计算化学公社

标题: 求助：关于模拟石墨烯吸附金属离子的的guassian计算SCF一直循环 [打印本页]

作者
Author: qooqooli 时间: 2020-7-13 14:00
标题: 求助：关于模拟石墨烯吸附金属离子的的guassian计算SCF一直循环
问题如下：
我要做的模拟石墨烯吸附Fe3+，看文献有用奈-NH2去做模拟石墨烯吸附金属离子的，然后计算（1）金属离子与奈π平面距离以及（2）吸附能来模拟吸附强弱。

我选取的是奈-OH和Fe3+之间作用：
（1）我把Fe3+放在奈分子平面上面，选取奈分子平面中的C和Fe3+连接虚键来构成计算金属离子和奈π平面距离，但是这种情况导致SCF不收敛报错。
（2）于是我把奈分子中的一个C换成N,在奈分子平面中的N和Fe3+连接虚键来构成计算金属离子和奈π平面距离，但是这种情况导致SCF计算一直不断循环，每次计算20几步就又重新开始计算。再这个地方卡了好几天了，跪求大大神们指点一下，谢谢！
(, 下载次数 Times of downloads: 26) (, 下载次数 Times of downloads: 11) (, 下载次数 Times of downloads: 11)
输入文本如下：chk=C:\Users\LQ\Desktop\6Nfe.chk
#p opt rb3lyp/genecp em=gd3bj

Title Card Required

3 1
C                -3.51854200 0.00000000 -0.00034800
C                -2.79616700 -1.20081600 -0.00029000
C                -1.40767400 -1.23747400 -0.00014900
C                -1.40767400 1.23747400 -0.00009500
C                -2.79616700 1.20081600 -0.00024800
C                -0.67737200 -2.45606700 -0.00010300
C                0.71518000 0.00000000 0.00006800
C                1.40882500 -1.23344600 0.00010300
C                0.67957800 -2.47980200 0.00001500
C                2.81423600 -1.20161600 0.00022900
C                3.52032500 0.00000000 0.00031900
C                2.81423600 1.20161600 0.00029000
C                1.40882500 1.23344600 0.00016600
C                0.67957800 2.47980200 0.00014600
C                -0.67737200 2.45606700 0.00002000
H                -1.25786800 3.37020200 0.00000000
H                1.23227100 3.40978000 0.00023500
H                -1.25786800 -3.37020200 -0.00017200
H                -4.60533100 0.00000000 -0.00050200
H                1.23227100 -3.40978000 0.00004800
H                4.60910400 0.00000000 0.00040700
O                3.45449300 2.41099600 0.00037500
H                4.41121200 2.25805700 0.00049400
O                -3.43687900 -2.41221200 -0.00038000
H                -4.39173600 -2.25175900 -0.00044500
O                3.45449200 -2.41099600 0.00025400
H                4.41121200 -2.25805800 0.00035900
O                -3.43687900 2.41221200 -0.00031100
H                -4.39173600 2.25175900 -0.00022500
N                -0.67644871 0.00417670 -0.14718713
Fe             -0.82300991 -0.03995032 1.40719514

Fe 0
lanl2dz
****
C H O N 0
6-31G*
****

Fe 0
lanl2dz

作者
Author: thanhtam 时间: 2020-7-13 14:36
本帖最后由 thanhtam 于 2020-7-13 14:39 编辑

首先要把字写对，是Gaussian不是guassian，是萘不是奈。（而且你这也不是萘，是芘）

第一个问题，看http://sobereva.com/61

第二个问题，几何优化本来就是要一遍遍地做SCF直到几何优化收敛的，你这个“不断循环”是正常的。

作者
Author: qooqooli 时间: 2020-7-13 14:48

thanhtam 发表于 2020-7-13 14:36
首先要把字写对，是Gaussian不是guassian，是萘不是奈。（而且你这也不是萘，是芘）

第一个问题，看http ...

谢谢您的回帖，谢谢提醒，不好意思，打错了字，但是我这个分子结构其实很简单，优化分子大概半小时就能算完，但是体系加上Fe3+后，算了一天了，SCF还是一直在循环，请问下这合理吗？你说的那个帖子我看过，我这个体系是一直在循环，不是SCF不收敛，感觉不是很匹配，以前用不含N的体系SCF不收敛，试过几个方法，还是没能解决，小白一个，问题太多。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-7-13 14:52
本帖最后由 zjxitcc 于 2020-7-13 14:54 编辑

qooqooli 发表于 2020-7-13 14:48
谢谢您的回帖，谢谢提醒，不好意思，打错了字，但是我这个分子结构其实很简单，优化分子大概半小时就能算 ...

