计算化学公社

标题: 求助水盒子大小的选择和水分子数目选取 [打印本页]

作者
Author: 风飞 时间: 2020-7-11 23:49
标题: 求助水盒子大小的选择和水分子数目选取
本帖最后由风飞于 2020-7-11 23:50 编辑

老师，您好，

      我想研究甲苯和水分子之间其相互作用随温度的变化，请问构建多大的盒子合适呢？还有就是水分子数目选择多少合适呢？

   目前电脑还没有配GPU，所以只能使用纯CPU运行gromacs，电脑有物理核心有52核，

   请问老师您的建议是？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-12 08:20
多大盒子、多少水和具体研究目的有关，你得想好甲苯和水分子数目比例或者体积比如何，才能由此断定。诸如研究两相界面处的相互作用情况，以及单个甲苯在纯水环境中的情况，该设的分子数显然截然不同。

作者
Author: 风飞 时间: 2020-7-12 08:56
本帖最后由风飞于 2020-7-12 08:58 编辑

sobereva 发表于 2020-7-12 08:20
多大盒子、多少水和具体研究目的有关，你得想好甲苯和水分子数目比例或者体积比如何，才能由此断定。诸如研 ...

嗯，我前期研究了甲苯和水的团簇，所以现在想模拟一下，单个甲苯分子在纯水中的情况

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Author: sobereva 时间: 2020-7-12 09:05

风飞发表于 2020-7-12 08:56
嗯，我前期研究了甲苯和水的团簇，所以现在想模拟一下，单个甲苯分子在纯水中的情况

一个甲苯加上500个水妥妥的，算起来非常快

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Author: 风飞 时间: 2020-7-12 16:51

sobereva 发表于 2020-7-12 09:05
一个甲苯加上500个水妥妥的，算起来非常快

老师，您好，抱歉，我初学Gromac, 有很多不懂的疑问，
首先我想研究究甲苯和水分子之间其相互作用随温度的变化，因此选择一个甲苯和500个水分子，
1. 请问我是使用packmol构建一个500个水分子和1个甲苯的盒子，还是先优化500盒子在加入甲苯呢？
2. 看了您的帖子关于构建Gromac top 文件的帖子，请问想我这样的情况，我是选择哪个工具合适些呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-13 09:10

风飞发表于 2020-7-12 16:51
老师，您好，抱歉，我初学Gromac, 有很多不懂的疑问，
首先我想研究究甲苯和水分子之间其相互作用随温 ...

分子数没必要那么精准
当前问题，建议是
1 先用acpype之类创建小分子拓扑文件工具得到甲苯的itp文件，同时得到对应的结构文件
2 用gmx editconf处理甲苯结构文件，并且用-d 1.0让甲苯四周拓宽1 nm创建盒子，得到gro文件
3 用gmx solvate对上一步得到的gro文件加水

这种做法比packmol建立的结构更为致密，是更理想的初始结构

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