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标题: Gromacs在有机分子-磷脂DPPC的水体系做能量最小化时出现问题 [打印本页]

作者
Author: chengyuseu 时间: 2020-7-9 22:40
标题: Gromacs在有机分子-磷脂DPPC的水体系做能量最小化时出现问题
想请教一下各位老师，我在做gromacs的能量最小化后发现体系的结构出错。体系是有机分子-磷脂DPPC的水体系。
(, 下载次数 Times of downloads: 25)
这个是添加完离子之后的结构

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这个是加完离子能量最小化的结构，上下的水合并到一起了，本来在中间的磷脂DPPC分别到上面和下面了

用的下面的能量最小化mdp文件
integrator       = steep
emtol             = 1000.0
emstep             = 0.01
nsteps             = 50000
nstlist             = 1
ns_type             = grid
rlist             = 1.2
coulombtype       = PME
rcoulomb       = 1.2
rvdw             = 1.2
pbc             = xyz

最小化前后的gro文件论坛说格式限制就没有上传。麻烦老师们给看下，是哪里出现错误了，谢谢大家了~

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-10 04:28
8成是一开始的结构文件有问题。注意gro文件里坐标是从(0,0,0)开始定义的，初始gro文件里的原子坐标原则上不应当有负值
mdp没显著问题

gro是典型的文本文件格式，如论坛首页公告栏明确所示，超过500KB的gro应当压缩后再上传，免得严重浪费论坛空间、导致别人下载慢。正因为很多人没有这基本常识、也不去注意这点，所以论坛禁止直接上传超过500KB的gro。

作者
Author: chengyuseu 时间: 2020-7-10 09:35

sobereva 发表于 2020-7-10 04:28
8成是一开始的结构文件有问题。注意gro文件里坐标是从(0,0,0)开始定义的，初始gro文件里的原子坐标原则上不 ...

谢谢sob老师

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