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标题: 采用Y-M法模拟甲烷蒸汽均质成核有关力场、软核相互作用和温度耦合等方面的疑问 [打印本页]

作者
Author: sliverlyx 时间: 2020-7-2 17:25
标题: 采用Y-M法模拟甲烷蒸汽均质成核有关力场、软核相互作用和温度耦合等方面的疑问
本帖最后由 sliverlyx 于 2020-7-2 17:25 编辑

1、通过参考文献考虑采用oplsaa力场，原子选择opls_066甲烷，此时甲烷为一个整体，相关选择是否合适？请问大家有了解是否有更适合气体凝结体系的力场吗？Y-M法文章中提及载气分子与目标分子1：1混合，具体内容如下，文中提及软核相互作用力参考手册是在mdp文件中进行设置，那么top文件是否无需进行额外修改，编写的top文件是否合理？top文件中CH4_A为载气分子，CH4_B为目标分子 (, 下载次数 Times of downloads: 19) (, 下载次数 Times of downloads: 35)

2、文献中提及目标分子与载气分子以及载气分子与载气分子之间的相互作用力为软核相互作用力，在mdp文件中具体参数如何设置实现？
3、文章中提及用v-rescale等控温法对分子直接进行控温，凝结释放的热量通过凝结核心表面从内部移除是不自然的，所以采用目标气体和载气混合体系，在整个体系退火后，只对载气采用Nose-Hoover热浴进行温度耦合，维持退火后的温度，对目标气体不连接热浴，退火后的温度耦合设置如图是否合适？

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4、退火后全程采用v-rescale直接对4000个甲烷分子进行控温的模拟完成后，采用clustsize命令对凝结团簇进行分析，其中得到temp的xvg文件与能量分析得到的体系温度变化是不一致的，请问这个是指的团簇核心的温度吗？或者是其他意义？
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由于刚开始学，问题比较多，可能提问的内容也有一定问题，希望大家多批评指正

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-3 02:02
1 你当前用的不是OPLS-AA。此力场是全原子力场，而OPLS原子类型1-134对应的是联合原子力场OPLS-UA。
用OPLS-AA或UA模拟这个本身没什么问题，用TraPPE也很合适。

2 自定义[ nonbond_params ]，里面直接定义target和carrier粒子的原子类型之间的势是只考虑1/r12那部分的形式。

3 合适

作者
Author: sliverlyx 时间: 2020-7-3 09:18

sobereva 发表于 2020-7-3 02:02
1 你当前用的不是OPLS-AA。此力场是全原子力场，而OPLS原子类型1-134对应的是联合原子力场OPLS-UA。
用OPL ...

谢谢sobereva老师的指导，第四个问题我再仔细看了下手册确定了，老师我想再请教一下，软核相互作用是不是只是用于自由能计算中的设置，所以还是采用在top文件里定义[nonbond_params]来实现退火后nvt模拟的部分，如果进行自由能计算分析还是在mdp文件中进行软核相互作用设置，还是新版的gromacs不采用软核相互作用的设置了

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-4 05:45

sliverlyx 发表于 2020-7-3 09:18
谢谢sobereva老师的指导，第四个问题我再仔细看了下手册确定了，老师我想再请教一下，软核相互作用是不是 ...

不同语境下“软核”的含义不同。
自由能计算里牵扯的软核势和你当前的情况并没有什么联系，按我前面说的直接定义[nonbond_params]就行了，不牵扯到自由能计算问题。

作者
Author: sliverlyx 时间: 2020-7-4 09:00

sobereva 发表于 2020-7-4 05:45
不同语境下“软核”的含义不同。
自由能计算里牵扯的软核势和你当前的情况并没有什么联系，按我前面说的 ...

了解，谢谢老师

作者
Author: 1367 时间: 2024-5-13 20:14

sobereva 发表于 2020-7-3 02:02
1 你当前用的不是OPLS-AA。此力场是全原子力场，而OPLS原子类型1-134对应的是联合原子力场OPLS-UA。
用OPL ...

您好，想问一下这个TraPPE力场似乎在gromacs中没有，如何去使用？还有如果使用这个力场，关于其拓扑文件又该如何去构建？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-13 22:23

1367 发表于 2024-5-13 20:14
您好，想问一下这个TraPPE力场似乎在gromacs中没有，如何去使用？还有如果使用这个力场，关于其拓扑文件 ...

看你用TraPPE模拟什么，论坛里之前就有人发过TraPPE的很多小分子的拓扑文件，一搜就有

作者
Author: 1367 时间: 2024-5-14 09:42

sobereva 发表于 2024-5-13 22:23
看你用TraPPE模拟什么，论坛里之前就有人发过TraPPE的很多小分子的拓扑文件，一搜就有

感谢sob老师的回复，我想模拟的就是甲烷在醚类溶剂中的溶解度，在论坛上面我找到了关于TraPPE力场的小分子，但是似乎没有CH4的，1.有什么办法模版可以参考写嘛？或者我是不是可以根据您提供的co2的，然后根据文献中提供的参数进行修改，变成所需要的？2.写完了之后，想问一下如何去调用？是否可以将其include到类似于其他力场的拓扑文件中？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-14 23:38

1367 发表于 2024-5-14 09:42
感谢sob老师的回复，我想模拟的就是甲烷在醚类溶剂中的溶解度，在论坛上面我找到了关于TraPPE力场的小分 ...

看http://trappe.oit.umn.edu
TraPPE-UA可以描述，自行写拓扑文件

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