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标题: 关于gromacs分子动力学跑完的tpr和xtc输入VOTCA计算的问题 [打印本页]

作者
Author: zzzw123 时间: 2020-7-10 22:35
标题: 关于gromacs分子动力学跑完的tpr和xtc输入VOTCA计算的问题
各位老师大家好！
最近我在进行小分子空穴传输材料迁移率的计算研究，目前许多文献有报道使用VOTCA这个软件进行计算的实例。所以我也想使用这个软件。manual中要求进行计算需要的输入文件为gromacs的tpr文件，跑完动力学的轨迹文件xtc以及一个xml文件。我在计算的过程中遇到以下几个问题，恳请各位老师赐教：
1、关于输入gromacs的tpr文件：这个tpr文件是用最后一次模拟的tpr来输入吗？这样的话相当于少了一次mdrun？如果我要以最终跑完结果的gro文件和top文件来运行grompp命令生成tpr的话，mdp文件该怎么写呢？
2、关于轨迹文件xtc：这里我用的是最后一次模拟的trr文件进行的转换，不知道是否正确？
3、关于xml文件：软件介绍使用的是用pdb2map这个命令，以pdb文件作为输入进行输出，但是我无论如何都找不到这个命令（command not found，进行过VOTCARC.sh的环境变量设置），我观察到生成OPLS-AA力场的top文件的网站LigParGen中似乎可以生成xml文件，不知是否可行？
非常希望能有使用过VOTCA这个软件进行计算的老师来指导指导我，这对我真的非常重要，万分感谢！祝各位老师科研顺利。

作者
Author: zhy336613 时间: 2023-8-1 19:38
楼主您好，请问您现在跑通了吗

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