计算化学公社

标题: 用gaff力场的话，原子的电荷分配怎么解决？ [打印本页]

作者
Author: liudy02 时间: 2020-7-10 23:45
标题: 用gaff力场的话，原子的电荷分配怎么解决？
看了GAFF的原文献，似乎说还要先用DFT计算才能确定
这么复杂？具体怎么操作呢？
还望大神指点指点

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-7-10 23:58
大多数情况下用AM1-BCC电荷就行，当然你比较讲究的话可以用RESP电荷
具体怎么弄可以看amber教程

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-11 11:29
一般都是算RESP电荷。新提出来的RESP2也可以用。看
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）

如果不是体系巨大导致RESP电荷算不动，不太建议用粗糙的AM1-BCC。

作者
Author: liudy02 时间: 2020-7-11 13:15

sobereva 发表于 2020-7-11 11:29
一般都是算RESP电荷。新提出来的RESP2也可以用。看
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
htt ...

非常感谢站长，好好拜读了您的文章
可惜组里没有买gaussion，老板也不让安装没授权的软件
非常想用您的方法，但是可惜做不到……

作者
Author: liudy02 时间: 2020-7-11 13:17

fhh2626 发表于 2020-7-10 23:58
大多数情况下用AM1-BCC电荷就行，当然你比较讲究的话可以用RESP电荷
具体怎么弄可以看amber教程

似乎是在Amber里建模，然后就可以用amber自带的工具完成电荷分配？
AM1-BCC是按原子力场类型固定分配？这个我都不知道是怎么弄的

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-7-11 16:48

liudy02 发表于 2020-7-11 13:15
非常感谢站长，好好拜读了您的文章
可惜组里没有买gaussion，老板也不让安装没授权的软件
非常想用您的 ...

用orca一样可以算的

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-7-11 16:50

liudy02 发表于 2020-7-11 13:17
似乎是在Amber里建模，然后就可以用amber自带的工具完成电荷分配？
AM1-BCC是按原子力场类型固定分配？ ...

是用半经验方法，然后再进一步校正
amber官网有详细的教程

作者
Author: liudy02 时间: 2020-7-12 01:13

fhh2626 发表于 2020-7-11 16:48
用orca一样可以算的

唔，原来还可以这样，原来还有这样的神器
非常感谢

作者
Author: liudy02 时间: 2020-7-12 01:14

fhh2626 发表于 2020-7-11 16:50
是用半经验方法，然后再进一步校正
amber官网有详细的教程

非常感谢，看来还是要研究怎么样在amber里面建模操作

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-12 08:54

liudy02 发表于 2020-7-11 13:15
非常感谢站长，好好拜读了您的文章
可惜组里没有买gaussion，老板也不让安装没授权的软件
非常想用您的 ...

谁说必须买了Gaussian才能用Multiwfn算RESP电荷？你明明可以用免费还比Gaussian更快的ORCA产生的molden文件当输入文件用Multiwfn算RESP电荷。

此文已经写得极为清楚了
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

量子化学程序产生的诸如.wfn、.wfx、.fch、.gms、.molden等格式的文件都可以作为输入文件。由于Multiwfn支持格式丰富，Gaussian、ORCA、GAMESS-US、NWChem、Molpro等几乎所有主流量化程序都可以结合Multiwfn计算RESP电荷。至于Dmol3和ADF之流，由于用的基函数形式严重非主流，因此永远不可能被Multiwfn支持。

ORCA入门知识看
量子化学程序ORCA的安装方法
http://sobereva.com/451（http://bbs.keinsci.com/thread-11697-1-1.html）
详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能
http://sobereva.com/490（http://bbs.keinsci.com/thread-13560-1-1.html）
基于ORCA量子化学程序对分子做优化、振动分析、观看红外光谱、观看轨道的简单演示
https://www.bilibili.com/video/av59599938

作者
Author: liudy02 时间: 2020-7-12 12:45

sobereva 发表于 2020-7-12 08:54
谁说必须买了Gaussian才能用Multiwfn算RESP电荷？你明明可以用免费还比Gaussian更快的ORCA产生的molden文 ...

非常感谢社长的指点

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)