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标题: sapt0能量分解计算出问题 [打印本页]

作者
Author: 呼啦啦boom 时间: 2020-7-7 20:26
标题: sapt0能量分解计算出问题
OMP: Warning #181: OMP_STACKSIZE: ignored because KMP_STACKSIZE has been defined
OMP: Warning #230: OMP_NUM_THREADS: Invalid symbols found. Check the value "N".
PSIO_ERROR: unit = 193, errval = 12
PSIO_ERROR: 12 (error writing to file)
Traceback (most recent call last):
  File "/root/psi4conda/bin/psi4", line 287, in <module>
exec(content)
  File "<string>", line 123, in <module>
  File "/root/psi4conda/lib//python3.6/site-packages/psi4/driver/driver.py", line 556, in energy
wfn = procedures['energy'][lowername](lowername, molecule=molecule, **kwargs)
  File "/root/psi4conda/lib//python3.6/site-packages/psi4/driver/procrouting/proc.py", line 3404, in run_sapt
e_sapt = core.sapt(dimer_wfn, monomerA_wfn, monomerB_wfn)

RuntimeError:
Fatal Error: PSIO Error
Error occurred in file: /scratch/psilocaluser/conda-builds/psi4-multiout_1557940846948/work/psi4/src/psi4/libpsio/error.cc on line: 128
The most recent 5 function calls were:

psi::PSIO::rw(unsigned long, char*, psi::psio_address, unsigned long, int)
Printing out the relevant lines from the Psithon --> Python processed input file:

core.set_global_option("SOSCF", "true")
core.set_global_option("SOSCF_MAX_ITER", 50)
core.set_global_option("SCF_TYPE", "DF")
core.set_global_option("FREEZE_CORE", "True")
core.set_global_option("BASIS", "jun-cc-pVDZ")
--> energy('sapt0')

求教一下,这个错误是什么原因,感谢万分!!!

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-8 02:30
无非是输入文件不合理，或者运行的命令有误

先直接用Multiwfn产生SAPT任务输入文件，严格照着下文把例子跑一遍，弄清楚基本操作和输入文件的规范
使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算
http://sobereva.com/526（http://bbs.keinsci.com/thread-15902-1-1.html）

作者
Author: 呼啦啦boom 时间: 2020-7-8 08:49

sobereva 发表于 2020-7-8 02:30
无非是输入文件不合理，或者运行的命令有误

先直接用Multiwfn产生SAPT任务输入文件，严格照着下文把例子 ...

