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标题: VASP/QE/高斯/ORCA 等这些软件是安装在固态硬盘上还是机械硬盘上 [打印本页]

作者
Author: 风飞 时间: 2020-7-5 16:36
标题: VASP/QE/高斯/ORCA 等这些软件是安装在固态硬盘上还是机械硬盘上
本帖最后由风飞于 2020-7-5 20:29 编辑

老师，您好，
我的硬盘情况是：机械硬盘：希捷ST4000NM0033企业级4TB SATA + 固态硬盘：PM981A 1TB 然后分给了两个系统，一个是centos 系统，一个windows系统，各一半一半。 linux下出现内存不足的情况，请问VASP/QE/高斯/ORCA 这些软件是装在固态硬盘上，还是机械硬盘上合适呢？
因为在使用ORCA 进行计算时，提示说内存不足，通过df -h查看，如下图所示，原来是磁盘满了，所以想把这些软件装在机械硬盘上

作者
Author: 万里云 时间: 2020-7-5 17:51
本帖最后由万里云于 2020-7-5 20:44 编辑

说实话，计算用服务器该不该上固态盘很值得商榷。

如果用来提高开机速度，服务器主板开机自检时间很长，而且开机一次几个月不关，所以没啥意义。

如果用来装软件提高加载速度，Linux不是Win10，没有后台乱七八糟的进程乱扫硬盘，用机械盘也不会卡。而且，即使是静态编译的程序，大小也在1G以内。程序加载时间和运行耗时比起来可以忽略不记。

唯一有用地方，就是用于那些会读写大量临时文件的计算任务。服务器那工作强度，估计损耗会很严重。大点的体系自洽迭代一次几十GB的写入量，而且二十四小时不停，不是家用机能比的。

话说楼主这分区有点迷啊。看样子是把固态盘挂在了/home上，一个2T机械盘挂在了/home/room/data上，还有一个2T的是移动硬盘？

个人建议分区方案如下，这是我以前修服务器的时候，查阅RedHat帮助文档总结的。
(, 下载次数 Times of downloads: 83)

总的思想就是把绝大部分容量分给/home。如果楼主执意要使用固态盘，一个方案是把系统和软件装在固态上，再把机械盘挂在/home上。这样数据保险，系统崩了数据也能读出来。另一个方案就是把系统和/home都放机械盘上，/home单独分区并占最大份额，固态盘挂载到/tmp或者/scratch上当高速缓存用。

作者
Author: niobium 时间: 2020-7-5 19:51
个人认为在Linux系统的服务器上把系统和程序装在SSD上是基本没有意义的，都是Windows思维。
SSD在量子化学计算上的作用在于部分方法在计算过程中会频繁读写文件。例如一些程序中的MP2和CCSD(T)实现会大量读写硬盘，使得计算变慢、并行效率变低，这时候如果用SSD会缓解不少，如果能用NVME的SSD组raid0，那就更理想了。比如ORCA的DLPNO-CCSD(T)在做比较大的体系时，对硬盘的要求就比较高，而如果用上tightpno参数的话，就更需要高速硬盘了。

作者
Author: niobium 时间: 2020-7-5 19:55

万里云发表于 2020-7-5 17:51
说实话，计算用服务器该不该上固态盘很值得商榷。

如果用来提高开机速度，服务器主板开机自检时间很长， ...

你最后一句话写错了吧

作者
Author: abin 时间: 2020-7-5 20:07
本帖最后由 abin 于 2020-7-5 20:09 编辑

一个100元左右的硬盘，单独用来做系统。
一个4或者8TB挂载到/home

读写缓存，根据预算来
入门，两个机械盘raid0
普通，四个机械盘raid0
高级，一个NVME协议固态
骨灰级，两个NVME固态做RAID0

如果有执念，买RAID 卡，闲鱼一百元有的是。
如果不是偏执狂，采用softraid 照样可以满足需求。

用一个NVME固态，在某些并行计算时，并发读写性能可能不足。

补充一句，用高速固态做系统盘，不是蠢就是坏。
当然，土豪可以忽略以上言论。

作者
Author: 风飞 时间: 2020-7-5 20:27

niobium 发表于 2020-7-5 19:51
个人认为在Linux系统的服务器上把系统和程序装在SSD上是基本没有意义的，都是Windows思维。
SSD在量子化学 ...

谢谢您的解答，我的硬盘情况是：机械硬盘：希捷ST4000NM0033企业级4TB SATA + 固态硬盘：PM981A 1TB
然后分给了两个系统，一个是centos 系统，一个windows系统，各一半一半
请问这样的话，分区方式还是您说的那样吗？

作者
Author: 风飞 时间: 2020-7-5 20:39
本帖最后由风飞于 2020-7-5 21:45 编辑

这个是卖家装的机，听完上面各位老师的解答，那是我的分区有问题，我是不是要重新装系统，如果重装系统，那请问各位老师的分区建议是？
我目前磁盘的使用情况如下：（双系统，window和linux各一半一半）。
此外，我很好奇，不知为什我home一共有383个G，电脑是今年6月十几号才买的，也是最近才使用的，我查看了主目录下文件夹，加上系统总共也就10G，我找到/deV那个目录使用du -h –max-depth=1 * 产看子文件的大小，可是也没有找到大文件，请问该怎样处理呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-6 11:35
计算程序装在机械还是固态完全无所谓，并不会影响实际速度

只有对于大量读写硬盘的任务，考虑是否将临时文件空间设在固态硬盘上，这才是有意义的，见此文
硬盘速度与内存容量对量子化学计算速度影响的测试
http://sobereva.com/397（http://bbs.keinsci.com/thread-7478-1-1.html）

作者
Author: abin 时间: 2020-7-6 13:11

风飞发表于 2020-7-5 20:39
这个是卖家装的机，听完上面各位老师的解答，那是我的分区有问题，我是不是要重新装系统，如果重装系统，那 ...

我一直是一个小硬盘做系统，采用默认分区设定。
多年前，我推荐1个500GB或者1TB机械，因为便宜；
现在，可以考虑使用普通SATA接口的硬盘，比如32GB， 60GB或者120GB，因为便宜。

/home独立硬盘。
/home2 独立硬盘；
/project 独立硬盘
从来没有考虑过任何硬盘分区的事情。

作者
Author: niobium 时间: 2020-7-6 14:08

风飞发表于 2020-7-5 20:27
谢谢您的解答，我的硬盘情况是：机械硬盘：希捷ST4000NM0033企业级4TB SATA + 固态硬盘：PM981A 1TB
...

不明白你要装两个系统干什么

作者
Author: biogon 时间: 2020-7-6 14:35

万里云发表于 2020-7-5 17:51
说实话，计算用服务器该不该上固态盘很值得商榷。

如果用来提高开机速度，服务器主板开机自检时间很长， ...

现在全固态的服务器已经不少见了，对于跑重口味计算绝对是必须的，只要用企业级SSD使用量不超过标称的DWPD值基本上是不会出现问题的，数据异地定期备份才能保证安全

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