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标题: 求助在linux上面安装的Materials Studio2017怎么提交任务 [打印本页]

作者
Author: 如遇古剑 时间: 2020-6-30 20:39
标题: 求助在linux上面安装的Materials Studio2017怎么提交任务
大家好，请问一下刚在linux centos7系统上安装了MS2017，第一次应该怎样提交castep计算任务呢？
可以说得详细一点吗？小白一个。
万分感谢！！！

作者
Author: 牧生 时间: 2020-6-30 21:23
能在linux下安装MS，已经证明不是小白了。

首先要保证你能ping通服务器，然后就简单了。

本机win装好相同版本的MS，tools-server console-server gate 右键-输入服务器的IP和端口-run diagnose测试是否连通，只有连通以后才能提交

(, 下载次数 Times of downloads: 56)

然后提交任务时，选择连通的服务器和端口

比如我这是

(, 下载次数 Times of downloads: 40)

作者
Author: hxd_yi 时间: 2020-6-30 21:38
看MS自带的帮助：CASTEP > CASTEP jobs > Running CASTEP in standalone mode
RunCASTEP.sh [-h] [-np number of cores] [-nt number of threads] [-q queue name] seedname

作者
Author: 如遇古剑 时间: 2020-6-30 22:24

牧生发表于 2020-6-30 21:23
能在linux下安装MS，已经证明不是小白了。

首先要保证你能ping通服务器，然后就简单了。

安装过程是一把辛酸泪，研究了几天弄上去了。我没有提交过任务，说是小白不过分，哈哈。
主要是因为我的电脑和服务器没有在同一局域网，用Gateway不行，所以只有通过命令行提交任务。

作者
Author: 如遇古剑 时间: 2020-6-30 22:26

牧生发表于 2020-6-30 21:23
能在linux下安装MS，已经证明不是小白了。

首先要保证你能ping通服务器，然后就简单了。

非常感谢你的回复！

作者
Author: 如遇古剑 时间: 2020-6-30 22:29

hxd_yi 发表于 2020-6-30 21:38
看MS自带的帮助：CASTEP > CASTEP jobs > Running CASTEP in standalone mode
RunCASTEP.sh [-h] [-np num ...

谢谢你的回复！我找到这条help了，试了一下没成功，可以麻烦你从上传计算的文件说起吗？不胜感激！

作者
Author: hxd_yi 时间: 2020-7-1 09:45

如遇古剑发表于 2020-6-30 22:29
谢谢你的回复！我找到这条help了，试了一下没成功，可以麻烦你从上传计算的文件说起吗？不胜感激！

你看一下上下文，还有以及文中的连接，里面有讲。

作者
Author: hit_liaols 时间: 2020-7-1 10:27
找到你的那个RunCASTEP.sh那个脚本，一般在MS根目录\etc\CASTEP\bin 下面，把这个路径加入你的环境变量中。然后你就可以直接运行上面提到的命令了。运行CASTEP需要准备*.cell和*.param文件即可。
上面命令[]内的都是可选参数，seedname是你的*.cell和*.param文件的文件名
以Si.cell为例，所以最简单的就是RunCASTEP.sh Si，你要指定4核就是RunCASTEP.sh -np 4 Si

作者
Author: 牧生 时间: 2020-7-1 10:57

如遇古剑发表于 2020-6-30 22:24
安装过程是一把辛酸泪，研究了几天弄上去了。我没有提交过任务，说是小白不过分，哈哈。
主要是因为我的 ...

即使是外网，比如我用过电信的机房给出的IP，也是相同的操作啊

作者
Author: 如遇古剑 时间: 2020-7-1 14:03

牧生发表于 2020-7-1 10:57
即使是外网，比如我用过电信的机房给出的IP，也是相同的操作啊

你好！我的电脑和服务器不再同一局域网，浏览器输入服务器IP+“:18888”并不能ping通，显示网页走丢了，你是怎么做到的呢？

作者
Author: 牧生 时间: 2020-7-1 15:56

如遇古剑发表于 2020-7-1 14:03
你好！我的电脑和服务器不再同一局域网，浏览器输入服务器IP+“:18888”并不能ping通，显示网页走丢了， ...

电信的是外网，我使用xshell登陆电信给出的IP，按理说应该也是一样。

但是使用浏览器输入服务器IP+“:18888”，这个步骤我确实没操作过。。

后来就自己有了一台机子，在局域网里连接，自由支配。

作者
Author: 天然呆 时间: 2020-7-1 17:12
有可能是防火墙的锅，使用systemctl stop firewalld，systemctl mask firewalld，并且查看selinux是否disabled。

作者
Author: zhangzyd 时间: 2020-7-1 17:48
MS软件的安装与使用还是非常简单的，安装步骤基本就是一路next默认选项。环境变量设置以及LSF作业调度系统举例如下：

