计算化学公社

标题: 关于使用Multiwfn可视化分子孔洞并计算孔洞体积的问题 [打印本页]

作者
Author: neosalius 时间: 2020-7-13 16:06
标题: 关于使用Multiwfn可视化分子孔洞并计算孔洞体积的问题
我根据 http://sobereva.com/408 这个帖子的方法尝试计算一个MOF的孔径大小时遇到一个问题。
按照帖子的方法，我

启动Multiwfn，载入xyz文件，然后输入
200  //
14  //
2 //
1 //
3 //
<0.0001  //
1 //
-10  //
0 //
1 //
结果卡在了

这一步。提示为 Clustering domains...并且等待了至少两个小时也未出现domains。
请问有人遇到过这种情况吗？怎么解决呢？我的处理器是I3-8100。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-13 17:32
你上传图片方式不对，仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确上传图片

如果体系较大的话，用403那篇文章不适合，肯定算不动，应当用下文的方法
使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域
http://sobereva.com/539（http://bbs.keinsci.com/thread-16491-1-1.html）
在VMD里显示出等值面后，打开Extensions- Visualization - Ruler工具，对照标尺可以直接从屏幕上肉眼读感兴趣的孔洞尺寸

或者用ChimeraX载入cub文件，按照下面视频接近末尾地方的做法，直接用ChimeraX测量特定等值面的尺寸、体积
使用Multiwfn和ChimeraX绘制自定义着色的电子定域化函数(ELF)等值面图
https://www.bilibili.com/video/av85684420

作者
Author: neosalius 时间: 2020-7-13 20:42

sobereva 发表于 2020-7-13 17:32
你上传图片方式不对，仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确上传图片

如果体系较大的话，用403那篇文章 ...

好的好的谢谢你啦！我下次一定注意！

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