计算化学公社

标题: 请教如何将三维静电势投影到某二维平面上画出等值线 [打印本页]

作者
Author: guozi 时间: 2020-7-7 14:04
标题: 请教如何将三维静电势投影到某二维平面上画出等值线
本帖最后由 guozi 于 2020-7-7 14:06 编辑

目的想用matplotlib画出点电荷产生静电势的二维等值线，即如何将multiwfn产生的的静电势相关的cube file投影到某个平面上，并画出等值线图，请教sob大神如何可以实现呢，感谢赐教！目的是想比较并展示两种电荷模型产生的原子电荷其静电势的区别

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-7 14:06
把settings.ini里iuserfunc设为-1或者-3，然后载入静电势cube文件，用主功能4照常绘制平面图（看手册4.4节的一堆例子），但是在选择被绘制的函数的时候选择user-defined function

作者
Author: guozi 时间: 2020-7-7 17:51
本帖最后由 guozi 于 2020-7-7 17:54 编辑

谢谢sob老师！已经可以导入multiwfn产生的cub,画出2-d contour lines, 并导出contour plot相关的txt file, 但发现如果用multiwfn读入gaussian产生的ESP.cube后不能画出2d contour lines, 请问sob老师如何解决这个问题呢？我目的想比较拟合出的电电荷产生的静电势与qm的静电势差异以验证chargefitting的质量，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-8 02:46
除非你的ESP.cube有问题，否则不可能画不了。上传压缩后的ESP.cube一看就清楚了

实际上对于这个目的，你做这个事情没有丝毫意义，又麻烦效果又差。用Multiwfn载入chg文件，选择被绘制的函数的时候选择8 Electrostatic potential from atomic charges，直接就能得到基于原子电荷产生的静电势平面图，比用格点数据插值得到的效果好得多。Multiwfn也可以基于Gaussian产生的fch/wfn/wfx文件直接基于波函数绘制平面图，完全搞不明白你为什么以当前这种方式操作。

只有是那种波函数记录形式是Multiwfn不支持的情况才有必要用静电势的cub文件进行插值来绘图，诸如CP2K之类。

作者
Author: guozi 时间: 2020-7-8 09:03
好的，谢谢！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)