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标题: 求助金属氧化物团簇模型构建问题 [打印本页]

作者
Author: successjiang 时间: 2020-7-11 22:43
标题: 求助金属氧化物团簇模型构建问题
1. 请问大家知道如何建模过渡金属氧化物单晶团簇？该用什么软件建模呢？有没有讲技术细节的示例型的文章可供参考呢？
2. 我看社长大人之前的帖子有提到簇模型需要合理考虑尺寸和边界效应消除。关于尺寸效应，如果之前文献已经做过测试，直接引用文献的结论就可以吧？关于边界效应消除，社长说一般采用加氢/赝氢钝化或者用大量背景电荷处理，具体通过什么软件，怎么实现呢，有没有类似的教学案例可供参考呢？
3. 如下图所示，我想做一个类似于文献 Surf. Sci. 489 (2001) 107-125 报道的MoO3 (010)表面 Mo15O56H22 单晶团簇模型。原文中对于建模细节没有太多论述，所以我比较迷惑这样的模型是怎么搭建出来的，初入量化请老师多多指点，感激不尽。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-12 08:45
找晶体的cif文件，用VESTA、gview等程序延展成复晶胞，然后去掉周期性，自行删减、添加原子即可。
对于用簇模型研究某个晶面，用M$之类程序切晶面。

作者
Author: tjuptz 时间: 2020-7-12 09:35
http://bbs.keinsci.com/thread-13812-1-1.html
可以看看这是论坛里的一些讨论总结

作者
Author: successjiang 时间: 2020-7-12 10:06

sobereva 发表于 2020-7-12 08:45
找晶体的cif文件，用VESTA、gview等程序延展成复晶胞，然后去掉周期性，自行删减、添加原子即可。
对于用 ...

感谢社长大人回复！

作者
Author: successjiang 时间: 2020-7-12 10:08

tjuptz 发表于 2020-7-12 09:35
http://bbs.keinsci.com/thread-13812-1-1.html
可以看看这是论坛里的一些讨论总结

感谢您的回复！

作者
Author: successjiang 时间: 2020-7-12 15:40

sobereva 发表于 2020-7-12 08:45
找晶体的cif文件，用VESTA、gview等程序延展成复晶胞，然后去掉周期性，自行删减、添加原子即可。
对于用 ...

社长大人，我看过您讲用B3LYP优化结构的文章，您提到对于团簇体系如果是d族过渡金属团簇绝对不要用B3LYP，那如果是像我这个体系研究过渡金属氧化物的晶体呢，不涉及过渡金属直接成键，而是通过桥位氧原子相互连接的体系可以用B3LYP+D3(BJ)优化么？我是计划用B3LYP+D3(BJ)优化结构，然后用DLPNO-CCSD(T)算一个高精度单点能做波函数分析。请问这样做可以么？如果不可以您有什么建议么？谢谢您。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-13 10:27

successjiang 发表于 2020-7-12 15:40
社长大人，我看过您讲用B3LYP优化结构的文章，您提到对于团簇体系如果是d族过渡金属团簇绝对不要用B3LYP ...

不光是d族金属-金属成键，计算过渡金属与主族元素化学键长用B3LYP也不是很理想选择，只不过是结果还能接受，你要用也可以。

“用DLPNO-CCSD(T)算一个高精度单点能做波函数分析”这是矛盾的。DLPNO-CCSD(T)只能给你能量，没法给你此级别下的波函数。波函数分析用优化过程得到的B3LYP的就够了。

作者
Author: successjiang 时间: 2020-7-13 12:18

sobereva 发表于 2020-7-13 10:27
不光是d族金属-金属成键，计算过渡金属与主族元素化学键长用B3LYP也不是很理想选择，只不过是结果还能接 ...

那老师B3LYP对于这样的体系不是很理想的话，您建议改用什么泛函呢？波函数分析我如果想做更高级别的波函数分析比如DLPNO-CCSD(T)，是只能用这个级别方法做结构优化么？可是貌似几何优化这个方法ORCA并不支持解析梯度，计算量会极大吧，我不是很懂，请您赐教。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-7-13 13:17

successjiang 发表于 2020-7-13 12:18
那老师B3LYP对于这样的体系不是很理想的话，您建议改用什么泛函呢？波函数分析我如果想做更高级别的波函 ...

DFT选合适的泛函做结构优化、波函数分析，DLPNO-CCSD(T)算个电子能量

作者
Author: successjiang 时间: 2020-7-13 13:52

zjxitcc 发表于 2020-7-13 13:17
DFT选合适的泛函做结构优化、波函数分析，DLPNO-CCSD(T)算个电子能量

您好，感谢您的回复。也就是说波函数分析的等级和结构优化时是一致的吧，最后DLPNO-CCSD(T)算高精度单点能并不能提供这个等级下的波函数分析吧，那我们算这个单点能有什么意义呢？如果它和波函数分析的等级不一致的话。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-7-13 14:50
本帖最后由 zjxitcc 于 2020-7-13 14:51 编辑

successjiang 发表于 2020-7-13 13:52
您好，感谢您的回复。也就是说波函数分析的等级和结构优化时是一致的吧，最后DLPNO-CCSD(T)算高精度单点 ...

意义就是提供高精度的电子能量啊。波函数分析的计算水平没必要与高精度单点的计算水平一样，这是显然的，正如同你能理解结构优化的计算水平没必要与高精度单点的计算水平一样。当然，更广义地说，波函数分析的计算水平也没必要与结构优化的计算水平严格一致。

理论上是能在DLPNO-CCSD(T)下做波函数分析的（在不确定的未来），如果你向ORCA老大Frank Neese去提建议、并且他重视、找人去开发的话。目前是没有DLPNO-CCSD(T)波函数的。

作者
Author: successjiang 时间: 2020-7-13 19:43

zjxitcc 发表于 2020-7-13 14:50
意义就是提供高精度的电子能量啊。波函数分析的计算水平没必要与高精度单点的计算水平一样，这是显然 ...

谢谢您的答疑解惑，那这样的体系用B3LYP-D3的波函数分析就足够了吧。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-7-13 19:48

successjiang 发表于 2020-7-13 19:43
谢谢您的答疑解惑，那这样的体系用B3LYP-D3的波函数分析就足够了吧。

社长在7楼回复过你了。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-14 07:42
想用CCSD(T)级别做波函数分析只有此文的做法
在Multiwfn中分析比CCSD更高级别波函数的方法
http://sobereva.com/395（http://bbs.keinsci.com/thread-7396-1-1.html）

然而DLPNO-CCSD(T)级别的波函数分析是无法实现的，ORCA就连CCSD(T)波函数也得不到

作者
Author: successjiang 时间: 2020-7-14 10:08

sobereva 发表于 2020-7-14 07:42
想用CCSD(T)级别做波函数分析只有此文的做法
在Multiwfn中分析比CCSD更高级别波函数的方法
http://sobere ...

谢谢社长大人的回复，一定认真学习学习。

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