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标题: 求助能量分解出现bad atom type：O3 [打印本页]

作者
Author: zkzk 时间: 2020-7-2 11:00
标题: 求助能量分解出现bad atom type：O3
体系中包含配体、镁离子、磷酸根、ADP和受体利用perl脚本计算结合自自由能可以算出结果，但是计算能量分解的时候出现bad atom type：O3
出错信息：
bad atom type: O3
      /public/soft/amber12/bin/sander -O -i sander_com.in -o sander_com.1.out -c ../3snapshot/snapshot_com.crd.1 -p ../nw-mut-178e.prmtop not successful

尝试过将O3的信息添加到原程序里，但依然出现这问题。
也尝试过利用只保留配体和受体的拓扑文件，提取snapshot，计算结合自由能，但计算出的结果是正数。

能量分解in文件
VERBOSE             0
PARALLEL             0
#
PREFIX             snapshot
PATH                ../3snapshot
START                1
STOP                400
OFFSET             1
#
COMPLEX             1
RECEPTOR             1
LIGAND             1
#
COMPT                ../nw-mut-178e.prmtop
RECPT                ../nw-nphe-178e.prmtop
LIGPT                ../phe.prmtop
#
GC                   0
AS                   0
DC                   1
#
MM                   1
GB                   1
PB                   1
MS                   0
#
NM                   0
#

DCTYPE             2
#
COMREC             1-680
COMLIG             681-681
COMPRI             1-681
RECRES             1-680
RECPRI             1-680
RECMAP             1-680
LIGRES             1-1
LIGPRI             1-1
LIGMAP             681-681

#
PROC                2
REFE                0
INDI                1.0
EXDI                80.0
SCALE                2
LINIT                1000
ISTRNG             0.0
RADIOPT             0
ARCRES             0.0625
INP                0
#
SURFTEN             0.00542
SURFOFF             0.92
#
IVCAP                0
CUTCAP             -1.0
XCAP                0.0
YCAP                0.0
ZCAP                0.0
#

#
IGB                1
GBSA                2
SALTCON             0.00
EXTDIEL             80.0
INTDIEL             1.0
#
SURFTEN             0.0072
SURFOFF             0.00
#

请各位老师指教！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-2 22:25
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反映出帖子具体内容，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“能量分解”改了，以后务必注意，下次将扣分处理。

作者
Author: zkzk 时间: 2020-7-3 08:52
好的，老师，谢谢

作者
Author: 阿志 时间: 2023-6-28 09:32
请问，您解决这个问题了吗？我看好像需要改 mdread.f 文件之类的，但是我没有找到，

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