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标题: 求助，meta-eABF报大量Prepared sample and gradient buffers at step XXX信息 [打印本页]

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Author: minishotgun 时间: 2020-7-6 08:50
标题: 求助，meta-eABF报大量Prepared sample and gradient buffers at step XXX信息
老师们好，我正在用meta-eABF做模拟，现在模拟进行到4.5μs左右了。我发现模拟进行到4μs以后，生成的log文件里出现了非常多的“Prepared sample and gradient buffers at step XXX”信息（有接近1个G的这种信息）。但我看meta-eABF的计算速度和计算结果似乎没有受到太大影响。

我查阅了一下资料，发现这个好像是ABF代码的问题（https://github.com/Colvars/colvars/issues/239）。但是我没太看明白这个“Prepared sample and gradient buffers at step XXX”信息会对模拟结果产生什么影响。

请问我需要重新编译namd来消除这个提示吗，还是可以直接忽略这个信息呀。

感谢大家的帮助。

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-7-6 09:55
那个好像是colvars整形越界了。。。话说你跑了4.5μs还没有收敛吗

你可以续跑的时候把firstTimeStep设成0试试

作者
Author: minishotgun 时间: 2020-7-6 11:00

fhh2626 发表于 2020-7-6 09:55
那个好像是colvars整形越界了。。。话说你跑了4.5μs还没有收敛吗

你可以续跑的时候把firstTimeStep设成 ...

谢谢付老师解答

根据PMF RMSD曲线，我们的模拟确实还没有收敛。估计还得再跑个几μs才会收敛。

我们的续跑脚本里，firstTimeStep本来就是设的0，所以改成0应该没有作用...我们可以直接忽略这个整形越界的信息吗

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-7-6 11:16

minishotgun 发表于 2020-7-6 11:00
谢谢付老师解答

根据PMF RMSD曲线，我们的模拟确实还没有收敛。估计还得再跑个几μs才会收敛。

你把meta-eABF的高斯峰调小了吗？

你可以画出来看看自由能面的变化情况，有可能这个PMF的变化是出现在无关紧要的位置，或者你画Gradient的RMSD，这样无关紧要的位置的贡献就没这么大

我觉得没问题。。但是那样文件会比较大

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-7-6 11:26

minishotgun 发表于 2020-7-6 11:00
谢谢付老师解答

根据PMF RMSD曲线，我们的模拟确实还没有收敛。估计还得再跑个几μs才会收敛。

或者你把colvars.state里面的timestep改成0，看看行不行

作者
Author: minishotgun 时间: 2020-7-6 11:33

fhh2626 发表于 2020-7-6 09:55
那个好像是colvars整形越界了。。。话说你跑了4.5μs还没有收敛吗

你可以续跑的时候把firstTimeStep设成 ...

调小了，现在我们的hillweight=0.02, hillwidth=1, 要不我把hillweight改成0.01试一下。

我觉得自由能面的大致轮廓已经没有变化了，但周边几个能量低点的能量一直在变化（而且那几个位置对于我们的研究很重要）。

我试一下画 Gradient的RMSD。

如果只是文件大的问题，那我觉得我可以把log文件删了，因为我们也用不到这个日志信息...

作者
Author: minishotgun 时间: 2020-7-6 11:36

fhh2626 发表于 2020-7-6 11:26
或者你把colvars.state里面的timestep改成0，看看行不行

好的，我去试一下。不过这样做会影响计算结果（PMF）吗

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