老师，您好！我的输入文件应该没有问题，因为我算过水分子，正常结束了，但是这个体系的话一共有92个原子，体系稍大一点，下面是我的输入文件
memory 4 GB

molecule dimer {
0 1
C    -6.24989759 -1.96759409 -0.28941347
C    -4.90203812 -2.38004024 -0.30994420
C    -4.54562465 -3.58263073 -0.90329157
C    -5.54104392 -4.38243904 -1.48102171
C    -6.86814574 -3.97613915 -1.46314110
C    -7.23162383 -2.76128146 -0.86646150
H    -3.50516373 -3.90399145 -0.92437020
H    -5.26012236 -5.32685382 -1.94794664
H    -7.64060868 -4.59807583 -1.91639716
C    -4.15354925 4.91605300 -1.14455273
C    -2.82673753 4.50932894 -1.17144013
C    -2.46008241 3.25059730 -0.67608596
C    -3.43868558 2.41617903 -0.15545002
C    -4.78625384 2.82897994 -0.12552860
C    -5.14504669 4.07490788 -0.62144010
H    -2.05749413 5.16463922 -1.58084021
H    -1.41836876 2.93316270 -0.70416414
C    -1.88653060 0.65609526 0.31574575
C    -1.87831062 -0.71682440 0.98196157
C    -2.63947677 -1.80157674 0.22142125
H    -1.54923781 0.60142350 -0.73199549
H    -2.44245451 -2.76551004 0.71433895
C    -7.04763462 2.21658437 0.41825629
C    -7.79438458 -0.23028542 0.32729635
C    -7.79392869 1.08059127 1.08402383
H    -7.20313145 3.15075296 0.97763800
H    -8.12743630 -0.09168871 -0.71370170
H    -7.40548857 0.92366294 2.10291988
O    -6.46719835 -0.76561118 0.31927909
O    -5.64852368 1.91568502 0.40836257
O    -4.03082015 -1.50731910 0.28271619
O    -3.21451002 1.16618111 0.35381515
H    -4.43748942 5.89448585 -1.53312287
H    -6.18492801 4.39815808 -0.60804053
H    -7.38558674 2.36381628 -0.61989869
H    -8.84145067 1.39686583 1.18733919
H    -8.46227559 -0.95154956 0.82046847
H    -8.27327035 -2.44377173 -0.86038161
H    -2.33082921 -1.86270406 -0.83376344
H    -1.21911126 1.32570723 0.88041708
O    -0.56430143 -1.14435812 1.24384541
H    -2.35679087 -0.60955132 1.96903556
C    0.33634698 -1.26028375 0.14194939
C    1.27442186 -0.06602792 0.02440814
C    1.93835931 0.32793689 1.34623791
C    2.58117963 -0.83479490 2.11162241
C    3.68862230 -1.60350125 1.37531465
C    5.10787275 -1.08051215 1.62117896
C    5.34825211 0.39100259 1.26719007
C    5.08636632 0.79579416 -0.18973173
C    6.22899149 0.55807393 -1.18163663
C    7.80435787 -1.39457544 -0.51646843
C    9.18168354 -1.23123323 -1.16804397
C    6.63632340 -0.91081282 -1.39061919
C    9.55896326 0.19808295 -1.57072426
C    9.74823795 1.17817683 -0.40103755
C    11.19844773 1.33922010 0.06058640
C    11.85988680 0.05144946 0.53814091
H    0.91968517 -2.17558068 0.32322949
H    -0.21322334 -1.41107163 -0.80055812
H    2.03364267 -0.33105951 -0.72967713
H    0.73673210 0.80501605 -0.38170967
H    2.67703145 1.11875319 1.14464919
H    1.17491231 0.78294840 1.99774145
H    2.98546049 -0.45253936 3.06456806
H    1.77845892 -1.53506356 2.39240158
H    3.66707562 -2.65506190 1.70143102
H    3.47547778 -1.62906998 0.29323378
H    5.33764210 -1.21106398 2.69253535
H    5.81706764 -1.72559934 1.08156040
H    4.71022799 1.00419238 1.92441232
H    6.38576633 0.65998241 1.53232062
H    4.17990025 0.28549271 -0.55797271
H    4.84953551 1.87206786 -0.21005093
H    5.92198952 0.98823216 -2.14827972
H    7.10481418 1.14300604 -0.85563962
H    5.75043015 -1.54509889 -1.22016774
H    6.91289519 -1.07036331 -2.44647023
H    7.67203303 -2.46297760 -0.28276798
H    7.78308500 -0.87135536 0.45384060
H    9.94481201 -1.63587031 -0.48449652
H    9.20893241 -1.86507435 -2.07070320
H    12.86975035 0.24708083 0.92740664
H    11.27499771 -0.42103272 1.34315189
H    11.78979637 1.76311051 -0.76864769
H    11.23002670 2.08450739 0.87149210
H    9.36921327 2.17122470 -0.69000682
H    9.13002827 0.86012709 0.45670170
H    10.49034941 0.16744288 -2.16203945
H    8.78790767 0.58037554 -2.25903148
H    11.95848755 -0.67954748 -0.27825659
--
1 1
Li -4.84892786 0.19242096 0.78277047
}

set {
soscf true
soscf_max_iter 50
scf_type DF
freeze_core True
basis jun-cc-pVDZ
}

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-9 07:12

呼啦啦boom 发表于 2020-7-8 08:49
老师，您好！我的输入文件应该没有问题，因为我算过水分子，正常结束了，但是这个体系的话一共有92个原子 ...

直接上传文件，不要把内容贴出来

作者
Author: 呼啦啦boom 时间: 2020-7-9 09:39
老师，这是我的输入输出文件，麻烦您指教

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-13 11:55
运行unset OMP_NUM_THREADS把此环境变量撤掉再试。我这里跑你的输入文件没问题。

不要随便把附件设那么高下载权限，本来也没什么隐秘的，更何况输入文件你之前都直接贴出来了。我已经把下载权限给撤了。

作者
Author: 呼啦啦boom 时间: 2020-7-22 09:36

sobereva 发表于 2020-7-13 11:55
运行unset OMP_NUM_THREADS把此环境变量撤掉再试。我这里跑你的输入文件没问题。

不要随便把附件设那么 ...

好的,谢谢老师

作者
Author: 海人1213 时间: 2021-6-16 10:32
请问你的问题解决了吗，我也和你碰到了一模一样的问题

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-16 10:36

海人1213 发表于 2021-6-16 10:32
请问你的问题解决了吗，我也和你碰到了一模一样的问题

看PSI4临时文件目录的可用空间还够不够

作者
Author: dgwfly 时间: 2021-10-9 15:59

sobereva 发表于 2021-6-16 10:36
看PSI4临时文件目录的可用空间还够不够

我在用sapt0 计算H2O和C54H18之间的能量的时候也遇到了PSIO_ERROR: 12 (error writing to file)这个问题，按照老师的方法改了之后确实解决了，算这样的体系大概需要200G的预留可用空间来写临时文件。
自己的电脑空间不够多，想请教一下，软件能有办法较少写临时文件的大小吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-9 17:16

dgwfly 发表于 2021-10-9 15:59
我在用sapt0 计算H2O和C54H18之间的能量的时候也遇到了PSIO_ERROR: 12 (error writing to file)这个问题 ...

没什么办法。加块几T的硬盘也花不了几个钱。经常做这类计算起码也应该有1T硬盘空间

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