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标题: 求助：膜蛋白模拟脂质位置放缩过程的inflategro脚本 [打印本页]

作者
Author: mhq 时间: 2020-7-1 13:44
标题: 求助：膜蛋白模拟脂质位置放缩过程的inflategro脚本
GROMACS膜蛋白教程中，将脂质位置缩放过程中perl inflategro.pl system.gro 4 DPPC system_inflated.gro 5 area.dat。出现下面问题：
Can't open perl script "inflategro.pl": No such file or directory
是因为perl inflategro.pl脚本出现问题吗？如果是，求助一份脚本文件。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-1 19:56
用inflategro远不如用mdrun直接就支持的membed

作者
Author: mhq 时间: 2020-7-2 10:37

sobereva 发表于 2020-7-1 19:56
用inflategro远不如用mdrun直接就支持的membed

老师，mdrun 在GROMACS 上一般都是gmx mdrun 指令，而且需要.tpr文件。它是怎么用在位置放缩过程的？也不了解membed的使用。

作者
Author: 土拔鼠 时间: 2020-7-2 10:53

mhq 发表于 2020-7-2 10:37
老师，mdrun 在GROMACS 上一般都是gmx mdrun 指令，而且需要.tpr文件。它是怎么用在位置放缩过程的？也不 ...

gmx mdrun -membed 可以参考一下手册里面

推荐你参加一下科音的分子动力学模拟培训社长在培训里详细的讲了membed的使用和参数设置

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-3 02:25
membed的使用这里几句话说不清楚，我在北京科音分子动力学与GROMACS培训班里专门讲具体用法。这里给个幻灯片先让你了解方法的原理
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作者
Author: mhq 时间: 2020-7-8 09:31

sobereva 发表于 2020-7-3 02:25
membed的使用这里几句话说不清楚，我在北京科音分子动力学与GROMACS培训班里专门讲具体用法。这里给个幻灯 ...

好的，谢谢老师！

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