计算化学公社

标题: 关于拟合二面角项的两种做法的疑问 [打印本页]

作者
Author: 向往阳光 时间: 2020-7-1 11:44
标题: 关于拟合二面角项的两种做法的疑问
对同一个分子：
1、我按照sob老师说的方法，先在g09中进行柔性扫描得到QM能量，把结构提取出来后，在gmx中去掉这个二面角项计算MM能量，相减后得到的就是二面角项。但这样得到的二面角项的图线很不平滑，拟合后再计算MM能量得到的图线也很不平滑，但用这样拟合出的二面角项进行MD的结果却与实验结果比较一致。把每一项对MM能量的贡献提取出来之后，发现主要是bond和angle项不平滑，虽然这种情况也可以理解，但用这样不平滑的曲线拟合的做法合理吗？

2、我在一些文献里看到，他们正常得到柔性扫描后的QM能量后，在分子力场中把该二面角项constrian或restriant住，然后基于分子力场进行柔性扫描得到MM能量，再把MM能量向QM能量拟合。这样得到的MM能量图线在拟合前后都很平滑。我重新用这种方法拟合二面角项，但MD的结果与实验结果却完全不同。

为啥两种看似都合理的做法得到的结果差别这么大？还是说有一种不合理？如果一种更合理，那另一种不合理的原因是为什么呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-1 20:06
注意看看QM曲线本身是否足够平滑。
也可能你构造的模型体系不够简单，导致其它变量影响较多
实在不行试试QM扫描的时候把所有键长和键角都冻结

作者
Author: 向往阳光 时间: 2020-7-1 21:01

sobereva 发表于 2020-7-1 20:06
注意看看QM曲线本身是否足够平滑。
也可能你构造的模型体系不够简单，导致其它变量影响较多
实在不行试试 ...

QM曲线是平滑的。
1、怎么样的模型是合适、简单的呢？如果柔性扫描的话其他的变量注定会变化的吧？我只拟合这一个分子，拟合的二面角项只需要适用于它就行，那么直接沿着这个二面角做扫描就行吧？
2、那样的话就算是刚性扫描吧？我之前在QM的时候也用过刚性扫描，然后MD的结果也是反倒不如拿这个很不平滑的曲线拟合出来的合理。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-1 21:09

向往阳光发表于 2020-7-1 21:01
QM曲线是平滑的。
1、怎么样的模型是合适、简单的呢？如果柔性扫描的话其他的变量注定会变化的吧？我只 ...

其它部分基团能简化就简化，以减少干扰

柔性扫描中冻结部分变量和刚性扫描完全是两码事

作者
Author: 向往阳光 时间: 2020-7-1 21:25

sobereva 发表于 2020-7-1 21:09
其它部分基团能简化就简化，以减少干扰

柔性扫描中冻结部分变量和刚性扫描完全是两码事

嗯，谢谢sob老师，我再试试。

作者
Author: 小潘潘 时间: 2021-1-6 11:26
你好我和你碰到一样的问题，在拟合二面角的时候，如果将要拟合的二面角参数设置为0，则拟合出来的曲线不平滑，请问一下要把该二面角项constrian或restriant住在mdp文件或top文件中应该怎样写？

作者
Author: 向往阳光 时间: 2021-1-6 11:57

小潘潘发表于 2021-1-6 11:26
你好我和你碰到一样的问题，在拟合二面角的时候，如果将要拟合的二面角参数设置为0，则拟合出来的曲线不平 ...

MD扫描的时候用的是高斯里柔性扫描得到的结构，我之前不平滑是因为我把那些结构弄成gro格式的，精度低，后来把轨迹转为trr格式的就平滑了。

作者
Author: 小潘潘 时间: 2021-1-7 10:47
本帖最后由小潘潘于 2021-1-7 10:50 编辑

向往阳光发表于 2021-1-6 11:57
MD扫描的时候用的是高斯里柔性扫描得到的结构，我之前不平滑是因为我把那些结构弄成gro格式的，精度低， ...

