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标题: 求助：如何在2000个原子体系的聚合物中，生成gaff或者opls-aa力场参数 [打印本页]

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Author: 825219014 时间: 2020-7-5 14:06
标题: 求助：如何在2000个原子体系的聚合物中，生成gaff或者opls-aa力场参数
最近在做共轭聚合物的分子动力学，因为需要对某个特定的二面角做力场参数拟合，所以要生成由原子序号定义的二面角的力场参数（附件1.itp），使用了acpype生成gaff立场，对原子数量有限制，如果是将单体的itp，通过复制粘贴扩展成为聚合物的itp，要把聚合物的每一个原子序号都和单体的对应起来，极其耗时。所以，想请问一下有什么办法能生成10个聚合单元，原子数在2000个左右的，带原子序号的itp文件的方法嘛？

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Author: sobereva 时间: 2020-7-5 14:11
自己写rtp，用pdb2gmx产生itp

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Author: 825219014 时间: 2020-7-5 14:12

sobereva 发表于 2020-7-5 14:11
自己写rtp，用pdb2gmx产生itp

请问sob老师，有可以参考的示例嘛？

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Author: tjuptz 时间: 2020-7-5 14:59
http://bbs.keinsci.com/thread-16207-1-1.html
把我汇总的帖子都认真看一遍，应该就会了

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