在/opt/MaterialsStudio/2018.1目录下统一安装了Materials Studio 2018.1软件，用户在使用前需要在自己的~/.bashrc文件中设置环境变量：
. /opt/MaterialsStudio/2018.1/BIOVIA/BIOVIA_LicensePack/etc/lp_profile
export MS_INSTALL_ROOT=/opt/MaterialsStudio/2018.1/BIOVIA/MaterialsStudio18.1
export PATH=$PATH:$MS_INSTALL_ROOT/etc/CASTEP/bin:$MS_INSTALL_ROOT/share/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MS_INSTALL_ROOT/lib:$MS_INSTALL_ROOT/lib/32
export CASTEP_TMP=/tmp
export DMol3_TMP=/tmp

3. 提交作业举例：
例：
提交一个申请使用72进程数的castep作业到mediumib队列上：
   RunCASTEP.sh -q mediumib -np 72 seedfile
或者
bsub -q mediumib -n 72 -o %J.log -e %J.err runMSserver.sh Castep -np 72 seedfile

注意：
   -n 和-np参数的数值要保持一致。
   seedfile需替换为自己的输入文件,在提交时不需要文件扩展名。 seedfile输入文件可以同时写多个，以空格相间隔
   Dmol3等模块的使用方法与上边类似。

作者
Author: 如遇古剑 时间: 2020-7-1 22:20

zhangzyd 发表于 2020-7-1 17:48
MS软件的安装与使用还是非常简单的，安装步骤基本就是一路next默认选项。环境变量设置以及LSF作业调度系统 ...

你好，我是MS2017的，安装在Linux Centos7系统上，我在使用了你发的命令之后为什么没有执行呢？也没有报错。这是怎么回事呢？请指点一下，谢谢啦！

作者
Author: 如遇古剑 时间: 2020-7-1 22:22

天然呆发表于 2020-7-1 17:12
有可能是防火墙的锅，使用systemctl stop firewalld，systemctl mask firewalld，并且查看selinux是否disab ...

我只是普通用户，防火墙不归我管啊，扎心了~

作者
Author: 如遇古剑 时间: 2020-7-1 22:25

牧生发表于 2020-7-1 15:56
电信的是外网，我使用xshell登陆电信给出的IP，按理说应该也是一样。

真羡慕！
看来我是只能用命令了吧。

作者
Author: zhangzyd 时间: 2020-7-2 08:50

如遇古剑发表于 2020-7-1 22:20
你好，我是MS2017的，安装在Linux Centos7系统上，我在使用了你发的命令之后为什么没有执行呢？也没有报 ...

请把配置文件写在自己账号下的~/.bashrc文件里，注意第一行的. /opt/....lp_profile 前的.后边有个空格。
RunCASTEP.sh 的-q 参数是指定队列名，请替换成自己的，没有队列的话可以不写这个参数

作者
Author: 如遇古剑 时间: 2020-7-4 16:56

zhangzyd 发表于 2020-7-2 08:50
请把配置文件写在自己账号下的~/.bashrc文件里，注意第一行的. /opt/....lp_profile 前的.后边有个空格 ...

谢谢你的回复！请问一下账户下面已经有了~/.bashrc文件，是关于高斯软件的，这种情况应该怎样解决呢？直接添加到里面吗？

作者
Author: funok 时间: 2020-7-4 17:45

如遇古剑发表于 2020-7-1 14:03
你好！我的电脑和服务器不再同一局域网，浏览器输入服务器IP+“:18888”并不能ping通，显示网页走丢了， ...

往局域网里插根网线

作者
Author: zhangzyd 时间: 2020-7-8 18:05

如遇古剑发表于 2020-7-4 16:56
谢谢你的回复！请问一下账户下面已经有了~/.bashrc文件，是关于高斯软件的，这种情况应该怎样解决呢？直 ...

高斯软件比较特殊，另起其他的行，和高斯的分开写

你用的哪个版本的高斯，g16 A.03的有bug建议升级，最新的高斯软件计算精度也提高了很多

作者
Author: 如遇古剑 时间: 2020-7-15 16:51

zhangzyd 发表于 2020-7-8 18:05
高斯软件比较特殊，另起其他的行，和高斯的分开写

你用的哪个版本的高斯，g16 A.03的有bug建议升级， ...

谢谢你的建议，问题已经解决了。
感谢大家的帮助！非常感谢！

作者
Author: ldx022 时间: 2023-8-19 14:27

牧生发表于 2020-6-30 21:23
能在linux下安装MS，已经证明不是小白了。

首先要保证你能ping通服务器，然后就简单了。

请问这个远程可以指定LSF集群的计算机吗？只能用一个核吗？

作者
Author: 牧生 时间: 2023-8-19 14:36
本帖最后由牧生于 2023-8-19 14:38 编辑

ldx022 发表于 2023-8-19 14:27
请问这个远程可以指定LSF集群的计算机吗？只能用一个核吗？

我已经多年不用M$了。也没使用过集群，帮不上。

原则上，只要能ping通集群，就可以这样操作。

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