计算化学公社

标题: ORCA单点能从哪里提取 [打印本页]

作者
Author: 华理小妮 时间: 2020-7-9 19:19
标题: ORCA单点能从哪里提取
老师好：我用orca软件进行大体系弱相互作用计算的时候不知道从哪个输出软件中提取单点能，因为输出软件有很多种类型。.xyz .gbw .out .prop .text .cpcm
另外如果想比较Gaussian软件和Orca软件计算的结果的话，是不是需要用相同的基组和方法才行呢。

我是做材料方面的，对量子化学只了解一点皮毛。还想请老师能帮忙解答一下。万分感谢

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-7-9 19:26
在orca输出文件里面有个.out
记事本打开往下翻
找到这个字段
------------------------- --------------------
FINAL SINGLE POINT ENERGY -XXXX.XXXXX
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作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2020-7-9 19:28
当然需要相同的基组和方法。注意orca和Gaussian中名字相同的泛函定义不一定相同，同样的泛函可能名字不同；orca的基组只支持5D 7F；orca的默认格点和Gaussian不同；等等。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-10 04:33
不同程序之间对比能量有诸多需要考虑的问题
对于初学者，不建议对同一类问题（比如都是某个级别算单点）用不同程序算，免得存在不可比性却还意识不到，导致发的文章数据都有问题。

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作者
Author: 华理小妮 时间: 2020-7-10 13:17

sobereva 发表于 2020-7-10 04:33
不同程序之间对比能量有诸多需要考虑的问题
对于初学者，不建议对同一类问题（比如都是某个级别算单点）用 ...

谢谢sober老师的回复，如果是比较一种趋势呢，就是某一分子与其他不同种分子结合能的强弱，想知道这种趋势也不可以对比吗

作者
Author: 华理小妮 时间: 2020-7-10 13:18

喵星大佬发表于 2020-7-9 19:26
在orca输出文件里面有个.out
记事本打开往下翻
找到这个字段

谢谢您的回复

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-11 12:15

华理小妮发表于 2020-7-10 13:17
谢谢sober老师的回复，如果是比较一种趋势呢，就是某一分子与其他不同种分子结合能的强弱，想知道这种趋 ...

你的问题不确切，什么程序什么条件下对比都没说清楚，也不知道你具体打算怎么计算

作者
Author: 华理小妮 时间: 2020-7-11 14:24

sobereva 发表于 2020-7-11 12:15
你的问题不确切，什么程序什么条件下对比都没说清楚，也不知道你具体打算怎么计算

我想计算一个有机小分子和我选择的其他几个有机小分子在有机溶剂或者水中哪个结合力强，想比较一下gaussian 和 ORCA两个软件计算的结果趋势是否一样，可能能量的绝对值有区别，但是想知道两个软件计算的能量的趋势是否是一致的。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-12 08:52

华理小妮发表于 2020-7-11 14:24
我想计算一个有机小分子和我选择的其他几个有机小分子在有机溶剂或者水中哪个结合力强，想比较一下gaussi ...

一致

如果出现不一致，Gaussian合理的可能性更高，毕竟ORCA的溶剂模型做得不如Gaussian

作者
Author: 华理小妮 时间: 2020-7-12 12:27

sobereva 发表于 2020-7-12 08:52
一致

如果出现不一致，Gaussian合理的可能性更高，毕竟ORCA的溶剂模型做得不如Gaussian

好的谢谢sober老师

作者
Author: TANGYIHAN 时间: 2021-1-4 16:29

sobereva 发表于 2020-7-10 04:33
不同程序之间对比能量有诸多需要考虑的问题
对于初学者，不建议对同一类问题（比如都是某个级别算单点）用 ...

那请问老师，用Gaussian做带溶剂的几何优化，用ORCA算带溶剂的高精度单点，最后绘制能量折线图可以吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-1-4 17:23

TANGYIHAN 发表于 2021-1-4 16:29
那请问老师，用Gaussian做带溶剂的几何优化，用ORCA算带溶剂的高精度单点，最后绘制能量折线图可以吗？

只有当高斯算你这个体系的单点确实比ORCA差，且ORCA算你这个体系的结构优化确实比高斯差的时候，才应该这样做。没有特殊理由的话，软件尽量保持统一。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-5 13:12

TANGYIHAN 发表于 2021-1-4 16:29
那请问老师，用Gaussian做带溶剂的几何优化，用ORCA算带溶剂的高精度单点，最后绘制能量折线图可以吗？

这是司空见惯的

作者
Author: chenjhust 时间: 2023-6-28 22:20
本帖最后由 chenjhust 于 2023-6-28 22:27 编辑

sobereva 发表于 2020-7-11 12:15
你的问题不确切，什么程序什么条件下对比都没说清楚，也不知道你具体打算怎么计算

SOB老师您好，如果想比较一系列结构的自由能
先用Gaussian算B3LYP/6-311G(d,p) opt freq读取吉布斯热校正量；然后在此结构下用ORCA计算高精度单点能(RI-PWPB95-D3(BJ)/def2-TZVPP)，读取ORCA的单点能
最后用SHERMO结合ORCA的单点能和Gaussian的吉布斯热校正量来比较这一系列的结构有意义吗？
（主要是高斯用双杂化泛函算高精度单点能算不动，就想用两个程序结合起来用，但不知道能不能结合）

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-6-28 23:43

chenjhust 发表于 2023-6-28 15:20
SOB老师您好，如果想比较一系列结构的自由能
先用Gaussian算B3LYP/6-311G(d,p) opt freq读取吉布斯热校 ...

问题不大，唯一问题是审稿人如果问你为什么用高斯做B3LYP/6-311G(d,p) opt freq计算比用orca做要好，你能答得出来就行

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-28 23:47

chenjhust 发表于 2023-6-28 22:20
SOB老师您好，如果想比较一系列结构的自由能
先用Gaussian算B3LYP/6-311G(d,p) opt freq读取吉布斯热校 ...

高斯opt freq，ORCA单点，是极其常见且恰当的组合
我的很多文章都这么用，比如下文介绍的两篇
全面探究18碳环独特的分子间相互作用与pi-pi堆积特征
http://sobereva.com/572（http://bbs.keinsci.com/thread-19660-1-1.html）
理论设计由18碳环与锂原子构成的电场可控的光学开关
http://sobereva.com/630（http://bbs.keinsci.com/thread-27232-1-1.html）

作者
Author: chenjhust 时间: 2023-6-29 00:09

sobereva 发表于 2023-6-28 23:47
高斯opt freq，ORCA单点，是极其常见且恰当的组合
我的很多文章都这么用，比如下文介绍的两篇
全面探究 ...

谢谢老师指点

作者
Author: chenjhust 时间: 2023-6-29 00:10

wzkchem5 发表于 2023-6-28 23:43
问题不大，唯一问题是审稿人如果问你为什么用高斯做B3LYP/6-311G(d,p) opt freq计算比用orca做要好，你能 ...

好的，谢谢您

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