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标题: 求助：原子类型是否可查各名字代表什么含义 [打印本页]

作者
Author: DoubeeTwT 时间: 2020-7-12 12:08
标题: 求助：原子类型是否可查各名字代表什么含义
本帖最后由 DoubeeTwT 于 2020-7-12 12:34 编辑

实际问题：
体系中有一个较大的柔性底物再求TS时长链一直在摆动干扰收敛，想把部分底物放入低层，但是原子类型一直不对无法进行
可能是应为这个不是标准氨基酸，键角的库里没有这样的结构：

      HC          HC
      |             |
R1 --- CT --- C --- CT --- R2
      |    ||    |
      HC    O    HC

Angle bend  undefined between atoms 129 131 133 CT-C-CT [L,L,L]
只报这一个错误，但是我无论改 O/CT/C 都会导致错误增加

需要的理论知识：
当使用Gaussian做OINIM时，底层选用AMBER高斯常常会给出错误得原子类型导致提交任务时常常报错。

N-N--0.415700(PDBName=N,ResName=THR,ResNum=71)    -1 34.54000000 34.69800000 37.24100000 L
C-CT--0.038900(PDBName=CA,ResName=THR,ResNum=71) -1 34.86000000 35.46000000 36.03200000 L
C-C-0.597300(PDBName=C,ResName=THR,ResNum=71)       -1 33.73000000 36.34600000 35.67600000 L
O-O--0.567900(PDBName=O,ResName=THR,ResNum=71)    -1 32.65700000 35.85800000 35.43500000 L
C-CT-0.365400(PDBName=CB,ResName=THR,ResNum=71)    0 35.41500000 34.57200000 34.82200000 L
C-CT--0.243800(PDBName=CG2,ResName=THR,ResNum=71) 0 36.96000000 34.53100000 34.72200000 L
O-OH--0.676100(PDBName=OG1,ResName=THR,ResNum=71)  0 34.76000000 33.29700000 34.94600000 L
H-H-0.271900(PDBName=H,ResName=THR,ResNum=71)       -1 34.21200000 33.75700000 37.08500000 L
H-H1-0.100700(PDBName=HA,ResName=THR,ResNum=71) -1 35.66300000 36.15100000 36.29700000 L
H-H1-0.004300(PDBName=HB,ResName=THR,ResNum=71)    0 35.01100000 35.04900000 33.92700000 L
H-HO-0.410200(PDBName=HG1,ResName=THR,ResNum=71) 0 34.89800000 32.68700000 34.19900000 L
H-HC-0.064200(PDBName=HG21,ResName=THR,ResNum=71) 0 37.37200000 35.46300000 34.32900000 L
H-HC-0.064200(PDBName=HG22,ResName=THR,ResNum=71) 0 37.38600000 34.36200000 35.71300000 L
H-HC-0.064200(PDBName=HG23,ResName=THR,ResNum=71) 0 37.23800000 33.78500000 33.97500000 L

比如C就有C,CT,CA | H就有H,HW,HO,HC,H1,H4
我想知道这些名字是根据什么规则命名的应该去哪里查呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-12 12:28
看力场原文，比如AMBER94的原文J. Am. Chem. SOC., 117, 5179 (1995)

作者
Author: DoubeeTwT 时间: 2020-7-12 12:42

sobereva 发表于 2020-7-12 12:28
看力场原文，比如AMBER94的原文J. Am. Chem. SOC., 117, 5179 (1995)

我查看了原子文中的表一，重新写了问题
原子类型已经按照amber的要求写了，为什么还有一个报错？
谢谢老师的解答

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-13 10:29

DoubeeTwT 发表于 2020-7-12 12:42
我查看了原子文中的表一，重新写了问题
原子类型已经按照amber的要求写了，为什么还有一个报错？
谢谢 ...

Amber力场里本身没定义那种键角类型，或者虽然有但是Gaussian里没有内置。让Gaussian读取自己补充的即可

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