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标题: gromacs拓扑文件问题 [打印本页]

作者
Author: 孙宝刚 时间: 2020-7-9 09:38
标题: gromacs拓扑文件问题
在做tutorial的时候有一个问题不懂。对a体系进行加水时会自动修改top文件，但是加入其他溶剂如甲醇等时不会对拓扑文件进行自动修改。那加入除水的其他溶剂时怎么生成体系的拓扑文件呢。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-9 09:41
自己改top文件，把溶剂分子itp include进去就完了

作者
Author: 孙宝刚 时间: 2020-7-9 09:53

sobereva 发表于 2020-7-9 09:41
自己改top文件，把溶剂分子itp include进去就完了

谢谢社长，我去学习一下。

作者
Author: 孙宝刚 时间: 2020-7-9 21:01

sobereva 发表于 2020-7-9 09:41
自己改top文件，把溶剂分子itp include进去就完了

请问社长，将溶剂分子的itp include进去以后还需要对top文件中[atoms] [bonds]修改吗（加入溶剂B的参数）。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-10 05:02

孙宝刚发表于 2020-7-9 21:01
请问社长，将溶剂分子的itp include进去以后还需要对top文件中[atoms] 修改吗（加入溶剂B的参数）。

干嘛还要改？include进去的溶剂分子的itp文件里直接就定义了溶剂分子的这些字段了

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