要构建合适的波函数初猜，读sob老师博文《谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态》http://sobereva.com/82

另，你这自旋多重度确定是对的而不是xia写的。。。？单重态？

作者
Author: qooqooli 时间: 2020-7-13 15:29

zjxitcc 发表于 2020-7-13 14:52
要构建合适的波函数初猜，读sob老师博文《谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态》http://sobereva.com/82
...

谢谢您的指点，

看了下您发给我的帖子，我这个体系应该用fragment计算，参数如下：
（1）fragment1:Fe3+，总电荷3+，自旋多重度6 （2） fragment2: 石墨烯，总电荷0，自旋多重度1 ，您看这样对吗？

作者
Author: qooqooli 时间: 2020-7-13 15:44

zjxitcc 发表于 2020-7-13 14:52
要构建合适的波函数初猜，读sob老师博文《谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态》http://sobereva.com/82
...

这是我新写的输入文件，您看下对吗？
%chk=C:\Users\LQ\Desktop\6N-fe.chk
#p opt rb3lyp/genecp guess(fragment=2) em=gd3bj

Title Card Required

3 7 0 1 3 6
C(Fragment=1)    -3.51854200 0.00000000 -0.00034800
C(Fragment=1)    -2.79616700 -1.20081600 -0.00029000
C(Fragment=1)    -1.40767400 -1.23747400 -0.00014900
C(Fragment=1)    -1.40767400 1.23747400 -0.00009500
C(Fragment=1)    -2.79616700 1.20081600 -0.00024800
C(Fragment=1)    -0.67737200 -2.45606700 -0.00010300
C(Fragment=1)    0.71518000 0.00000000 0.00006800
C(Fragment=1)    1.40882500 -1.23344600 0.00010300
C(Fragment=1)    0.67957800 -2.47980200 0.00001500
C(Fragment=1)    2.81423600 -1.20161600 0.00022900
C(Fragment=1)    3.52032500 0.00000000 0.00031900
C(Fragment=1)    2.81423600 1.20161600 0.00029000
C(Fragment=1)    1.40882500 1.23344600 0.00016600
C(Fragment=1)    0.67957800 2.47980200 0.00014600
C(Fragment=1)    -0.67737200 2.45606700 0.00002000
H(Fragment=1)    -1.25786800 3.37020200 0.00000000
H(Fragment=1)    1.23227100 3.40978000 0.00023500
H(Fragment=1)    -1.25786800 -3.37020200 -0.00017200
H(Fragment=1)    -4.60533100 0.00000000 -0.00050200
H(Fragment=1)    1.23227100 -3.40978000 0.00004800
H(Fragment=1)    4.60910400 0.00000000 0.00040700
O(Fragment=1)    3.45449300 2.41099600 0.00037500
H(Fragment=1)    4.41121200 2.25805700 0.00049400
O(Fragment=1)    -3.43687900 -2.41221200 -0.00038000
H(Fragment=1)    -4.39173600 -2.25175900 -0.00044500
O(Fragment=1)    3.45449200 -2.41099600 0.00025400
H(Fragment=1)    4.41121200 -2.25805800 0.00035900
O(Fragment=1)    -3.43687900 2.41221200 -0.00031100
H(Fragment=1)    -4.39173600 2.25175900 -0.00022500
N(Fragment=1)    -0.68463340 -0.01950813 -0.15814154
Fe(Fragment=2) -0.74323654 0.18149704 1.47065662

Fe 0
lanl2dz
****
C H O N 0
6-31G*
****

Fe 0
lanl2dz

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-7-13 16:04

qooqooli 发表于 2020-7-13 15:44
这是我新写的输入文件，您看下对吗？
%chk=C:%users\LQ\Desktop\6N-fe.chk
#p opt rb3lyp/genecp guess ...

