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标题: rvdw值选取求助 [打印本页]

作者
Author: quanta 时间: 2020-7-1 17:26
标题: rvdw值选取求助
本帖最后由 quanta 于 2020-7-1 19:05 编辑

事情是这样，想算水的表面张力，我取的rcoulomb=rvdw=0.9，这样算一个比较大的体系和时间的时候花费时间就很长，所以我想减少一些时间。想取rcoulomb=rvdw的值小一点，Gromacs手册里面rvdw这些值的选取，好像确实有一些规则，比如谁大于谁什么的，但是搞不大明白
所以做了如下试验：
建了一个3*3*3nm3的水盒子，用的opc水模型自动填充了909个水分子，然后在Z方向两侧各扩展2.5nm。

①先做了一个rcoulomb=rvdw=0.9的短时间做为粗糙的对比：
⇒能量极小化：rcoulomb=rvdw=0.9：Fmax=9e1<100
⇒平衡相：rcoulomb=rvdw=0.9：2fs步长跑100ps
⇒产生相：rcoulomb=rvdw=0.9：2fs步长跑500ps
⇒算表面张力：Pres-XX=-166.434 Pres-YY=-174.962 Pres-ZZ=-0.943727→γ=135.8034184mN/m

②取了一个比较小的rvdw

⇒能量极小化：rcoulomb=rvdw=0.2：Fmax=5e4>>100，
这个力太大了，达不到收敛要求，所以不打算接着这样的能量极小化续算，转而又改用rcoulomb=rvdw=0.9做能量极小化，并用①中现成的平衡相最后的gro作为输入：Fmax=7e1<100
⇒平衡相：rcoulomb=rvdw=0.2，得到如下错误：
---------------------------------------------------------------------------------
One or more water molecules can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Segmentation fault (core dumped)
---------------------------------------------------------------------------------
然后平衡相我还接着用rcoulomb=rvdw=0.9做，1fs步长跑100ps，产生相再用0.2算
⇒产生相：rcoulomb=rvdw=0.2，依然得到上面的错误。
换rcoulomb=rvdw=0.5（随便选了个0.2~0.9之间的值），这次可以算了，但是结果：
Pres-XX= 872.488 Pres-YY=870.31 Pres-ZZ=669.366，可以感觉到这个结果明显不合理了

所以我想求助一下，这个是什么原因呢？

我的mdp文件如附件：
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作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-1 19:43
rcoulomb=rvdw=0.9就已经够小的了，你再小的话几乎一定会被审稿人批，算的数据都是废的
如果你用的水模型原文里明确说了怎么设置，最好用原文里的设置，不要自己瞎设
rcoulomb=rvdw=0.2这是极度荒唐的。

作者
Author: quanta 时间: 2020-7-2 10:41

sobereva 发表于 2020-7-1 19:43
rcoulomb=rvdw=0.9就已经够小的了，你再小的话几乎一定会被审稿人批，算的数据都是废的
如果你用的水模型 ...

谢谢老师的回复，我去看了下opc模型的原文，原文写”van der Waals interactions were cut off at distance 8 Å“，这个应该就是指rvdw=0.8nm吧，一般情况下，取大一些应该会更好？

另外，后来我记得您讲义前面例子有一个nacl-水体系的图，我下载了那篇文献，看里面设定的是0.14nm，很小，然后我就按照前面opc模型的那个试验方法做了一下spc/e水模型的，发现取0.8往上的时候，得到的结果还好，但是再取小，Pres-XX/YY/ZZ都变得特别大，和前面opc出现的错误也都一样，但是那篇文章里用得很小呀，这个是怎么回事呢。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-3 02:13

quanta 发表于 2020-7-2 10:41
谢谢老师的回复，我去看了下opc模型的原文，原文写”van der Waals interactions were cut off at distan ...

和力场原文拟合参数的时候相同的计算设定才是原理上最理想的，加大只会令耗时增加而结果可能更差

不可能是0.14 nm，应当是1.4 nm。估计是你看错了。0.14 nm太疯狂了。

作者
Author: quanta 时间: 2020-7-3 08:20

sobereva 发表于 2020-7-3 02:13
和力场原文拟合参数的时候相同的计算设定才是原理上最理想的，加大只会令耗时增加而结果可能更差

不可 ...

sob老师，是这篇文献，这里面的那个0.14nm应该是笔误吗？ (, 下载次数 Times of downloads: 33)

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-4 05:41

quanta 发表于 2020-7-3 08:20
sob老师，是这篇文献，这里面的那个0.14nm应该是笔误吗？

笔误。0.14 nm什么也干不了。（居然当时没被审稿人指出来...

）

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