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标题: 安装ORCA 4.2.1 后运行测试文件，出错 [打印本页]

作者
Author: 风飞 时间: 2020-7-3 16:23
标题: 安装ORCA 4.2.1 后运行测试文件，出错
本帖最后由风飞于 2020-7-4 14:25 编辑

老师，您好，
根据您的帖子http://sobereva.com/451 在centos 7.8 下安装ORCA 4.2.1 ，OpenMPI 已安装正确，相关环境变量设置如下，结果运行test的时候出现这种错误，请问怎么解决呢？出错提示是SCF出错，但这个是简单的大家都用的例子，按照道理来说结构应该是正确的，所以不知道是什么原因，请老师指教

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2020-7-3 16:45
本帖最后由 hebrewsnabla 于 2020-7-3 16:54 编辑

你的mpiexec -V明明显示的是intel mpi，还说安装正确？

添加路径的时候，路径要在$PATH左边（搜索顺序是从左到右）。并且把intel mpi相关的环境变量注释掉。

作者
Author: plus 时间: 2020-7-3 16:47
作业脚本倒数第三行去掉, intel/parallel_studio

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-7-3 16:51
本帖最后由喵星大佬于 2020-7-3 16:53 编辑

去把不知道那里的
source /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64
source /opt/intel/compilers_and_libraries_xxxxx/linux/mkl/bin/mklvars.sh intel64(如果是默认路径的话)
注释掉然后重新进入终端
我不知道你写在哪里了，可能是~/.bashrc，也可能是/etc/profile.d/xxx.sh或者/etc/profile。反正这是因为你有intel编译器里的mpi所以有问题

作者
Author: 风飞 时间: 2020-7-3 19:46
老师，您好，抱歉之前是我的疏忽，我已经把之前的inter MPI 注释掉了，然后直接删除（单击右键，移动到回收站）了之前安装的openMPI，然后重新安装，因为下载下来的压缩文件格式是.gz格式的压缩文件，因此采用tar -xzf openmpi-3.1.4.tar.gz 进行解压得到openmpi-3.1.4 目录，然后进入该目录（openmpi-3.1.4），在终端输入make all install -j，结果总是出现“ *** 没有规则可以创建目标“all”。停止。” 我也试着输入make all 或者是 make all intall 都出现一样的提示说是“ *** 没有规则可以创建目标“all”。停止。” 我在网上查了一下，没找到合适的方法。

作者
Author: 风飞 时间: 2020-7-3 19:51

hebrewsnabla 发表于 2020-7-3 16:45
你的mpiexec -V明明显示的是intel mpi，还说安装正确？

添加路径的时候，路径要在$PATH左边（搜索顺序是 ...

您好，我为我之前的疏忽抱歉，最近才刚开始学习linux，有很多地方不是很清楚，
例如您刚刚说“添加路径的时候，路径要在$PATH左边（搜索顺序是从左到右）“ 我不是很明白
比如我的路径是：export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/room/openmpi314/lib
请问您觉得怎样改呢？

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2020-7-3 19:53

风飞发表于 2020-7-3 19:46
老师，您好，抱歉之前是我的疏忽，我已经把之前的inter MPI 注释掉了，然后直接删除（单击右键，移动到回收 ...

不需要重新安装啊……

你非要重装，之前怎么装的还怎么装呗

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2020-7-3 19:57
本帖最后由 hebrewsnabla 于 2020-7-3 20:01 编辑

风飞发表于 2020-7-3 19:51
您好，我为我之前的疏忽抱歉，最近才刚开始学习linux，有很多地方不是很清楚，
例如您刚刚说“添加路径 ...

export LD_LIBRARY_PATH=/home/room/openmpi314/lib:$LD_LIBRARY_PATH

当然，你把其他的mpi都注释掉，放左边右边都无所谓了。

作者
Author: 风飞 时间: 2020-7-3 20:01

hebrewsnabla 发表于 2020-7-3 19:53
不需要重新安装啊……

你非要重装，之前怎么装的还怎么装呗

嗯，之前也是按照帖子来的，输入make all intsall -j，没有提示报错，结果可能是inter MPI 的原因，openMPI 没有装成功，这次我把inter MPI注释掉了，然后重新来输入 make all intsall -j 结果就提示出错了

作者
Author: 风飞 时间: 2020-7-3 20:02

hebrewsnabla 发表于 2020-7-3 19:57
export LD_LIBRARY_PATH=/home/room/openmpi314/lib:$LD_LIBRARY_PATH

当然，你把其他的mpi都注释掉， ...

