计算化学公社

标题: gromacs力场该如何选取 [打印本页]

作者
Author: 邱美佳 时间: 2020-7-4 21:05
标题: gromacs力场该如何选取
请问不同的体系gromacs应该选取什么力场比较合适呢？MOF材料，高分子材料，小分子溶液体系应该选取什么力场好呢？

作者
Author: 八月的雨季 时间: 2020-7-4 22:04
多翻翻说明书，比在这问快多了

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-5 01:30
MOF用UFF4MOF之类的
有机高分子用GAFF就挺好，OPLS-AA亦可。
小分子溶液看具体是什么。普通有机小分子用GAFF、GROMOS、OPLS-AA、CGenFF力场描述都完全可以，我个人倾向于用acpype构造GAFF的拓扑文件并结合Multiwfn算的RESP2电荷来描述小分子。水模型原理上用四点水模型OPC最理想，用常用且直接自带的三点水模型SPC/E也完全可以。

这类问题一般在手册里并不体现。

作者
Author: 邱美佳 时间: 2020-7-5 23:02

sobereva 发表于 2020-7-5 01:30
MOF用UFF4MOF之类的
有机高分子用GAFF就挺好，OPLS-AA亦可。
小分子溶液看具体是什么。普通有机小分子用G ...

好的，谢谢sob老师

作者
Author: bobosiji 时间: 2020-7-6 00:17

sobereva 发表于 2020-7-5 01:30
MOF用UFF4MOF之类的
有机高分子用GAFF就挺好，OPLS-AA亦可。
小分子溶液看具体是什么。普通有机小分子用G ...

普通有机小分子用GAFF、GROMOS、OPLS-AA、CGenFF力场描述: 是不是OPLS-AA最准确？

作者
Author: qmlearner 时间: 2020-7-6 10:26

sobereva 发表于 2020-7-5 01:30
MOF用UFF4MOF之类的
有机高分子用GAFF就挺好，OPLS-AA亦可。
小分子溶液看具体是什么。普通有机小分子用G ...

请问社长sama，计算气体分子在MOF中的扩散，如果用UFF力场的话，力场拓扑文件构造过程是否如下就可以：（1）gau计算MOF单胞、气体分子的RESP电荷，（2）用OBGMX得到itp、top，替换其中的电荷。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-6 12:01

bobosiji 发表于 2020-7-6 00:17
普通有机小分子用GAFF、GROMOS、OPLS-AA、CGenFF力场描述: 是不是OPLS-AA最准确？

没法这么说。这和分子类型、被模拟的具体问题关系很大
我个人通常都用GAFF，因为结合acpype产生拓扑文件又方便又靠谱，原子类型名称定义得清楚

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-6 12:12

qmlearner 发表于 2020-7-6 10:26
请问社长sama，计算气体分子在MOF中的扩散，如果用UFF力场的话，力场拓扑文件构造过程是否如下就可以：（ ...

原则上可以。

另外还有个CBAC电荷可以考虑，专门给MOF开发，用这个电荷的话可以免得自己计算了。见J. Phys. Chem. C, 114, 5035-5042

作者
Author: qmlearner 时间: 2020-7-6 12:43

sobereva 发表于 2020-7-6 12:12
原则上可以。

另外还有个CBAC电荷可以考虑，专门给MOF开发，用这个电荷的话可以免得自己计算了。见J. ...

谢谢社长，我去研究一下：））

作者
Author: JillW 时间: 2025-1-9 10:50

sobereva 发表于 2020-7-5 01:30
MOF用UFF4MOF之类的
有机高分子用GAFF就挺好，OPLS-AA亦可。
小分子溶液看具体是什么。普通有机小分子用G ...

请问卢老师，MOF类的材料能用GAFF+UFF4MOF结合起来吗？还是说UFF4MOF的精度已经可以了呢？
另外我使用了autoFF来产生GAFF+UFF4MOF的top文件。会有如下提示（GAFF+UFF时也会有）：
“力场非键相互作用的1-4系数 GAFF:0.5; UFF4MOFII:1 不兼容,可能产生不准确的模拟结果”
但是在您给出的sobtop示例10中，使用就是GAFF+UFF的组合，这两者应该很类似才对，不会有如上的问题吗？

麻烦大家帮忙解答一下疑惑。感激不尽

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-10 00:21

JillW 发表于 2025-1-9 10:50
请问卢老师，MOF类的材料能用GAFF+UFF4MOF结合起来吗？还是说UFF4MOF的精度已经可以了呢？
另外我使用了 ...

MOF自身直接用UFF4MOF就完了

作者
Author: JillW 时间: 2025-1-11 19:10

sobereva 发表于 2025-1-10 00:21
MOF自身直接用UFF4MOF就完了

但是要考虑有机小分子吸附问题的话感觉这个似乎不太够。
所以考虑GAFF+UFF4MOF来补充MOF的力场参数

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)