计算化学公社

标题: Gaussian进行柔性扫描，能否同时得到各个点的热力学参数？ [打印本页]

作者
Author: JoeyssaWang 时间: 2020-7-5 09:07
标题: Gaussian进行柔性扫描，能否同时得到各个点的热力学参数？
【求助】用Gaussian进行柔性扫描，能否同时得到各个点的热力学参数，比如说free energy。我尝试做柔性扫描的时候同时加了freq关键词，输出文件中只给出了最后一个点的free energy，有什么办法可以提取所有点的free energy吗？
还是需要将每个点的结构提取出来，重新计算freq?
感谢老师！

作者
Author: niobium 时间: 2020-7-5 10:34
个人觉得一般的问题用电子能量也能说明问题。你可以试试看取几个点，看看电子能量和自由能所得的结果是否一致。

作者
Author: wzy 时间: 2020-7-5 10:42

niobium 发表于 2020-7-5 10:34
个人觉得一般的问题用电子能量也能说明问题。你可以试试看取几个点，看看电子能量和自由能所得的结果是否一 ...

电子能量和free energy的区别？free energy不是吉布斯自由能吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-5 14:21
没有办法。非要直接实现的话需要试图用非标准路径实现：
Gaussian的Link、IOp与非标准计算路径
http://sobereva.com/57

作者
Author: Mikasa 时间: 2020-7-5 21:50
本帖最后由 Mikasa 于 2020-7-5 21:52 编辑

即便是MEP(IRC)上的非saddle point做频率分析也需要沿着MEP进行投影以消除不必要的虚频振动（沿MEP的投影也需要在内坐标下进行，不同的内坐标的结果也会略有不同）。柔性扫描很多时候并不在MEP上，如何做合理的投影是很难定义的。
Gaussian官方关于振动分析的‘白皮书’（Vibrational Analysis in Gaussian）里明确说明了：
Vibrational analysis, as it's described in most texts and implemented in Gaussian, is valid only when the first derivatives of the energy with respect to displacement of the atoms are zero. In other words, the geometry used for vibrational analysis must be optimized at the same level of theory and with the same basis set that the second derivatives were generated with. Analysis at transition states and higher order saddle points is also valid. Other geometries are not valid. (There are certain exceptions, such as analysis along an IRC, where the non-zero derivative can be projected out.)

作者
Author: JoeyssaWang 时间: 2020-7-6 10:30

wzy 发表于 2020-7-5 10:42
电子能量和free energy的区别？free energy不是吉布斯自由能吗？

free energy是自由能，和电子能量不同，自由能应该是包含了环境对能量的影响，比如T。我想探究有关化学反应的问题，所有取自由能合理一点。

作者
Author: JoeyssaWang 时间: 2020-7-6 10:36

Mikasa 发表于 2020-7-5 21:50
即便是MEP(IRC)上的非saddle point做频率分析也需要沿着MEP进行投影以消除不必要的虚频振动（沿MEP的投影也 ...

学到了，非常感谢！

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