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标题: 修改gro文件的某一组分的速度信息,md后,发现另一组分反向运动 [打印本页]

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lining    时间: 2020-7-6 08:54
标题: 修改gro文件的某一组分的速度信息,md后,发现另一组分反向运动
老师您好,我模拟的体系是氮气下的液滴运动问题,md步骤:首先修改了eq完之后的结构文件的速度信息,将所有氮气分子的速度设为2 0 0,水分子的速度设为0 0 0,然后进行md。md后输出轨迹文件,发现氮气分子按照事先设计好的速度运动,但水滴却逆着氮气运动方向运动(即沿x轴负方向运动),按正常来说,液滴可能静止或者跟着氮气运动,但轨迹中液滴却反向运动,十分诡异,请问这是什么原因造成的啊?附件是我的轨迹gif、eq.gro和md.mdp

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sobereva    时间: 2020-7-6 11:43
去掉comm-grps  = system再试
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lining    时间: 2020-7-6 11:46
sobereva 发表于 2020-7-6 11:43
去掉comm-grps  = system再试

好嘞老师,感谢您!
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lining    时间: 2020-7-7 09:05
sobereva 发表于 2020-7-6 11:43
去掉comm-grps  = system再试

老师您好,还有几个问题想要请教您,
1. 将comm-mode设为none,是否可以理解为整体质心是可以改变的啊?
2. 对于我这种情况,将comm-mode设为none,是否正确啊?
3. 讲义上写着comm-mode这条命令能够消除整体运动的方式,它深层的含义是啥啊?为啥有的时候需要设置消除整体运动啊?
希望老师有空帮忙解答一下,非常感谢您!
作者
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sobereva    时间: 2020-7-8 03:39
lining 发表于 2020-7-7 09:05
老师您好,还有几个问题想要请教您,
1. 将comm-mode设为none,是否可以理解为整体质心是可以改变的啊? ...

1 是
2 当然正确。要不然质心不动,A往左边移动自然会导致B往另一边移动,这和实际明显不符
3 由于数值计算误差、非键作用截断误差,会导致体系有不合理的漂移,这种不合理的整体移动才是需要被消除的
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lining    时间: 2020-7-8 08:53
sobereva 发表于 2020-7-8 03:39
1 是
2 当然正确。要不然质心不动,A往左边移动自然会导致B往另一边移动,这和实际明显不符
3 由于数值 ...

哦哦,懂了sob老师,非常感谢您的解答!
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lining    时间: 2020-7-8 21:10
sobereva 发表于 2020-7-6 11:43
去掉comm-grps  = system再试

sob老师您好,我将氮气初速度设为-10 0 0,发现md模拟过程中的速度降为-1.1 0 0 左右,按正常来说,初速度不会降低这么快吧,非常不解,附件中是eq.gro、md.mdp、md.xtc和md.gro,麻烦您百忙之中帮忙解答一下,非常感谢您!

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sobereva    时间: 2020-7-9 06:58
lining 发表于 2020-7-8 21:10
sob老师您好,我将氮气初速度设为-10 0 0,发现md模拟过程中的速度降为-1.1 0 0 左右,按正常来说,初速 ...

你得把热浴去掉啊
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lining    时间: 2020-7-9 08:07
sobereva 发表于 2020-7-9 06:58
你得把热浴去掉啊

好嘞老师,感谢您的解答![握拳]
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lining    时间: 2020-7-14 21:04
sobereva 发表于 2020-7-9 06:58
你得把热浴去掉啊

sob老师您好,我模拟的是流动油相(己烷)中的水滴,eq完之后给eq.gro中的己烷加了1 0 0的速度,md用的是NVE系综,md完之后,导出md的温度和压力后,发现温度和压力完全偏离eq的温度和压力,我想问一下您,
1. md中的温度和压力发生了偏离是由于己烷被施加了速度导致的么?具体是啥原因呢?警告截图中的NOTE1没怎么看懂。
2. 这种偏离能否避免啊?若能避免,该如何操作呢?若不能避免,这种偏离是否会影响模拟的准确性啊?
附件是md轨迹的gif图(为了减少gif的文件大小,每隔20帧截的)、eq的温度和压力曲线图、md的温度和压力曲线图、eq.gro、md.mdp、生成md.tpr时的警告截图。
希望老师您有空帮忙看一下,万分感激!






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