计算化学公社

标题: 求助REMD使用范围 [打印本页]

作者
Author: 舍命为江山 时间: 2014-11-3 21:40
标题: 求助REMD使用范围
请问REMD和正常的MD效果上有什么区别，使用价值有多高，代价多大？
谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2014-11-3 22:00
REMD是很流行的加速采样方法，可更快地遍历自由能面各个区域，研究小肽折叠问题很有用。方法上主要特点是引入了多个副本同时模拟，具有不同温度且不断交换，使得体系经历高温时可以容易地翻越势垒，而转变到低温时又可以在势阱里充分采样。

附上两篇很好的文献，看看就理解了
(, 下载次数 Times of downloads: 270) (, 下载次数 Times of downloads: 216)

作者
Author: 舍命为江山 时间: 2014-11-4 20:58
谢谢Sob辛苦回复！

作者
Author: Esperanza 时间: 2022-5-11 10:16

sobereva 发表于 2014-11-3 22:00
REMD是很流行的加速采样方法，可更快地遍历自由能面各个区域，研究小肽折叠问题很有用。方法上主要特点是引 ...

请问sob老师，如果研究一个多聚体蛋白在结合某小分子前后的构象变化（主要想看某些大块的domain之间的相对位置以及在溶剂中暴露的情况），是否建议使用REMD？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-11 20:13

Esperanza 发表于 2022-5-11 10:16
请问sob老师，如果研究一个多聚体蛋白在结合某小分子前后的构象变化（主要想看某些大块的domain之间的相 ...

不适合

作者
Author: chenbq18 时间: 2022-6-30 21:54

sobereva 发表于 2022-5-11 20:13
不适合

老师请问，REMD是否适合研究几十个氨基酸聚集过程，主要是二聚。我们是做肽修饰，实验中发现用糖修饰肽可以降低短肽二聚的发生。想通过MD来解释原理。谢谢老师

作者
Author: 对抗路达摩 时间: 2022-7-1 12:51

chenbq18 发表于 2022-6-30 21:54
老师请问，REMD是否适合研究几十个氨基酸聚集过程，主要是二聚。我们是做肽修饰，实验中发现用糖修饰肽可 ...

不如在GPU节点上做长时间的normal MD。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-2 06:17

chenbq18 发表于 2022-6-30 21:54
老师请问，REMD是否适合研究几十个氨基酸聚集过程，主要是二聚。我们是做肽修饰，实验中发现用糖修饰肽可 ...

但凡普通MD就能不费劲地很好模拟的问题，就没必要用REMD。从你的信息上我还没看出用REMD的意义

作者
Author: chenbq18 时间: 2022-7-2 08:21

sobereva 发表于 2022-7-2 06:17
但凡普通MD就能不费劲地很好模拟的问题，就没必要用REMD。从你的信息上我还没看出用REMD的意义

想的是，聚集过程时间尺度太长，同时短肽构象采样完全是个难题，担心普通MD难以模拟出结果

作者
Author: chenbq18 时间: 2022-7-2 08:22

对抗路达摩发表于 2022-7-1 12:51
不如在GPU节点上做长时间的normal MD。

有过这方面想法，但不确定模拟多少时长合适。有什么评价指标吗，这个短肽构象一直在变化，很难采样完全。

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2022-7-2 11:04

chenbq18 发表于 2022-6-30 21:54
老师请问，REMD是否适合研究几十个氨基酸聚集过程，主要是二聚。我们是做肽修饰，实验中发现用糖修饰肽可 ...

如果能找到合适的collective variable，肯定建议采用基于collective variable的增强采样方法。但聚集过程的模拟是个“老大难”啊。。。。。。优先考虑能不能通过原位的一些光谱上的手段，得出些实验结果吧。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-3 03:44

chenbq18 发表于 2022-7-2 08:21
想的是，聚集过程时间尺度太长，同时短肽构象采样完全是个难题，担心普通MD难以模拟出结果

先跑起来看看情况再说
全原子跑不动还有粗粒化可用

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)