能麻烦问一下，怎么转换，命令是什么？我转换之后报错了file:///C:/Users/panyq/Desktop/%E5%8A%9B%E5%9C%BA%E4%BF%AE%E6%AD%A3/1609987416(1)

作者
Author: 小潘潘 时间: 2021-1-7 11:40

向往阳光发表于 2021-1-6 11:57
MD扫描的时候用的是高斯里柔性扫描得到的结构，我之前不平滑是因为我把那些结构弄成gro格式的，精度低， ...

你好，我转换成trr文件重新做了一次扫描，但是得到的能量和之前一样，能量曲线还是十分不平滑，请问你是怎么做的，能麻烦说的具体些吗？

作者
Author: liuyuje714 时间: 2021-1-7 11:50
本帖最后由 liuyuje714 于 2021-1-7 11:56 编辑

小潘潘发表于 2021-1-7 11:40
你好，我转换成trr文件重新做了一次扫描，但是得到的能量和之前一样，能量曲线还是十分不平滑，请问你是 ...

你这么用gro转trr没有用，本来gro默认精度就0.001 nm，你转成trr还不是只有0.001的精度(除非你用那种可变精度的gro高精度格式，gromacs的内置工具认识它)。要么写脚本直接从gaussian 输出的log提取高精度坐标轨迹直接转成gromacs支持的g96格式的高精度轨迹即可。

作者
Author: 小潘潘 时间: 2021-1-8 09:06

liuyuje714 发表于 2021-1-7 11:50
你这么用gro转trr没有用，本来gro默认精度就0.001 nm，你转成trr还不是只有0.001的精度(除非你用那种可变 ...

非常感谢，我该用高斯生成pdb文件，然后在做势能扫描，这样pdb文件的精度会高一些

作者
Author: liuyuje714 时间: 2021-1-8 09:13

小潘潘发表于 2021-1-8 09:06
非常感谢，我该用高斯生成pdb文件，然后在做势能扫描，这样pdb文件的精度会高一些

PDB精度0.0001 nm，如果还是不平滑，我觉得可能是本身就有问题，并不一定是这个精度的影响。

作者
Author: 小潘潘 时间: 2021-1-8 14:43
本帖最后由小潘潘于 2021-1-8 14:48 编辑

liuyuje714 发表于 2021-1-8 09:13
PDB精度0.0001 nm，如果还是不平滑，我觉得可能是本身就有问题，并不一定是这个精度的影响。

你好，我改用高斯生成pdb文件，然后在做势能扫描，重新得到的二面角势能曲线，是这个样子，还是有一些不平滑，请问现在的结果是可以接受的吗？还是我说明我的结构有问题

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-16 08:30

小潘潘发表于 2021-1-8 14:43
你好，我改用高斯生成pdb文件，然后在做势能扫描，重新得到的二面角势能曲线，是这个样子，还是有一些不 ...

没法接受
没有QM计算细节也不好说。如果你用的M06-2X这种对积分格点敏感的泛函，不要用ultrafine以下的积分格点，否则数值噪音可能导致不平滑

作者
Author: 小潘潘 时间: 2021-1-27 21:34
本帖最后由小潘潘于 2025-7-31 15:03 编辑

sobereva 发表于 2021-1-16 08:30
没法接受
没有QM计算细节也不好说。如果你用的M06-2X这种对积分格点敏感的泛函，不要用ultrafine以下的 ...

老师我拟合的是六个单元的P3HT的二面角参数，后来我看别人的文章都是用的两个单元来拟合二面角角参数，后来我也用了两个单元的P3HT,DFT计算用的turned-wB97XD泛函，MM计算的top文件是用LigParGen生成的，我分别做了(P3HT)2的和(P3HT)6的，不知道为什么(P3HT)2最终得到的势能曲线很平滑，而(P3HT)6得到的势能曲线却参差不齐

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-29 19:03

小潘潘发表于 2021-1-27 21:34
老师我拟合的是六个单元的P3HT的二面角参数，后来我看别人的文章都是用的两个单元来拟合二面角角参数，后 ...

我暂时没时间仔细看
注意绝对不是单元数取得越多越好，因为单元数越多势能面越复杂、极小点越多。做柔性扫描时，其它变量都会被优化，单元数过多时其它地方的优化可能会导致额外的噪音出现，此时的势能面并不能充分单纯反映你关注的那个二面角的扭转势。

作者
Author: 小潘潘 时间: 2021-1-31 14:42
非常感谢老师的解答

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)