比较糊涂，还请老师们指导。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-11-4 16:16

Kiwgi 发表于 2021-11-4 02:30
老师，请问有赝势的有电核的体系被服务器中断了，也有rwf文件生成，新输入文件结尾的
C H O 0
6-311+G( ...

不确定能否少写，但是多写肯定是对的，而且反而比少写简单，要少写内容还要删

作者
Author: Kiwgi 时间: 2021-11-4 16:53

wzkchem5 发表于 2021-11-4 16:16
不确定能否少写，但是多写肯定是对的，而且反而比少写简单，要少写内容还要删

好哒谢谢，我试一下看看能不能算出来

作者
Author: JCenter 时间: 2022-5-13 10:20

sobereva 发表于 2015-9-29 02:47
怎么续算这里有全面的总结
http://www.gaussian.com/g_blog/faq2.htm

sob老师，这个网址链接失效了，我在高斯官网上只找到了关键词及介绍，不知道问题合集是在哪一栏中呀。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-5-13 10:24

JCenter 发表于 2022-5-13 10:20
sob老师，这个网址链接失效了，我在高斯官网上只找到了关键词及介绍，不知道问题合集是在哪一栏中呀。

其实这些不需要问，自己花几秒一通乱试就知道了，例如我就花了几秒尝试了一下，没人告诉我网址是啥
http://gaussian.com/faq
https://gaussian.com/faq2

作者
Author: JCenter 时间: 2022-5-13 11:54

zjxitcc 发表于 2022-5-13 10:24
其实这些不需要问，自己花几秒一通乱试就知道了，例如我就花了几秒尝试了一下，没人告诉我网址是啥
http ...

非常感谢大佬的批评和建议，后面我将注意和改正自己的这种坏习惯。

作者
Author: 隔壁老张sir 时间: 2022-12-27 16:55

sobereva 发表于 2015-9-29 02:47
怎么续算这里有全面的总结
http://www.gaussian.com/g_blog/faq2.htm

sob老师，该页面已经无法访问了，还有其他的链接吗

作者
Author: WQDawn 时间: 2024-7-2 16:26

sobereva 发表于 2015-9-29 02:47
怎么续算这里有全面的总结
http://www.gaussian.com/g_blog/faq2.htm

sob大大这个链接打不开了

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-2 19:25

WQDawn 发表于 2024-7-2 16:26
sob大大这个链接打不开了

自己想办法搜。网站不是我建的

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