计算化学公社

标题: g_mmpbsa的几个问题求助 [打印本页]

作者
Author: 邱美佳 时间: 2020-7-9 13:38
标题: g_mmpbsa的几个问题求助
请问用g_mmpbsa算结合自由能问题前为什么要先对轨迹文件移除周期性边界条件？如何移除呢？采用energy2bfac命令获得的pdb来直观观看各个残基的结合能贡献大小的思路可不可以拓展到其他的有机无机非生物体系呢？比如看一个材料上不同基团对金属离子的结合力大小？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-10 05:07
此文就是用着色方式展现原子对结合产生的贡献，完全可以用于无机体系（此功能直接支持UFF力场）
使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
http://sobereva.com/442（http://bbs.keinsci.com/thread-10907-1-1.html）

作者
Author: 邱美佳 时间: 2020-7-10 05:44

sobereva 发表于 2020-7-10 05:07
此文就是用着色方式展现原子对结合产生的贡献，完全可以用于无机体系（此功能直接支持UFF力场）
使用Multi ...

这个帖子太有用了，谢谢老师！

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