计算化学公社

标题: 利用multiwfn获得.inp文件，在orca中运行报错问题 [打印本页]
作者
Author: dongdong    时间: 2020-6-30 20:10
标题: 利用multiwfn获得.inp文件，在orca中运行报错问题
这两天安装了ORCA，成功运行的简单的test.inp(如图)，自己认为安装成功了，但是通过Multiwfn获得H2O.inp(如图)，在orca中运行出现如图错误，是我软件没有安装成功还是核数关键词的设置问题呢？

    (, 下载次数 Times of downloads: 61)        (, 下载次数 Times of downloads: 55)    
(, 下载次数 Times of downloads: 79)


作者
Author: sobereva    时间: 2020-6-30 20:12
输入文件没问题。先尝试串行计算看能否成功，能的话可能MPI库有问题。
另外注意并行核数不要超过物理核数
作者
Author: dongdong    时间: 2020-6-30 20:44
sobereva 发表于 2020-6-30 20:12
输入文件没问题。先尝试串行计算看能否成功，能的话可能MPI库有问题。
另外注意并行核数不要超过物理核数

谢谢卢老师。刚才试了下穿行是没有问题的，关于MPI库的问题，我运行mpiexec -V得到版本号。对于路径是按照老师那个的步骤来的，所以不知道到底出错在哪里。
(, 下载次数 Times of downloads: 47)       (, 下载次数 Times of downloads: 48)


作者
Author: sobereva    时间: 2020-6-30 21:33
换成最新版ORCA再试
作者
Author: dongdong    时间: 2020-7-1 10:53
本帖最后由 dongdong 于 2020-7-1 10:59 编辑
sobereva 发表于 2020-6-30 21:33
换成最新版ORCA再试

昨天尝试用openmpi314 和orca421，按照之前一样的安装，发现运行后一样的报错，所以我开始怀疑是不是由于我多次安装导致系统某些地方弄错了，于是在电脑虚拟机也尝试了，还是这样报错。
ORCA finished by error termination in GTOInt
Calling Command: mpirun -np 4  ./orca_gtoint_mpi H20.int.tmp H20
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run
再试试静态版的orca，看看行不行。


作者
Author: sobereva    时间: 2020-7-1 20:27
dongdong 发表于 2020-7-1 10:53
昨天尝试用openmpi314 和orca421，按照之前一样的安装，发现运行后一样的报错，所以我开始怀疑是不是由于 ...

这和动态还是静态的没关系
远程说不清楚。实在不行就装个虚拟机或者通过WSL用linux版ORCA
作者
Author: naonao5205    时间: 2020-7-1 21:50
本帖最后由 naonao5205 于 2020-7-1 21:51 编辑

可能是linux换行符和win10下不一样导致的
我改换行的脚本
  1. #! /bin/bash
  2. for inf in *.inp
  3. do
  4. echo doing ${inf}
  5. time sed -i 's/\r//'  ${inf}
  6. echo ${inf} done
  7. done
复制代码


作者
Author: dongdong    时间: 2020-7-1 22:54
naonao5205 发表于 2020-7-1 21:50
可能是linux换行符和win10下不一样导致的
我改换行的脚本

谢谢您的回复！应该不是输入文件的问题，只要并行就会报错，穿行就可以。所以怀疑是MPI库或者ORCA 的问题，但是前面已经讲到OPENMPI安装正确，二ORCA安装也解压加个路径就可以了。所以不知道这样报错的问题出在哪。
作者
Author: thanhtam    时间: 2020-7-1 22:57
which mpirun看看呢？
作者
Author: dongdong    时间: 2020-7-2 11:31
thanhtam 发表于 2020-7-1 22:57
which mpirun看看呢？

谢谢回复！之前试过了，在指定的目录下。
作者
Author: rabbitkiller    时间: 2020-7-2 16:03
换个不是root的账户试试看呢？
作者
Author: dongdong    时间: 2020-7-2 22:19
rabbitkiller 发表于 2020-7-2 16:03
换个不是root的账户试试看呢？

谢谢您的回复，最后发现不能再root下安装。
作者
Author: teller3531    时间: 2020-8-31 19:12
dongdong 发表于 2020-7-2 22:19
谢谢您的回复，最后发现不能再root下安装。

您好遇到和您一样的问题
您说的最后发现不能再root下安装是指orca不能装在root下还是openmpi那，谢谢了
作者
Author: dongdong    时间: 2020-9-2 15:50
teller3531 发表于 2020-8-31 19:12
您好遇到和您一样的问题
您说的最后发现不能再root下安装是指orca不能装在root下还是openmpi那，谢谢了

不能再root下运行，
作者
Author: wzkchem5    时间: 2020-9-3 20:19
并行计算调用orca时应该用绝对路径，如果通过定义$PATH的方式，orca可能没有办法在正确的文件夹里寻找orca_gtoint_mpi程序。比如从你的Calling Command输出看，orca尝试在你的输入文件所在的目录下调用orca_gtoint_mpi，结果没找到，这个可能就是报错的原因



欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3