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标题: Win10 WSL安装g16 AVX C.01和ORCA 4.2.1的几个坑 [打印本页]
作者
Author: ldatea    时间: 2020-7-5 22:37
标题: Win10 WSL安装g16 AVX C.01和ORCA 4.2.1的几个坑
本帖最后由 ldatea 于 2020-11-21 13:48 编辑

这几天刚刚搞了个WSL，记录一下自己遇到的几个坑。初次接触Linux，水平实在很渣，闹了不少很蠢的错误。
1.从Microsoft store下的Ubuntu只能装在C盘上。好在有工具可以改（我随便找的，没试过）https://p3terx.com/archives/manage-wsl-with-lxrunoffline.html，https://blog.csdn.net/weixin_42508385/article/details/86905616，其中的重要github链接https://github.com/DDoSolitary/LxRunOffline/releases我听说很多人推荐自己下，这样省去很多麻烦。当然新手请根据自己的情况选择是否选择傻瓜式安装，毕竟有些东西折腾起来很费劲。

2.在windows系统中修改文件会导致权限改变，我在windows下改了/.bashrc文件，然后权限就变成了9个-。装个16先出现permission denied后出现command not found。具体发生了啥我忘了，不过这都是小问题。在Ubuntu开启和关闭的时候操作好像是不一样的。（我这里没搞懂，待重新试验）

3.如果把window系统的文件复制到ubuntu对应的目录里，然后在windows中修改文件名，有可能出现ubuntu的文件名维持原样的情况，有可能出现权限不够的情况。也出现过windows里复制的文件，在ubuntu中根本找不到的情况。（我也没搞懂具体什么条件会触发什么情况）

4.装g16会出现不能正常运行的情况，我用的是AMD的核，需要在/.bashrc中加入PGI_FASTMATH_CPU=sandybridge
5.装ORCA4.2.1没啥问题。搞openmpi的时候一开始根本没法编译，因为make 命令都没法用（自动安装GNU就可以解决）有帖子http://bbs.keinsci.com/thread-663-1-1.html说要装gcc 以及g++和fortran
确实如此。然后后来又瞎搞一通，编译到一半报错。后来重新操作一遍（开了四核 ），快了很多但是CPU占用率也不是很高，也没报错。
然后改完/.bashrc就OK了，用mpiexec -V（大写）看了一下版本号，3.1.4顺利完成。

6.这时候写一个多核的.inp文件，运行会报错
  1. Local host: DESKTOP-AQ9MC2R
  2. --------------------------------------------------------------------------
  3. [DESKTOP-AQ9MC2R:22159] 2 more processes have sent help message help-btl-vader.txt / cma-permission-denied
  4. [DESKTOP-AQ9MC2R:22159] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to see all help / error messages
  5. --------------------------------------------------------------------------
  6. WARNING: Linux kernel CMA support was requested via the
  7. btl_vader_single_copy_mechanism MCA variable, but CMA support is
  8. not available due to restrictive ptrace settings.

  10. The vader shared memory BTL will fall back on another single-copy
  11. mechanism if one is available. This may result in lower performance.

  13.   Local host: DESKTOP-AQ9MC2R
  14. --------------------------------------------------------------------------
  15. [DESKTOP-AQ9MC2R:22173] 2 more processes have sent help message help-btl-vader.txt / cma-permission-denied
  16. [DESKTOP-AQ9MC2R:22173] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to see all help / error messages
复制代码
而且windows中弹出好几个防火墙什么的窗口。
网上随意查了一下（https://zhuanlan.zhihu.com/p/83599734《在win10 子系统 wsl 中 Ubuntu 系统下LAMMPS的安装方法》），此文用了
  1. sudo echo 0 > /proc/sys/kernel/yama/ptrace_scope
复制代码
这个应该要写进/.bashrc里面，否则每关掉一次终端再进去都得写一遍。还有个防火墙的问题，有时候还是会出现。（有可能和WSL每天会加载一遍的和硬件有关的一堆信息有关，我是过了0点的ORCA出出现的防火墙，平时不会出现）

我尝试了一下，确实可以解决。至此完成ORCA4.2.1并行环境安装完毕。
然后有一个点要注意，G16如果用在windows文本编辑器中编辑，从别的地方复制坐标粘在.gjf里，需要手动输入空行，否则会在l101.exe报错
  1. End of file in ZSymb.
复制代码