不对。没认真看博文，强烈建议再读至少一遍。

先说说错误：这不是个单重态计算，怎么能写rb3lyp。
再说说不合适的：LANL2DZ精度一般，至少也应该用LANL2DZdp或LANL2TZ(f)。若这两个你不懂在高斯里怎么写，建议你用SDD，省事。

最后说说计算步骤：
Step1.使用片段组合波函数构建初猜
Step2.读取构建好的初猜进行计算，收敛后测试波函数是否稳定
Step3.读取收敛好的波函数，进行结构优化

作者
Author: qooqooli 时间: 2020-7-13 16:43

zjxitcc 发表于 2020-7-13 16:04
不对。没认真看博文，强烈建议再读至少一遍。

先说说错误：这不是个单重态计算，怎么能写rb3lyp。

按照您说的方法第一步的输入文件如下：但是一直报错。很懵逼当中
%chk=C:\Users\LQ\Desktop\6-Fe.chk
#p ub3lyp/6-31g(d) guess(fragment=2)

Title Card Required

3 7 0 1 3 6
C(Fragment=1)    -5.48872521 -4.84829834 -0.00044900
C(Fragment=1)    -4.09587721 -4.84829834 -0.00044900
C(Fragment=1)    -3.38741421 -3.63981334 -0.00044900
C(Fragment=1)    -4.10452721 -2.41520434 -0.00041100
C(Fragment=1)    -5.52366121 -2.42454034 -0.00038100
C(Fragment=1)    -6.20047121 -3.65095834 -0.00048400
C(Fragment=1)    -1.94835921 -3.59773134 -0.00038400
C(Fragment=1)    -3.39574121 -1.16939934 -0.00019200
C(Fragment=1)    -1.97665321 -1.16007634 -0.00015700
C(Fragment=1)    -1.27753521 -2.41859734 -0.00029500
C(Fragment=1)    -1.29981021 0.06641366 0.00000000
C(Fragment=1)    -2.01153321 1.26368466 0.00015100
C(Fragment=1)    -3.40444821 1.26368466 0.00017800
C(Fragment=1)    -4.11287421 0.05524866 -0.00003000
C(Fragment=1)    -5.55196121 0.01311966 -0.00024000
C(Fragment=1)    -6.22277721 -1.16599834 -0.00039500
H(Fragment=1)    -7.32334521 -1.19405234 -0.00091800
H(Fragment=1)    -6.09026821 0.97346766 -0.00015800
H(Fragment=1)    -1.41019621 -4.55813134 -0.00068000
H(Fragment=1)    -6.03294321 -5.80478134 -0.00071200
H(Fragment=1)    -0.17698621 -2.39065234 -0.00058200
H(Fragment=1)    -1.46740821 2.22025166 0.00012600
O(Fragment=1)    -7.63037386 -3.66763642 -0.00097790
H(Fragment=1)    -7.94025271 -4.57624764 -0.00011068
O(Fragment=1)    -3.37965865 -6.08601033 -0.00057117
H(Fragment=1)    -4.00240981 -6.81661330 -0.00002820
O(Fragment=1)    -4.12055148 2.50146336 0.00020139
H(Fragment=1)    -3.49773221 3.23200830 0.00069403
O(Fragment=1)    0.13009199 0.08313817 -0.00004159
H(Fragment=1)    0.43994103 0.99175990 0.00028938
Fe(Fragment=2) -3.60296838 -0.93093385 1.73305073

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-7-13 16:46
3 7 0 1 3 6有误
先把自旋多重度写对。整体的自旋多重度不是片段的自旋多重度加和。

另，还不如上传gjf文件省事。每次贴得实在是太长了。

作者
Author: qooqooli 时间: 2020-7-13 17:01

zjxitcc 发表于 2020-7-13 16:46
3 7 0 1 3 6有误
先把自旋多重度写对。整体的自旋多重度不是片段的自旋多重度加和。

我看一些帖子，按过渡金属的体系，自旋多重度是不确定的，需要一个一个计算，找出单点能最低的那个，那么用碎片的话该如何确定？那这个体系自旋多重度如何确定啊？总体的自旋多重度又如何确定啊？很懵逼？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-7-13 17:06

qooqooli 发表于 2020-7-13 17:01
我看一些帖子，按过渡金属的体系，自旋多重度是不确定的，需要一个一个计算，找出单点能最低的那个，那么 ...

Fe3+有5个单电子，自旋多重度是6。若你底下的有机分子没有单电子（这是我的假设，由你自己判断），那么整体自然也是5个单电子，自旋多重度是6。

“自旋多重度是不确定的”不能这么讲，是先推断出几个常见的自旋多重度，然后都算一下。想知道怎么算，自然是先搞清楚自旋多重度的定义和公式

作者
Author: qooqooli 时间: 2020-7-13 17:16

zjxitcc 发表于 2020-7-13 17:06
Fe3+有5个单电子，自旋多重度是6。若你底下的有机分子没有单电子（这是我的假设，由你自己判断），那么整 ...

嗯嗯，好的，谢谢，我再仔细看下您发的帖子和定义。

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