计算化学公社

标题: 将一个蛋白质分子放到一个水盒子中，水的密度是如何计算？ [打印本页]

作者
Author: 978142355 时间: 2015-10-3 19:28
标题: 将一个蛋白质分子放到一个水盒子中，水的密度是如何计算？
请教一下各位老师：最近科研时想到的一个问题，如果将一个溶质分子放在水盒子中，那么在跑动力学的时候，水的密度应该是算带溶质的还是不带溶质的？还有就是有没有哪篇文献详细讨论这样的事情？求解答以及详细讨论上面叙述此问题的文献。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-4 04:54
对蛋白体系统计这个有什么意义么？一般都是模拟纯水（或者是比如油水两相体系）才统计这个。
非要统计的话肯定不能把溶质算进去，要不然水的密度就取决于水盒子设的大小了。

作者
Author: 978142355 时间: 2015-10-4 08:18
本帖最后由 978142355 于 2015-10-4 08:21 编辑

sobereva 发表于 2015-10-4 04:54
对蛋白体系统计这个有什么意义么？一般都是模拟纯水（或者是比如油水两相体系）才统计这个。
非要统计的话 ...

哦，懂了，谢谢sob老师。不过难道做动力学的时候设置的周期性边界条件，与水盒子长度无关吗？我前些日子加的水盒子，最终跑完动力学盒子成球状了，老师说盒长弄的不对，水的密度小了。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-4 12:06
这是因为你用的NVT，如果盒子比较大，初始密度太低，水形成凝聚相后，会留出真空区域，然后由于表面张力，就会成为水球。你用NPT就行了，盒子大小会自动调节，密度也会合理，不会有真空区域。

作者
Author: 978142355 时间: 2015-10-4 12:35

sobereva 发表于 2015-10-4 12:06
这是因为你用的NVT，如果盒子比较大，初始密度太低，水形成凝聚相后，会留出真空区域，然后由于表面张力， ...

多谢sob老师的指导。如果我用NPT的跑完，再跑NVT这样会好一些吗？我怎么觉得问题又出现在量取盒长上了。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-4 15:11
就一直用NPT跑就行了，没必要NVT。虽然等你用NPT跑到盒子基本不变时切换到NVT也可以，但这一般没任何好处。

作者
Author: 978142355 时间: 2015-10-4 17:35

sobereva 发表于 2015-10-4 15:11
就一直用NPT跑就行了，没必要NVT。虽然等你用NPT跑到盒子基本不变时切换到NVT也可以，但这一般没任何好处。

懂了，谢谢sob老师。

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