计算化学公社

标题: 二聚体HF中怎么看其中的一个单体HF的偶极矩方向？ [打印本页]

---

作者
Author: 小菜鸟求关照    时间: 2015-10-4 00:01
标题: 二聚体HF中怎么看其中的一个单体HF的偶极矩方向？
请问在二聚体hf中怎么看其中的一个单体hf的偶极矩方向呢？我想看的是hf在复合物状态下的偶极矩方向，谢谢老师。

---

作者
Author: sobereva    时间: 2015-10-4 04:32
在复合物状态下首先就没法严格定义单体的偶极矩。要算只能在单体下计算，把另一个单体删掉，或者用背景电荷或者用GAMESS-US支持的FEP（片段有效势）表现。要么就基于原子电荷之类计算，相当于从复合物中来划分出片段，但这时候结果也没什么严格意义，因为由于电荷转移，HF的净电荷不会为0，偶极矩将是依赖于原点的选择的。

---

作者
Author: 小菜鸟求关照    时间: 2015-10-4 07:38
我是在单体下算的，把另一个单体删掉，用单体在复合物中得结构作为分子坐标做单点能计算，从得到的输出文件看偶极矩方向，这样 做正确吗？谢谢老师

---

作者
Author: 小菜鸟求关照    时间: 2015-10-4 09:44

sobereva 发表于 2015-10-4 04:32
在复合物状态下首先就没法严格定义单体的偶极矩。要算只能在单体下计算，把另一个单体删掉，或者用背景电荷 ...

我是在单体下算的，把另一个单体删掉，用单体在复合物中得结构作为分子坐标做单点能计算，从得到的输出文件看偶极矩方向，这样 做正确吗？谢谢老师

---

作者
Author: sobereva    时间: 2015-10-4 12:12

小菜鸟求关照 发表于 2015-10-4 09:44
我是在单体下算的，把另一个单体删掉，用单体在复合物中得结构作为分子坐标做单点能计算，从得到的输出文 ...

对，别忘了用nosymm

---

作者
Author: 小菜鸟求关照    时间: 2015-10-4 16:47

sobereva 发表于 2015-10-4 12:12
对，别忘了用nosymm

有时候用了nosymm之后偶极矩方向的坐标和分子坐标不在一起，怎么让它们重合呢？谢谢老师

---

作者
Author: sobereva    时间: 2015-10-4 18:17

小菜鸟求关照 发表于 2015-10-4 16:47
有时候用了nosymm之后偶极矩方向的坐标和分子坐标不在一起，怎么让它们重合呢？谢谢老师

什么叫不在一起？偶极矩就是个矢量，没有什么在不在一起这说

---

作者
Author: 小菜鸟求关照    时间: 2015-10-4 18:54

sobereva 发表于 2015-10-4 18:17
什么叫不在一起？偶极矩就是个矢量，没有什么在不在一起这说

就是偶极矩这个矢量的原点和单体分子坐标的原点不在一处，例如

---

作者
Author: sobereva    时间: 2015-10-5 03:09

小菜鸟求关照 发表于 2015-10-4 18:54
就是偶极矩这个矢量的原点和单体分子坐标的原点不在一处，例如

charge distribution的界面里，有个Origin框，你选成比如质心就行了。默认是笛卡尔坐标原点为起点。

---

作者
Author: 小菜鸟求关照    时间: 2015-10-5 13:20

sobereva 发表于 2015-10-5 03:09
charge distribution的界面里，有个Origin框，你选成比如质心就行了。默认是笛卡尔坐标原点为起点。

谢谢老师

---

欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)

Powered by Discuz! X3.3