计算化学公社

标题: 求助：如何获得SiO2分子的itp文件（amber03力场） [打印本页]

作者
Author: 克里斯提那 时间: 2020-7-4 15:02
标题: 求助：如何获得SiO2分子的itp文件（amber03力场）
我打算模拟水中含SiO2颗粒时的空化过程，用vmd创建得到了SiO2的pdb文件，请问该如何再获得SiO2的itp文件来进行MD模拟啊？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-4 15:16
Amber力场是描述生物分子体系的，跟SiO2完全扯不上关系

CHARMM36里有Si的原子类型，可以尝试用CGenFF搞搞，看是否能搞出能凑合用的。或者基于UFF力场。怎么得到仔细看
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）
或者试图从文献里找合适的参数自己手动写itp

作者
Author: 克里斯提那 时间: 2020-7-4 16:37

sobereva 发表于 2020-7-4 15:16
Amber力场是描述生物分子体系的，跟SiO2完全扯不上关系

CHARMM36里有Si的原子类型，可以尝试用CGenFF搞 ...

好的，谢谢sob老师

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2020-7-5 10:49

克里斯提那发表于 2020-7-4 16:37
好的，谢谢sob老师

http://bbs.keinsci.com/thread-14723-1-1.html

作者
Author: 克里斯提那 时间: 2020-7-8 17:19

Lacrimosa 发表于 2020-7-5 10:49
http://bbs.keinsci.com/thread-14723-1-1.html

你好，我用你的方法产生sio2的拓扑文件，但提示很多错误：
如： Can not find forcefield for atom SI3-5 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom SI2-135 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom O2-400 with 0 bonds
Can not find forcefield for atom O6-706 with 3 bonds
等
Could only find a forcefield type for 11382 out of 11616 atoms
请问这个问题该怎么解决啊？如果要修改n2t文件的话，该把原子间距离修改到多少合适呢？

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2020-7-10 10:30

克里斯提那发表于 2020-7-8 17:19
你好，我用你的方法产生sio2的拓扑文件，但提示很多错误：
如： Can not find forcefield for atom SI3- ...

键长多少可以把pdb用gview/MS/VMD这些工具打开然后量一下，之后加上一行修改之后的就好了。
或者对于Can not find forcefield for atom SI3-5 with 3 bonds这种直接加一行周围只有三个原子的判定条件就好了

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