恩，好的谢谢您

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2020-7-3 20:04

风飞发表于 2020-7-3 20:01
嗯，之前也是按照帖子来的，输入make all intsall -j，没有提示报错，结果可能是inter MPI 的原因，openM ...

安装openmpi和intel没有关系，没报错就是成功的。根本没必要重新安装。

安装的时候要先阅读README和INSTALL。

作者
Author: 风飞 时间: 2020-7-3 20:14

hebrewsnabla 发表于 2020-7-3 20:04
安装openmpi和intel没有关系，没报错就是成功的。根本没必要重新安装。

安装的时候要先阅读README和IN ...

其实我之前是先注释了inter MPI ，然后输入mpiexec -V 结果还是inter MPI，然后我就删除了，请问现在该怎么办呢？

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2020-7-3 20:17

风飞发表于 2020-7-3 20:14
其实我之前是先注释了inter MPI ，然后输入mpiexec -V 结果还是inter MPI，然后我就删除了，请问现在该 ...

注释以后要退出重新登录。

删了就没了。

作者
Author: 风飞 时间: 2020-7-3 21:02

hebrewsnabla 发表于 2020-7-3 20:17
注释以后要退出重新登录。

删了就没了。

您好，我在回收站把文件找回来了，然后修改PATH 路径并且注释了inter MPI 然后就可以了

作者
Author: 风飞 时间: 2020-7-3 21:02
最后，谢谢各位老师

作者
Author: 风飞 时间: 2020-7-3 21:14

hebrewsnabla 发表于 2020-7-3 20:17
注释以后要退出重新登录。

删了就没了。

你好我想请问以下，VASP 用的是inter MPI ORCA 用的是openMPI 。我现在使用ORCA 把interMPI 注释了，那我使用interMPI的时候是不是也要把openMPI 注释掉呢？
如果我使用VASP 的时候，把interMPI 的注释去掉，然后给openMPI加上注释，这样修改好hashrc ，是不是点击source .bashrc 就可以了？

作者
Author: 万里云 时间: 2020-7-3 22:21

风飞发表于 2020-7-3 21:14
你好我想请问以下，VASP 用的是inter MPI ORCA 用的是openMPI 。我现在使用ORCA 把interMPI 注释了，那 ...

切换mpi的问题可以用Environment Modules软件解决。

看截图你在用root账户，对于新手来说，这是个很糟糕的习惯。

作者
Author: 风飞 时间: 2020-7-3 22:42
本帖最后由风飞于 2020-7-3 22:46 编辑

万里云发表于 2020-7-3 22:21
切换mpi的问题可以用Environment Modules软件解决。

看截图你在用root账户，对于新手来说，这是个很糟 ...

嗯，谢谢您，我明天装一下这个软件，此外，谢谢您的提醒，我应该用的是普通用户，我看书上说:如果是root用户前面应该是# ，而普通用户是$，您是说我在root用户的bashrc上修改的环境变量吗？我每次打开bashrc文件用的命令是 gedit ~/.bashrc 。如果这个打开的是root用户的bashrc文件，请问我该用哪个命令打开当前普通用户的bashrc文件呢？

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-7-3 22:49

风飞发表于 2020-7-3 22:42
嗯，谢谢您，我明天装一下这个软件，此外，谢谢您的提醒，我应该用的是普通用户，我看书上说:如果是root ...

一样的，～/是相对路径，对于root用户就是/root/，对普通用户就是/home/用户名/

作者
Author: 万里云 时间: 2020-7-4 13:48

风飞发表于 2020-7-3 22:42
嗯，谢谢您，我明天装一下这个软件，此外，谢谢您的提醒，我应该用的是普通用户，我看书上说:如果是root ...

你最后一张图执行mpiexec的时候，用的是root账户啊。

root账户应该只在修改系统设置的时候使用。平时就用root的话，即使不手滑把系统搞坏，也容易遇到令人头疼的文件权限问题。

作者
Author: 风飞 时间: 2020-7-4 14:40

万里云发表于 2020-7-4 13:48
你最后一张图执行mpiexec的时候，用的是root账户啊。

root账户应该只在修改系统设置的时候使用。平时 ...

嗯，抱歉，我还是没理解

，您说的是这个图吗？，我shell前面是$,我就一直以为普通用户，我记得root用户的shell前面不是#吗？我还是没明白，如果改，怎样改合适呢？我先在在终端中都是这样（[room@localhost ] $）的形式

作者
Author: 万里云 时间: 2020-7-5 10:19

风飞发表于 2020-7-4 14:40
嗯，抱歉，我还是没理解，您说的是这个图吗？，我shell前面是$,我就一直以为普通用户，我记得root用户 ...

我看花眼了，把room看成root了。

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