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标题: PYXAID 自带python脚本运行出错求助 [打印本页]

作者
Author: zhou9527 时间: 2020-7-12 21:34
标题: PYXAID 自带python脚本运行出错求助
各位老师，同学，大家好。最近在学习晶体非绝热分子动力学模拟，学的是PYXAID程序，主要还是看官网的教程。然后了解很小。遇到了一些编译问题，希望大家不吝赐教：
这个程序我已经安装好了，但是在运行系统自带的脚本的时候确出错了，python脚本以及相应的报错如下，是在是不清楚哪里有问题，希望知道的大佬们告知小弟。

(, 下载次数 Times of downloads: 39)

作者
Author: thanhtam 时间: 2020-7-12 21:44
估计安装不正确，需要设置PYTHONPATH

作者
Author: zhou9527 时间: 2020-7-12 21:48

thanhtam 发表于 2020-7-12 21:44
估计安装不正确，需要设置PYTHONPATH

哦哦，我好像是export PATH=$PATH:~~~

作者
Author: zhou9527 时间: 2020-7-12 22:00

thanhtam 发表于 2020-7-12 21:44
估计安装不正确，需要设置PYTHONPATH

老师，您好，我把相应的目录已经在环境变量中添加了，但是还是提示找不到PYXAID 模块，不知道是不是我的环境变化设置的哪儿有问题呢 (, 下载次数 Times of downloads: 38)

作者
Author: thanhtam 时间: 2020-7-12 22:32
程序手册有说明怎么设置环境变量吗？

作者
Author: zhou9527 时间: 2020-7-13 07:54

thanhtam 发表于 2020-7-12 22:32
程序手册有说明怎么设置环境变量吗？

是的，提示是Add PYXAIS root directory to PYTHONPATH

作者
Author: pwzhou 时间: 2020-7-13 08:42

zhou9527 发表于 2020-7-12 22:00
老师，您好，我把相应的目录已经在环境变量中添加了，但是还是提示找不到PYXAID 模块，不知道是不是我的 ...

你把PYTHONPATH设置成PATHONPATH了

作者
Author: zhou9527 时间: 2020-7-13 09:23

pwzhou 发表于 2020-7-13 08:42
你把PYTHONPATH设置成PATHONPATH了

不好意思，您说的我没懂

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-7-13 09:29

zhou9527 发表于 2020-7-13 09:23
不好意思，您说的我没懂

你环境变量里打了错别字，应该是PYTHONPATH

作者
Author: pwzhou 时间: 2020-7-13 09:29

zhou9527 发表于 2020-7-13 09:23
不好意思，您说的我没懂

按照教程，你需要设置PYTHONPATH这个环境变量，但是你设置的时候写错了一个字母，写成了PATHONPATH，你只需要将第二个字母改成Y重新设置一下即可。

作者
Author: zhou9527 时间: 2020-7-13 09:31

pwzhou 发表于 2020-7-13 09:29
按照教程，你需要设置PYTHONPATH这个环境变量，但是你设置的时候写错了一个字母，写成了PATHONPATH，你只 ...

哦哦，我还真没注意到，谢谢谢谢

作者
Author: zhou9527 时间: 2020-7-13 09:57

zjxitcc 发表于 2020-7-13 09:29
你环境变量里打了错别字，应该是PYTHONPATH

谢谢

作者
Author: zhou9527 时间: 2020-7-15 17:56
改了环境变量，能正常运行了

作者
Author: YUNQI 时间: 2022-3-2 09:26
请问更改Makefile的时候，是需要把Python和c++的路径粘贴在P1,P11，以及P2，P12后面吗？
非常感谢，计算机新手，安装不上了。p1,p11 分别粘贴什么内容呢

作者
Author: YUNQI 时间: 2022-3-2 09:32
UB 和 CRR 分别代表什么呢

作者
Author: zhou9527 时间: 2022-3-2 14:30

YUNQI 发表于 2022-3-2 09:32
UB 和 CRR 分别代表什么呢

你装好了boost没有，只需要给出boost和python的lib和include文件就可以正常编译

作者
Author: zhou9527 时间: 2022-3-6 11:26

YUNQI 发表于 2022-3-2 09:32
UB 和 CRR 分别代表什么呢

Makefile文件只需要你给定相应的Python（2.7）和boost的include和lib目录就可以了。

作者
Author: fakepanda 时间: 2023-2-20 11:50
同学你好，我最近也在学习使用PYXAID这个程序包。在计算NAMD之前，你是用QE进行AIMD计算的吗？

作者
Author: zhou9527 时间: 2023-2-22 15:24

fakepanda 发表于 2023-2-20 11:50
同学你好，我最近也在学习使用PYXAID这个程序包。在计算NAMD之前，你是用QE进行AIMD计算的吗？

没错，不过好久没用了，最近都是用hefei-namd

作者
Author: fakepanda 时间: 2023-2-23 16:41
本帖最后由 fakepanda 于 2023-2-24 15:23 编辑

zhou9527 发表于 2023-2-22 15:24
没错，不过好久没用了，最近都是用hefei-namd

感谢你的回复。我目前也需要模拟计算周期性结构的激发态，但由于我并不熟悉QE，并且出现了极多的报错无法解决。所以现在正在编写pyxaid对接vasp的脚本，因此有些问题想向您请教。
（1）、参考hefei-NAMD和pyxaid的讲座和教程，目前我对整个计算流程有了初步了解。结构优化时，需要构建较大的超胞，原子个数在70最右是否可行？期待您的解惑，感激不尽。

作者
Author: zhou9527 时间: 2023-4-18 13:41

fakepanda 发表于 2023-2-23 16:41
感谢你的回复。我目前也需要模拟计算周期性结构的激发态，但由于我并不熟悉QE，并且出现了极多的报错无法 ...

不好意思，忘了密码，一直登不上来。只要你的VBM和CBM在Gamma点就可以，原子数目看个人的计算能力，没有说必须要超过多少原子

作者
Author: yandy 时间: 2023-5-25 18:24
您好，最近一直在运行安装这个软件，遇到了和您一样的问题，想问问您最终怎么解决的。应该如何测试自己安装成功了呢？

作者
Author: fakepanda 时间: 2023-6-27 09:47

zhou9527 发表于 2023-4-18 13:41
不好意思，忘了密码，一直登不上来。只要你的VBM和CBM在Gamma点就可以，原子数目看个人的计算能力，没有 ...

感谢您的回复。VBM和CBM折叠到Gamma点就可以吗？对于异质结来说，为了研究形成异质结构后，两个材料CBM和VBM之间的载流子运动，那么除了整个体系的VBM和CBM，两个材料的CBM与VBM是不是都要折叠到Gamma点呢？

作者
Author: zhou9527 时间: 2023-7-6 10:45

fakepanda 发表于 2023-6-27 09:47
感谢您的回复。VBM和CBM折叠到Gamma点就可以吗？对于异质结来说，为了研究形成异质结构后，两个材料CBM和 ...

我只熟悉单K点的namd, 所以都得折到Gamma点吧

作者
Author: 三天写出SCI 时间: 2023-9-25 09:32

YUNQI 发表于 2022-3-2 09:26
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楼主请问这个解决了吗？

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