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标题: DFT计算电荷用于分子动力学模拟选用哪种电荷合适？ [打印本页]

作者
Author: SpongeBob 时间: 2020-7-9 17:43
标题: DFT计算电荷用于分子动力学模拟选用哪种电荷合适？
现在想通过DFT计算小分子的电荷用于构建力场文件，应该选用哪种电荷合适？ESP可以吗？（分子动力学模拟力场选用OPLS-AA）

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-7-9 17:55
OPLS-AA力场最好搭配1.2 * CM5电荷

你要不是很了解的话建议你别搞这些，直接把小分子上传到http://zarbi.chem.yale.edu/ligpargen/生成参数得了

作者
Author: SpongeBob 时间: 2020-7-9 18:08
因为涉及到分子间的比较，还是希望精度要高一点，LigParGen感觉有点粗糙了，看到部分文献中用的esp电荷所以想要尝试一下。谢谢

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2020-7-9 19:49
利用Multiwfn算出RESP电荷，然后拷贝到top文件里。
RESP对于描述小分子还是比较不错的。

作者
Author: SpongeBob 时间: 2020-7-9 20:24

让你变成回忆发表于 2020-7-9 19:49
利用Multiwfn算出RESP电荷，然后拷贝到top文件里。
RESP对于描述小分子还是比较不错的。

嗯嗯好的谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-10 04:53
根据文献已有的测试，OPLS-AA搭配1.2*CM5是很理想的，用RESP电荷反倒可能结果不如这个（目前没文章专门测试OPLS-AA与RESP电荷的兼容性）。不要以为1.2*CM5就比拟合静电势电荷粗糙，这是极大的误解。
Multiwfn可以非常容易地计算CM5电荷，手动乘上1.2就完了

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ligpargen目前只能自动给出CM1A-LBCC电荷，对于蒸发焓、密度，误差都比用1.2*CM5要大。

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