操作就是光标移动到最后一个坐标末尾，Enter键换行，然后打上空格。（不打空格照样报错）。这个我猜可能跟windows和Linux的换行符有关。论坛里也有讨论换行符问题的，但是似乎以前的问题更严重，后来已经修复了两个系统文件不通用的问题。

7.20新增：
19日算完了一个任务，然后修改了笔记本的一些东西以后，g16开始抽风，没法运行，要么卡在link0，（ORCA倒是没出问题）
  1. Entering Gaussian System, Link 0=g16
  2. Input=tz.gjf
  3. Output=tz.log
  4. Initial command:
  5. /mnt/d/mywslfiles/g16/l1.exe "/mnt/d/mywslfiles/g16/scratch/Gau-187.inp" -scrdir="/mnt/d/mywslfiles/g16/scratch/"
复制代码
然后终端会输出报错信息
  1. -bash: /mnt/c/users/wyn/AppData/g16/g16: Invalid argument
复制代码

要么卡在link 1。
  1. Entering Gaussian System, Link 0=.../g16
  2. Initial command:
  3. ...1.exe ".../scratch/Gau-25.inp" -scrdir="/home/wyn/apps/g16/scratch/"
  4. Entering Link 1 = /home/wyn/apps/g16/l1.exe PID=        26.
复制代码
--
#p
--
1/38=1,172=1/1;
2/12=2,17=6,18=5,40=1/2;
3/11=9,25=1,30=1/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
99/5=1,9=1/99;
Leave Link    1 at Sun Jul 19 16:20:50 2020, MaxMem=           0 cpu:               0.1 elap:               0.2
Returned from execl, istat=-1, errno=22!
Returned from execl!

查了一下，errno=22就是Invalid argument。我也不知道什么参数不合法。
突然想起来，最近win10更新过，我还做了几件事
1.修改默认的分页文件设置（自动分配虚拟内存），改成了C盘无分页文件，D盘可变大小的虚拟内存
2.从ASUS官网下了smart gesture，之前被我删了，后来发现没这个无法禁用触摸板。又下回来了
3.更新了BIOS。（我猜是搞这个导致的）
尝试的解决方案：
1.将g16移动到其他目录，从压缩包里直接解压出g16。还是一模一样的报错
2.重新下了个Ubuntu，用20.04 .LTS版本。还是一模一样的报错7.24更新
7.24日更新
我把分页文件改回原始的系统自动分配，就正常了。出问题的期间我装了个windows,64位的g09E.01也是类似的问题死在l1或者l101，输出文件没有报错信息。cmd会出现一句线程和进程ID为0这样的报错。
（只有32位的g09D.01在改变分页文件前后没出任何问题）
这个出乎我意料
其实我是在运行windows ORCA 发现msmpi无法并行的时候，才想到把分页文件给改回来的。
我还装了个vm虚拟机，不过在4G内存上用虚拟机就是找虐。即便只分配800MB内存，windows系统就变卡。我这笔记本4G内存有1.3G是“为硬件保留的内存”，想放一部分出来，网上查了一下，不太好操作，我暂时没辙。8.4更新
我的win10 WSL1 unbuntu20 的功能不正常
使用此文的方法可以解决https://zhuanlan.zhihu.com/p/148768425 需要安装python

最近尝试安装ifort结果intel全家桶的./install.sh一直卡在初始化initializing啥的
放了8个小时还卡着（我去睡了，醒来发现还卡着）
后来发现可以用apt安装，那就省事了。教程官网就有，官网搜索框搜apt即可。


作者
Author: njfuzjs    时间: 2020-7-6 00:00
可以用/mnt/e/g16一类的方法直接挂载文件
作者
Author: ldatea    时间: 2020-7-6 01:04
njfuzjs 发表于 2020-7-6 00:00
可以用/mnt/e/g16一类的方法直接挂载文件

十分感谢您的建议，这对我帮助很大。
不熟悉的时候就是到处踩坑或者把简单问题搞得很复杂。
作者
Author: ahxb    时间: 2020-7-6 04:12
njfuzjs 发表于 2020-7-6 00:00
可以用/mnt/e/g16一类的方法直接挂载文件

gaussian不能这么干。我自己装的ubuntu18.04 LTS版默认mnt文件夹下几乎所有文件和文件夹的权限为777，并且不能用chmod修改，而gaussian必须在750权限下运行。scratch文件夹倒是能这么干。
作者
Author: njfuzjs    时间: 2020-7-6 09:06
ahxb 发表于 2020-7-6 04:12
gaussian不能这么干。我自己装的ubuntu18.04 LTS版默认mnt文件夹下几乎所有文件和文件夹的权限为777，并 ...

