计算化学公社

标题: 为什么优化出的结构与我在晶体库中搜索到的结构不一样？ [打印本页]

作者
Author: 一骑星尘 时间: 2020-7-7 09:40
标题: 为什么优化出的结构与我在晶体库中搜索到的结构不一样？
我用高斯优化xantphos的结构，得到的结构没有对称面，我从剑桥晶体数据中心中得到的结构然后用高斯优化，结果居然有虚频，拿有虚频的结构使用opt=calcfc进行优化，又优化出不对称的结构了，不知道到底是哪里出了问题
我使用的是m06l/6-31G**进行的优化和频率分析，使用SMD 1，4二氧六环的溶剂，80摄氏度下进行优化，希望大家进行指教

作者
Author: 一骑星尘 时间: 2020-7-7 09:41
使用m06l是因为将来体系中要加入过渡金属，所以用了这个方法

作者
Author: ABetaCarw 时间: 2020-7-7 09:43
构型不同的问题有没有考虑过聚集态和孤立状态的周围环境不同？你咋设置在80度进行优化的？

作者
Author: 一骑星尘 时间: 2020-7-7 09:46

ABetaCarw 发表于 2020-7-7 09:43
构型不同的问题有没有考虑过聚集态和孤立状态的周围环境不同？你咋设置在80度进行优化的？

因为在反应体系中是80度，要去掉这个吗？

作者
Author: thanhtam 时间: 2020-7-7 09:56
电子能量和温度无关，所以优化的时候设置温度是没有意义的

作者
Author: 一骑星尘 时间: 2020-7-7 09:58

thanhtam 发表于 2020-7-7 09:56
电子能量和温度无关，所以优化的时候设置温度是没有意义的

好的，谢谢，我把温度去掉后试试，不过温度会对优化的构型产生影响吗？

作者
Author: thanhtam 时间: 2020-7-7 10:15

一骑星尘发表于 2020-7-7 09:58
好的，谢谢，我把温度去掉后试试，不过温度会对优化的构型产生影响吗？

没影响

作者
Author: 一骑星尘 时间: 2020-7-7 10:58

thanhtam 发表于 2020-7-7 10:15
没影响

所以就很奇怪，不知道为什么晶体库里的结构会有虚频

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-7-7 11:33

一骑星尘发表于 2020-7-7 10:58
所以就很奇怪，不知道为什么晶体库里的结构会有虚频

从描述上看有点问题，“得到的结构然后用高斯优化”似乎你这里指的是不做结构优化直接算个freq，这不能叫“优化”，是有歧义的。这有虚频是再正常不过的（无论加不加周期性），就算算出没有虚频也意义不大，力不零的话，看频率没意义。

我之所以这么判断，是因为你后面又说“拿有虚频的结构使用opt=calcfc进行优化”，这暗示前面没用opt关键词做结构优化。

至于去掉周期性边界条件只用团簇优化，失去对称性是正常的事，也不要想着刻意限制对称性了。实在想算晶体，就用VASP或Quantum Espresso

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-7-7 11:34
很正常，固体中的结构本来就不一定是游离态的稳定结构。
同理，联苯在溶液里是有夹角的而在晶体里是平面的。

作者
Author: 一骑星尘 时间: 2020-7-7 15:35

zjxitcc 发表于 2020-7-7 11:33
从描述上看有点问题，“得到的结构然后用高斯优化”似乎你这里指的是不做结构优化直接算个freq，这不能叫 ...

其实我opt和freq一起写上了，但是我想问下周期性边界条件是什么意思呀？我不是很懂。。。

作者
Author: thanhtam 时间: 2020-7-7 15:47
本帖最后由 thanhtam 于 2020-7-7 15:51 编辑

一骑星尘发表于 2020-7-7 15:35
其实我opt和freq一起写上了，但是我想问下周期性边界条件是什么意思呀？我不是很懂。。。

你从晶体库拿出结构，是周期性的，相当于分子周围有无数个同样的分子。而在高斯里面算的话（假如不加周期性边界条件），就相当于只有一个孤立的分子（如果加溶剂，周围就是溶剂环境）。这环境就有很大区别了。

如果你的目的就是算晶体环境下的结构，应该用周期性程序，如VASP，QE，cp2k等。不过看你描述是要算溶剂环境下的，那就用高斯算就行了。有虚频是正常的，想办法消掉就行了。

作者
Author: 一骑星尘 时间: 2020-7-7 16:08

thanhtam 发表于 2020-7-7 15:47
你从晶体库拿出结构，是周期性的，相当于分子周围有无数个同样的分子。而在高斯里面算的话（假如不加周期 ...

好的，非常感谢！

作者
Author: 一骑星尘 时间: 2020-7-7 20:25

喵星大佬发表于 2020-7-7 11:34
很正常，固体中的结构本来就不一定是游离态的稳定结构。
同理，联苯在溶液里是有夹角的而在晶体里是平面的 ...

原来是这样，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-8 03:26

一骑星尘发表于 2020-7-7 09:58
好的，谢谢，我把温度去掉后试试，不过温度会对优化的构型产生影响吗？

仔细看
谈谈温度、压力、同位素设定对量子化学计算结果产生的影响
http://sobereva.com/423（http://bbs.keinsci.com/thread-10159-1-1.html）

作者
Author: 一骑星尘 时间: 2020-7-8 09:54

sobereva 发表于 2020-7-8 03:26
仔细看
谈谈温度、压力、同位素设定对量子化学计算结果产生的影响
http://sobereva.com/423（http://bb ...

好的，谢谢您

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)