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标题: 在lammps中如何使用amber力场参数 [打印本页]

作者
Author: liudy02 时间: 2020-7-7 15:31
标题: 在lammps中如何使用amber力场参数
我的结构是含有苯环的聚合物
看了又看，amber的手册都是建议使用ff14SB或者ff03ua力场
可是我找了又找，也不知道我的C, O和H应该对应在那种原子力场类型
这个怎么办呢，请大神们指导

作者
Author: naoki 时间: 2020-7-7 16:23
这种用pcff不是挺好么

作者
Author: liudy02 时间: 2020-7-7 23:34

naoki 发表于 2020-7-7 16:23
这种用pcff不是挺好么

嗯,MS里边有pcff，用MS配合msi2lmp，一切问题都自动解决了，确实挺好
不过，导师让用amber，咱也不知道说啥
而且，也确实想学会你们到底是依据什么怎么样来指定原子所属的力场类型的……

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-8 03:30
amber力场是给生物分子用的，用于聚合物完全是莫名其妙，要用也是用对有机体系普适的GAFF。适合什么类型照着GAFF原文的原子类型定义一看便知：J Comput Chem 25: 1157–1174, 2004。拿不准的时候用antechamber/acpype可以作为辅助。

作者
Author: liudy02 时间: 2020-7-8 04:20

sobereva 发表于 2020-7-8 03:30
amber力场是给生物分子用的，用于聚合物完全是莫名其妙，要用也是用对有机体系普适的GAFF。适合什么类型照 ...

非常感谢您的回答
实际上我们最后是想考虑聚合物和氧化物混合的介电常数变化
您认为amber力场不合适的话，那应该用什么力场合适呢, opls_aa？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-8 05:30

liudy02 发表于 2020-7-8 04:20
非常感谢您的回答
实际上我们最后是想考虑聚合物和氧化物混合的介电常数变化
您认为amber力场不合适的 ...

前面说了， GAFF
用OPLS-AA也完全可以

作者
Author: liudy02 时间: 2020-7-8 08:46

sobereva 发表于 2020-7-8 05:30
前面说了， GAFF
用OPLS-AA也完全可以

哦，非常感谢
不过，GAFF不属于amber力场一系么？

作者
Author: naoki 时间: 2020-7-8 09:49

liudy02 发表于 2020-7-8 08:46
哦，非常感谢
不过，GAFF不属于amber力场一系么？

是的，但是“Amber力场”是蛋白质专用的，“GAFF”是对有机小分子拟合的，简单聚合物也可用。

作者
Author: liudy02 时间: 2020-7-8 12:11

naoki 发表于 2020-7-8 09:49
是的，但是“Amber力场”是蛋白质专用的，“GAFF”是对有机小分子拟合的，简单聚合物也可用。

额，这个我就有点糊涂了
看起来，所谓amber力场有狭义和广义的区别？
不知道我这么理解对不对？
广义的是amber 的manual力说明的那些amber软件自带的力场都是
狭义的是指从ff94SB到ff14SB那个系列的？

作者
Author: naoki 时间: 2020-7-8 13:03

liudy02 发表于 2020-7-8 12:11
额，这个我就有点糊涂了
看起来，所谓amber力场有狭义和广义的区别？
不知道我这么理解对不对？

一般说AMBER力场应该是AMBER84到AMBER19SB这种后面加年份或者改进版的AMBER力场吧。
GAFF（General AMBER Force Field）你非说它算AMBER力场那可能也算，但是习惯AMBER和GAFF分开说，都是一帮人搞的，但是它是普适型力场。你搞聚合物用GAFF也就算了，AMBER+年份这种针对蛋白质和核酸的力场应该不太合适。聚合物用pcff、opls-aa之类文献也挺多的。

作者
Author: liudy02 时间: 2020-7-8 13:24

naoki 发表于 2020-7-8 13:03
一般说AMBER力场应该是AMBER84到AMBER19SB这种后面加年份或者改进版的AMBER力场吧。
GAFF（General AMBE ...

原来如此，非常感谢您

作者
Author: xiaoj 时间: 2021-9-13 08:05

naoki 发表于 2020-7-8 13:03
一般说AMBER力场应该是AMBER84到AMBER19SB这种后面加年份或者改进版的AMBER力场吧。
GAFF（General AMBE ...

请问lammps也内置有pcff力场吗

作者
Author: naoki 时间: 2021-9-13 08:40
LAMMPS支持pcff的，data文件按pcff参数构建就好

作者
Author: luyao 时间: 2021-9-14 20:36
您好，看了您的回答有个问题想请教您一下，您知道lammps和amber的参数格式怎么互相转化吗？

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