这情况我在ubuntu16.04没遇到过，最起码当时我是正常跑完的，应该是你某些设置问题
作者
Author: biogon    时间: 2020-7-6 11:17
跑东西不用挪到目录下去，在放文件的地方按住shift点右键就能调出来linux命令行窗口，现在还是用WSL2更好
作者
Author: wolfli369    时间: 2020-7-6 14:38
"从应用商店下的Ubuntu只能装在C盘上。好在有工具可以改"请问什么工具可以修改？
作者
Author: ldatea    时间: 2020-7-6 14:56
wolfli369 发表于 2020-7-6 14:38
"从应用商店下的Ubuntu只能装在C盘上。好在有工具可以改"请问什么工具可以修改？

已经在原文“1.”后的段落添加，我没试过，不敢保证可用。
作者
Author: wolfli369    时间: 2020-7-7 08:34
ldatea 发表于 2020-7-6 14:56
已经在原文“1.”后的段落添加，我没试过，不敢保证可用。

谢谢你的帮助
作者
Author: Alizzard    时间: 2020-12-4 09:46
本帖最后由 Alizzard 于 2020-12-4 09:48 编辑

g16的安装包如果从windows放到WSL里会有权限问题。我放进去直接看不到文件。后来重启WSL看到了，解压全是权限问题。

后来我发现个神奇的方法，在WSL里装个ssh，方法和装普通服务器的ssh一样，除了port不能是22.
然后从winscp这类软件传g16进去，然后再WSL里解压，计算，就啥问题都没有了。顺滑的一笔
PS:
再windows的防火墙里得添加新的规则，把你修改的port添加进去。如果是局域网的话，直接把windows的防火墙关了peace没有。
作者
Author: jingsi    时间: 2020-12-14 20:28
Alizzard 发表于 2020-12-4 09:46
g16的安装包如果从windows放到WSL里会有权限问题。我放进去直接看不到文件。后来重启WSL看到了，解压全是权 ...

使用默认端口22是会出现什么怪异情况么？我也准备用wsl2装g16，学习下
作者
Author: biogon    时间: 2020-12-14 20:40
Alizzard 发表于 2020-12-4 09:46
g16的安装包如果从windows放到WSL里会有权限问题。我放进去直接看不到文件。后来重启WSL看到了，解压全是权 ...

chmod一下就完了的事
作者
Author: snljty    时间: 2020-12-15 00:12
biogon 发表于 2020-12-14 20:40
chmod一下就完了的事

如果文件不在WSL根目录下而且没设置umask，chmod无效。
作者
Author: snljty    时间: 2020-12-15 00:15
biogon 发表于 2020-7-6 11:17
跑东西不用挪到目录下去，在放文件的地方按住shift点右键就能调出来linux命令行窗口，现在还是用WSL2更好

WSL2跨文件系统访问会掉效率~
作者
Author: biogon    时间: 2020-12-15 09:17
snljty 发表于 2020-12-15 00:15
WSL2跨文件系统访问会掉效率~

还会有这个问题？我倒是没注意过
作者
Author: biogon    时间: 2020-12-15 09:18
snljty 发表于 2020-12-15 00:12
如果文件不在WSL根目录下而且没设置umask，chmod无效。

对的，我都是把东西扔到根目录下的
作者
Author: snljty    时间: 2020-12-15 09:58
biogon 发表于 2020-12-15 09:17
还会有这个问题？我倒是没注意过

微软官网说的
作者
Author: Alizzard    时间: 2020-12-16 15:32
jingsi 发表于 2020-12-14 20:28
使用默认端口22是会出现什么怪异情况么？我也准备用wsl2装g16，学习下

不能用默认端口，用默认端口你就登录到win上了。要把sshd_config里的port改成不是22的数，比如33。
然后在windows里把防火墙里新添加规则，把33加进去。或者直接关闭防火墙（我就这么干的，反正局域网）
其他和正常ssh设置一样。
我用的WSL1，没升级2.
作者
Author: jingsi    时间: 2020-12-16 15:53
Alizzard 发表于 2020-12-16 15:32
不能用默认端口，用默认端口你就登录到win上了。要把sshd_config里的port改成不是22的数，比如33。
然后 ...

非常感谢！



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