计算化学公社

标题: 求助gmx运行em时出现问题 [打印本页]

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Author: guang2yang12 时间: 2020-7-7 15:41
标题: 求助gmx运行em时出现问题
本帖最后由 guang2yang12 于 2020-7-7 15:47 编辑

初学gmx，借助高斯对有机小分子进行了结构优化，并利用Multiwfn计算了RESP电荷，之后利用ambertools和acpype产生了拓扑文件。参照“水中的溶菌酶”教程，使用指令gmx editconf -f WAT.gro -o WAT_box.gro -c -d 1.0 -bt cubic 建立了立体盒子，并使用指令gmx solvate -cp WAT_box.gro -cs spc216.gro -o WAT_water.gro -p WAT.top 在盒子中加入水溶剂，紧接着想进行能量最小化操作，但输入指令gmx grompp -f minim.mdp -c WAT_water.gro -p WAT.top -o em.tpr 后，出现以下报错：ERROR 1 [file WAT.top, line 380]: No such moleculetype SOL 。打开top文件后，转至molecules，的确出现了SOL。在网上查找原因，推测top文件中缺少对水的描述。
之前重复了“水中的溶菌酶”教程，打开当时生成的top文件后发现对水有这么一段描述，
; Include water topology
#include "oplsaa.ff/spce.itp"

所以考虑是不是应该也加上类似的这两句话，尝试着复制粘贴到我的top文件中，又出现另外的报错。但水的溶菌酶中使用的是opls-aa力场，我的这些分子使用的力场是GAFF2，所以不清楚这两句话如何改写，还是说要生成水的itp文件？麻烦老师具体指导一下怎么解决这个报错。
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作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-8 03:12
把#include "oplsaa.ff/spce.itp"加到合适的位置就完了

用GROMACS自带的OPLS-AA/L跑蛋白质是馊主意，仔细看J. Chem. Theory Comput., 8, 2725 (2012)。死活非要用OPLS系的起码也应该用OPLS/AA-M。

作者
Author: guang2yang12 时间: 2020-7-8 09:40

sobereva 发表于 2020-7-8 03:12
把#include "oplsaa.ff/spce.itp"加到合适的位置就完了

用GROMACS自带的OPLS-AA/L跑蛋白质是馊主意，仔 ...

谢谢社长，还想请教一下，如果要将水溶剂改成其他溶剂，如DMSO, DMF等，应该如何操作呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-9 07:08

guang2yang12 发表于 2020-7-8 09:40
谢谢社长，还想请教一下，如果要将水溶剂改成其他溶剂，如DMSO, DMF等，应该如何操作呢？

packmol建盒子
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）

作者
Author: guang2yang12 时间: 2020-7-9 10:57

sobereva 发表于 2020-7-9 07:08
packmol建盒子
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsc ...

好的，谢谢老师

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