计算化学公社

标题: MC模拟蛋白一般用什么程序效果好，容易上手 [打印本页]

作者
Author: greatzdk 时间: 2015-10-2 12:31
标题: MC模拟蛋白一般用什么程序效果好，容易上手
如题。
用Monte Carlo方法模拟蛋白（含小分子配体），什么程序效果好，容易上手？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-2 14:32
这种问题一般都用分子动力学，你确定要用蒙特卡罗？

作者
Author: greatzdk 时间: 2015-10-2 14:48

sobereva 发表于 2015-10-2 14:32
这种问题一般都用分子动力学，你确定要用蒙特卡罗？

确定要用
就想无偏的搜索一下蛋白的构象

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-10-2 22:31

sobereva 发表于 2015-10-2 14:32
这种问题一般都用分子动力学，你确定要用蒙特卡罗？

MD的话是不是一般都用Amber或gms？最近想学习一下。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-2 23:04

greatzdk 发表于 2015-10-2 14:48
确定要用
就想无偏的搜索一下蛋白的构象

小肽构象搜索或者势能面采样一般流行用REMD
蒙特卡罗很少用在生物体系上，因为按照MC来走步，很容易产生严重不合理的接触。
如果是残基稍微多一些的多肽，靠MC原理上也没办法搜索

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-2 23:05

liyuanhe211 发表于 2015-10-2 22:31
MD的话是不是一般都用Amber或gms？最近想学习一下。

生物体系MD模拟四大家是gromacs（免费）、NAMD（免费）、Amber（部分收费）、Charmm（收费，比其它三款使用者少得多）。

作者
Author: greatzdk 时间: 2015-10-3 10:45

sobereva 发表于 2015-10-2 23:04
小肽构象搜索或者势能面采样一般流行用REMD
蒙特卡罗很少用在生物体系上，因为按照MC来走步，很容易产 ...

那是否有特定针对蛋白质体系的MC程序呢？
谢谢社长大神指点。学习了。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-3 15:25

greatzdk 发表于 2015-10-3 10:45
那是否有特定针对蛋白质体系的MC程序呢？
谢谢社长大神指点。学习了。

我还真没印象，很少见。
记得gromacs以前说要加入MC，但目前也没加入。

引一段Berk hess博士论文里的话
An advantage of Monte Carlo over MD is that only the energy
needs to be calculated, not the forces. For small systems Monte Carlo is more efficient
in sampling than MD. But for large systems, such as proteins in explicit solvent, Monte
Carlo is less efficient, since there will be large, collective motions present.

作者
Author: greatzdk 时间: 2015-10-3 17:17
本帖最后由 greatzdk 于 2015-10-3 17:22 编辑

sobereva 发表于 2015-10-3 15:25
我还真没印象，很少见。
记得gromacs以前说要加入MC，但目前也没加入。

谢谢社长大神
那我按照你的指点使用REMD。
MC就放弃了。
但是REMD能摆脱初始模型的束缚吗？我仅仅想让C端的helix（结构没解析完整，估计是柔性导致末端无均匀电子密度）有大动作，甚至末端helix解旋成loop。
请社长指点。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-3 17:39
小肽的话完全可以脱离初始结构的束缚，如果是一个大的蛋白质，那得升到很高温度跑长时间。
如果只是想让C端折腾，不妨把C端那部分的二面角力场参数的势垒改小，这样就比其它地方容易活动了。

作者
Author: greatzdk 时间: 2015-10-3 17:46

sobereva 发表于 2015-10-3 17:39
小肽的话完全可以脱离初始结构的束缚，如果是一个大的蛋白质，那得升到很高温度跑长时间。
如果只是想让C ...

懂了，谢谢大神。

作者
Author: fantasticqhl 时间: 2015-10-6 16:36
如果只是想让C端折腾，也许Hamiltonian REMD要比REMD效果更好些，你可以了解一下！

作者
Author: greatzdk 时间: 2015-10-6 17:34

fantasticqhl 发表于 2015-10-6 16:36
如果只是想让C端折腾，也许Hamiltonian REMD要比REMD效果更好些，你可以了解一下！

请稍微解释一下，具体如何用Hamiltonian REMD 处置C端

作者
Author: fantasticqhl 时间: 2015-10-12 22:38

greatzdk 发表于 2015-10-6 17:34
请稍微解释一下，具体如何用Hamiltonian REMD 处置C端

http://bbs.keinsci.com/forum.php ... ;tid=760&extra=

你看一下这个帖子吧

作者
Author: greatzdk 时间: 2015-10-29 13:22

sobereva 发表于 2015-10-3 17:39
小肽的话完全可以脱离初始结构的束缚，如果是一个大的蛋白质，那得升到很高温度跑长时间。
如果只是想让C ...

大神，是给二面角加限制还是直接改参数呢？不同的二面角类型（proper dihedral，improper，Ryckaert-Bellemans等等），好像参数还不太一样
稍微有些不知所措

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-29 15:09

greatzdk 发表于 2015-10-29 13:22
大神，是给二面角加限制还是直接改参数呢？不同的二面角类型（proper dihedral，improper，Ryckaert-Bell ...

在itp里把那部分的二面角(dihedral)的力常数改小就完了

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