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标题: gromacs在做能量最小化的时候，跑着跑着就停了 [打印本页]

作者
Author: endure 时间: 2020-7-11 14:50
标题: gromacs在做能量最小化的时候，跑着跑着就停了
本人初学GMX,想请教一下各位老师，gromacs在做能量最小化的时候，跑着跑着就停了，偶尔能跑出来；体系是有机小分子-AlCl3-CuCl，力场是OPLS/AA-M。分子经过高斯优化过，部分itp文件为自建；用packmol建的盒子，把分子数量缩小十倍可以轻松跑出来

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-12 08:02
你这种贴图方式不仅严重浪费论坛空间，别人还特别不方便观看
之所以论坛不允许直接上传那么大的jpg文件是因为此时图片明显像素过大，根本毫无必要
以后上传图片之前先把图片像素调合适了。你这张照片用几百KB的1200*750左右大小的图片就完全足够让别人看清楚了，你却直接把高达4.82MB的4000*3000的原图发了出来。

我已经把你的图片文件删了，如果要重新发，先把像素调整合适了，重新编辑原帖上传图片

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-12 08:08
说明极小化并未充分完成。如果之后动力学可以正常跑，可以无视此提示。如果动力学不能正常跑，或者由于之后要做振动分析目的而需要准确的极小化结果，则可尝试使用不同优化算法、优化参数，或者双精度版本。此问题亦有可能是拓扑文件不合理所致。

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